Методы параллельного решения СЛАУ на системах с распределенной памятью в библиотеке Krylov
Автор: Бутюгин Дмитрий Сергеевич, Ильин Валерий Павлович, Перевозкин Данил Валерьевич
Статья в выпуске: 47 (306), 2012 года.
Бесплатный доступ
Рассматривается подход к созданию итерационного black-box («черного ящика») параллельного решателя, использованный в библиотеке Krylov для систем линейных алгебраических уравнений (СЛАУ) с разреженными матрицами высокого порядка, возникающими при сеточных аппроксимациях многомерных краевых задач и представленными в сжатом строчном формате CSR. Предлагается вариант алгебраической одномерной декомпозиции СЛАУ. Алгоритм основан на обходе в ширину графа матрицы системы и позволяет привести ее к блочно-трехдиагональному виду. За основу алгебраического решателя системы взят ад дитивный метод Шварца, который естественным образом ложится на архитектуру вычислительных систем с распределенной памятью. Полученные алгебраические системы в подпространстве следов, образованных переменными на внутренних границах подобластей, решаются с помощью обобщенного метода минимальных невязок. Вспомогательные системы в подобластях решаются с помощью прямого алгоритма PARDISO из библиотеки Intel MKL, использующего распараллеливание над общей памятью средствами OpenMP. Реализованные алгоритмы апробированы на численном решении ряда задач вычислительной математики, таких как задачи гидродинамики, диффузионно-конвективные уравнения, задачи электромагнетизма и др. Приведенные результаты численных экспериментов демонстрируют эффективность предлагаемых решений для многопроцессорных вычислительных систем с распределенной памятью.
Итерационные алгоритмы, методы декомпозиции областей, распараллеливание, алгебраические системы, разреженные матрицы, численные эксперименты, аддитивный метод шварца
Короткий адрес: https://sciup.org/147160469
IDR: 147160469 | УДК: 519.63
Parallel methods for SLAE solution on the systems with distributed memory in Krylov library
The paper presents an approach to creation of black-box parallel iterative solver, which is used in Krylov library for solving systems of linear algebraic equations (SLAEs) with large sparse matrices in CSR format arising from discretization of multidimensional boundary value problems. A variant of one-dimensional algebraic decomposition method is offered. The algorithm is based on breadth-first search of SLAE’s adjacency graph that allows to reduce the matrix to block-tridiagonal form. The algebraic solver is based on additive Schwarz method which naturally suits distributed memory computer systems. The generalized minimal residual method is used to solve the SLAEs arising from relations on subdomains’ boundaries. Auxiliary subdomain systems are solved with Intel MKL’s multithreaded direct solver PARDISO. Implemented algorithms were tested on the numerical solution of the series of computational mathematics problems, such as problems of hydrodynamics, diffusion-convection equations, problems of electromagnetism and others. Adduced numerical experiments results show the effectiveness of the presented algorithms for multiprocessor computational systems with distributed memory.
Список литературы Методы параллельного решения СЛАУ на системах с распределенной памятью в библиотеке Krylov
- Karypis G. A Fast and Highly Quality Multilevel Scheme for Partitioning Irregular Graphs/G. Karypis, V. Kumar//SIAM Journal on Scientific Computing. -1999. -Vol. 20, № 1. -P. 359-392.
- Saad Y. Iterative Methods for Sparse Linear Systems, Second Edition./Y. Saad. -SIAM, 2003.
- Intel (R) Math Kernel Library from Intel: сайт. URL: http://software.intel.com/en-us/articles/intel-mkl/(дата обращения: 03.11.2012).
- Eigen: сайт. URL: http://eigen.tuxfamily.org/index.php?title=Main_Page (дата обращения: 03.11.2012).
- Ильин В.П. Krylov: библиотека алгоритмов и программ для решения СЛАУ/B.П. Ильин, Д.С. Бутюгин, Е.А. Ицкович и др.//Современные проблемы математического моделирования. Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ. Сборник трудов Всероссийских научных молодежных школ. -Ростов-на-Дону: Изд-во Южного федерального университета, 2009. -C. 110-128.
- Кормен Т. Алгоритмы: построение и анализ/Т. Кормен, Ч. Лейзерсон, Р. Ривест. -М.: МЦНМО: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2004.
- Ильин В.П. Методы и технологии конечных элементов./В.П. Ильин. -Новосибирск: Изд-во ИВМиМГ СО РАН, 2007.
- Кластер НКС-30Т: сайт. URL: http://www2.sscc.ru/HKC-30T/HKC-30T.htm (дата обращения: 03.11.2012).
- Monk P. Finite Element Methods for Maxwell’s Equations./P. Monk. -Oxford University Press, 2003.
- Ingelstrom P. A new set of H(curl)-conforming hierarchical basis functions for tetrahedral meshes/P. Ingelstrom//IEEE Transactions on Microwave Theory and Techniques. -2006. -Vol. 54, № 1. -P. 160-114.