Математическое моделирование роста эпителиальной ткани

Автор: Красняков И.В., Брацун Д.А., Писмен Л.М.

Журнал: Российский журнал биомеханики @journal-biomech

Статья в выпуске: 4 (90) т.24, 2020 года.

Бесплатный доступ

Развитие компьютерных технологий и быстродействующих вычислительных систем привело к тому, что возникли условия для реалистичного имитационного моделирования биомеханики клеточной ткани, в рамках которой воспроизводится как усредненная сплошносредная динамика ткани, так и поведение каждой отдельной клетки. В данной работе предлагается математическая модель ткани эпителия, которая рассматривается как двумерная. При этом поверхность базальной мембраны, на которой лежит эпителий, в общем случае может иметь сложную двумерную топологию. Модель является дискретной, так как ткань разбивается на клетки, каждая из которых эволюционирует по своему собственному сценарию. Клетка задается многоугольником, число вершин которого и форма могут меняться в ходе эволюции. Модель включает в себя два важных процесса, которые имитируют свойства реальных клеток. Одним из них является митотическое деление клеток, алгоритм которого прописан таким образом, чтобы новая клетка наследовала все свойства старой. Другим важным процессом является интеркаляция клеток, которая делает эпителий подвижной упруго-эластичной средой, адаптирующейся под действием внутренних и внешних воздействий. Для каждой вершины клетки-многоугольника записывается уравнение движения, основанное на эластичной потенциальной энергии. Так как клетка сопротивляется отклонению от среднего объема и чрезмерной деформации формы, то эпителий в целом стремится занять положение, отвечающее минимуму потенциальной энегрии. Хотя клеточная ткань допускает внутреннее движение элементов, она, вообще говоря, является сильно диссипативной средой. Таким образом, биомеханика ткани подчиняется Аристотелевой динамике. Модель допускает простое обобщение на случай обратной связи между биомеханическими и химическими свойствами среды (например, процессы генной регуляции в клетках, приводящие к хемоэластичности), введения нескольких конкурирующих типов ткани (например, возникновение раковой опухоли), трехмерной клеточной ткани. Приводятся конкретные примеры моделирования динамического поведения ткани эпителия.

Еще

Имитационное моделирование клеточной ткани, дискретная модель с индивидуальной динамикой, эпителиальная ткань, эластичная потенциальная энергия, хемомеханическое взаимодействие

Короткий адрес: https://sciup.org/146282183

IDR: 146282183   |   DOI: 10.15593/RZhBiomeh/2020.4.03

Список литературы Математическое моделирование роста эпителиальной ткани

  • Захаров А.П., Брацун Д.А. Синхронизации циркадианных ритмов в масштабах гена, клетки и всего организма // Компьютерные исследования и моделирование. - 2013. - Т. 5, № 2. - C. 255-270.
  • Колобов А.В., Полежаев А.А. Влияние случайной подвижности злокачественных клеток на устойчивость фронта опухоли // Компьютерные исследования и моделирование. - 2009. - Т. 1, № 2. -С. 225-232.
  • Красняков И.В., Брацун Д.А., Письмен Л.М. Математическое моделирование роста карциномы при динамическом изменении фенотипа клеток // Компьютерные исследования и моделирование. -2018. - Т. 10, № 6. - С. 879-902.
  • Розенфельд Р. Развитие принципа дополнительности // Нильс Бор. Жизнь и творчество. - М., 1967. -С. 61-87.
  • Штейн А.А., Юдина Е.Н. Математическая модель растущей растительной ткани как трёхфазной деформируемой среды // Российский журнал биомеханики. - 2011. - Т. 15, № 1. - С. 42-51.
  • Ahmed W.W., Fodor E., Betz T. Active cell mechanics: Measurement and theory // Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research. - 2015. - Vol. 1853, iss. 11, part B. - P. 3083-3094.
  • Basan M., Elgeti J., Hannezo E. et al. Alignment of cellular motility forces with tissue flow as a mechanism for efficient wound healing // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2013. - Vol. 110, no. 7. - P. 2452- 2459.
  • Bratsun D., Volfson D., Tsimring L.S., Hasty J. Delay-induced stochastic oscillations in gene regulation // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2005. - Vol. 102, No. 41. - P. 14593-14598.
  • Bratsun D.A., Krasnyakov I.V., Pismen L.M. Biomechanical modeling of invasive breast carcinoma under a dynamic change in cell phenitype: collective migration of large groups of cells // Biomech. Model. Mechanobiol. - 2020. - Vol. 19. - P. 723-743. DOI: 10.1007/s10237-019-01244-z
  • Bratsun D.A., Merkuriev D.V., Zakharov A.P., Pismen L.M. Multiscale modeling of tumor growth induced by circadian rhythm disruption in epithelial tissue // J. Biol. Phys. - 2016. - Vol. 42, no. 1, - P. 107-132.
  • Chauviere A., Preziozi L., Verdier C. Cell Mechanics: From Single Cell-Based Models to Multi-Scale Modeling. - London: Press Chapman and Hall/CRC, 2010. - 482 p.
  • Chavey D. Tilings by regular polygons - II: A catalog of tilings // Computers & Mathematics with Applications. - 1989. - Vol. 17. - P. 147-165. D0I:10.1016/0898-1221(89)90156-9
  • Chung C.A., Lin T.H., Chen S.D., Huang H.I. Hybrid cellular automaton modeling of nutrient modulated cell growth in tissue engineering constructs // J. Theor. Biol. - 2010. - Vol. 262, Issue 2. - P. 267-278.
  • Dilao R. Mathematical Models of Morphogenesis // ITM Web of Conferences. - 2015. - Vol. 4. - P. 01001.
  • Drasdo D., Loeffler M. Individual-based models to growth and folding in one-layered tissues: Intestinal crypts and early development // Nonlinear Anal. - 2001. - Vol. 47, iss. 1. - P. 245-256.
  • Guillot C., Lecuit T. Mechanics of epithelial tissue homeostasis and morphogenesis // Science. - 2013. -Vol. 340, iss/ 6137. - P. 1185-1189. DOI: 10.1126/science. 1235249
  • Little S.C., Tkacik G., Kneeland T.B. et al. The formation of the bicoid morphogen gradient requires protein movement from anteriorly localized mRNA // PLoS Biol. - 2011. - Vol. 9, iss. 3. - P. e1000596. DOI: 10.1371/journal.pbio.1000596
  • Lober J., Ziebert F., Aranson, I.S. Collisions of deformable cells lead to collective migration // Sci. Rep. -2015. - P. 9172. D0I:10.1038/srep09172
  • Markov M.A., Markov A.V. Computer simulation of the ontogeny of organisms with different types of symmetry // Paleontol. J. - 2014. - Vol. 48, no. 11. - P. 1-9.
  • Netti P.A., Baxter L.T., Boucher Y. et al. Macro- and microscopic fluid transport in living tissues: application to solid tumors // AIChE J. - 1997. - Vol. 43, iss. 3. - P. 818-834.
  • Pal S.K., Lau S.K., Kruper L. et al. Papillary carcinoma of the breast: an overview // Breast Cancer Res. Treat. - 2010. - Vol. 122. - P. 637-645.
  • Ranfta J., Basan M., Elgeti J. et al. Fluidization of tissues by cell division and apoptosis // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2010. - Vol. 107, no. 49. - P. 20863-20868.
  • Ruben I., Reinaldo R.-R., Fernando V.-R. et al. Tumor growth modelling by cellular automata // Mathematics and Mechanics Complex Systems. - 2017. - Vol. 5, no. 3-4. - P. 239-259.
  • Salm M., Pismen L. M. Chemical and mechanical signaling in epithelial spreading // Phys. Biol. - 2012. -Vol. 9, no. 2. - P. 026009-026023.
  • Seetha N., Raoof A., Kumar M.M.S., Hassanizadeh M.S. Upscaling of nanoparticle transport in porous media under unfavorable conditions: Pore scale to Darcy scale // J. Contam. Hydrol. - 2017. - Vol. 200. -P. 1-14.
  • Simpson M.J., Landman K.A., Hughes B.D. Distinguishing between directed and undirected cell motility within an invading cell population // Bull. Math. Biol. - 2009. - Vol. 71. - P. 781-799.
  • Tozluoglu M., Tournier A.L., Jenkins R.P. et al. Matrix geometry determines optimal cancer cell migration strategy and modulates response to interventions // Nat. Cell Biol. - 2013. - Vol. 15. - P. 751-762.
  • van Leeuwen I.M., Mirams G.R., Walter A. et al. An integrative computational model for intestinal tissue renewal // Cell Prolif. - 2009. - Vol. 42. - P. 617-636.
  • Viktorinova I., Pismen L., Aigouy B., Dahmann C. Modeling planar polarity of epithelia: the role of signal relay in collective cell polarization // J. R. Soc. Interface. - 2011. - Vol. 8. - P. 1059-1063.
  • von Neumann J. Theory of self-reproducing automata (edited and completed by Artur W.Burks). - London, Press: University of Illinois, 1966. - 388 p.
  • Zakharov A.P., Pismen L.M. Reshaping nemato-elastic sheets // Eur. Phys. J. E. - 2015. - Vol. 38, no. 7. -P. 75. DOI: https://doi.org/10.1140/epje/i2015-15075-6
Еще
Статья научная