Методы спектроскопии диссоциативного захвата электронов и теории функционала плотности для моделирования биологической активности производных хиноксалина
Автор: Таюпов Мансаф Масхутович, Рахмеев Рустам Габдулшагитович, Маркова Ангелина Вячеславовна, Сафронов Алексей Михайлович
Журнал: Математическая физика и компьютерное моделирование @mpcm-jvolsu
Рубрика: Моделирование, информатика и управление
Статья в выпуске: 2 т.24, 2021 года.
Бесплатный доступ
Методом масс-спектрометрии отрицательных ионов резонансного захвата медленных (0-15 eV) электронов исследованы молекулы 2-метилхиноксалина и 2,3-диметилхиноксалина. Данные соединения обладают противомикробными, противогрибковыми, бактерицидными и консервирующими свойствами, широко используются в медицине и пищевой промышленности. Экспериментально измерено среднее время жизни молекулярных отрицательных ионов (ОИ) относительно автоотщепления электрона. Выявлены наиболее вероятные структуры осколочных ионов ([M - H]-, образующихся при распаде молекулярных ОИ. В рамках приближения Аррениуса была оценена величина адиабатического сродства к электрону (𝐸𝐴𝑎). Установлено, что теоретические значения 𝐸𝐴𝑎, вычисленные методом B3LYP/6-31+G(d) с минимальным добавлением диффузных функций как разность полных энергий нейтральной молекулы и анион радикала, коррелируют с величинами 𝐸𝐴𝑎, полученными из эксперимента.
Спектроскопия диссоциативного захвата электронов, квантово-химические расчеты, резонансный захват электрона, токсичные вещества, цитохром 450, медицинские препараты
Короткий адрес: https://sciup.org/149138016
IDR: 149138016 | DOI: 10.15688/mpcm.jvolsu.2021.2.5
Текст научной статьи Методы спектроскопии диссоциативного захвата электронов и теории функционала плотности для моделирования биологической активности производных хиноксалина
DOI:
Метод масс-спектрометрии отрицательных ионов резонансного захвата медленных электронов (МСОИ РЗЭ) ранее использовался для интерпретации механизмов биохимических превращений, происходящих в живых клетках [16]. Ключевой идеей предлагаемого подхода является предположение о подобии фрагментов, образующихся при диссоциации отрицательных молекулярных ионов (ОМИ) и метаболитов биологически активных органических соединений, распад которых происходит вблизи электрон-транспортных цепей в живой клетке [15]. В данной работе такой подход применен в отношении 2-метилхиноксалина, производные которого обладают про-тивомикробными, противогрибковыми и бактерицидными свойствами, а также входят в число нескольких медицинских препаратов. Некоторые производные, такие как 2,3-диметилхиноксалин, широко используются в пищевой промышленности в качестве консервирующих пищевых добавок.
Установлено, что 2,3-диметилхиноксалин вызывает стимуляцию активности микросомальной монооксигеназы и повышение уровня цитохрома Р-450 у крыс [7], что в целом может говорить о проявлении у них химически индуцированного диабета [18]. Опираясь на эти данные, мы попытались промоделировать в эксперименте МСОИ РЗЭ возникновение метаболитов первого порядка исходных соединений и выявить среди них те, которые обладают токсичными свойствами. В связи с тем, что масс-спектральные данные позволяют получить информацию лишь о молекулярном составе фрагментов, а не о их строении, необходимо проводить систематический анализ порогов образования фрагментарных отрицательных ионов для различных конфигураций. Для этого используются различные методы квантовой химии, что позволяет обоснованно говорить о строении фрагментарных ионов.
Сродство к электрону ЕАа (Adiabatic Electron Affinity) — важнейшая фундаментальная характеристика атомов и молекул, представляющая собой энергию связи электрона с молекулой (атомом). Строго говоря, ЕАа - это минимальная энергия, требуемая для удаления электрона из ОМИ, если последний и нейтральная молекула находятся в основных электронном, колебательном и вращательном состояниях, а кинетическая энергия высвобождаемого электрона равна нулю. Также величина адиабатического сродства определяет набор возможных каналов диссоциации ОМИ и стабильность относительно выброса избыточного электрона (среднее время автоотщепления τ a ) [3; 11]. Ранее нами была разработана методика количественной оценки величины ЕАа на основе данным о средних временах жизни ОМИ [4–6] из экспериментальных данных. Для теоретической оценки же сродства к электрону по результатам квантово-химических расчетов можно использовать классическое определение понятия сродства к электрону как разности полных энергий нейтральной молекулы и анион-радикала. Более подробно этот метод описан в работе [2].
Целью данной работы является исследование методом масс-спектрометрии отрицательных ионов резонансного захвата электронов молекул 2-метилхиноксалина и 2,3-диметилхиноксалина, определение электронных свойств данных соединений для дальнейшего поиска корреляций с биологической активностью, и проведение теоретической оценки таких параметров как энергия сродства к электрону и среднего времени жизни для их молекулярных ионов. Таким образом, задачи данной работы можно сформулировать следующим образом:
-
1) Экспериментально определить среднее время жизни относительно выброса избыточного электрона ОМИ исследуемых веществ. Оценить величину ЕАа в рамках приближения Аррениуса.
-
2) С помощью стандартного метода теории функционала плотности (ТФП) B3LYP/6-31G(d) вычислить энергии вакантных МО нейтральной молекулы и применить масштабирующий коэффициент для определения энергий вертикального захвата электрона по механизму резонанса формы.
-
3) Количественно оценить величины ЕА для молекул с использованием разности полных энергий нейтральной молекулы и анион-радикала, полученных методом B3LYP/6-31+G(d), т.е. в базисе с минимальными добавлением диффузных функций. Определить наиболее вероятные структуры осколочных ионов.
-
4) Сравнить величины сродства, полученные методом ТФП, и определенные на основе экспериментально измеренных средних времен жизни ОМИ относительно выброса электрона в рамках приближения Аррениуса.
1. Методика эксперимента и расчетов
Измерения проводились на статическом масс-спектрометре МИ-1201, переоборудованном для регистрации ОИ в режиме резонансного захвата электронов (РЗЭ). Схе- ма экспериментальной установки и ее подробное описание приведены в работе [1]. Вкратце, сфокусированный пучок квазимонохроматических электронов пропускался через ячейку столкновений, заполненную газом исследуемого вещества при давлениях, отвечающих парным столкновениям. Токи образующихся отрицательных ионов регистрировались масс-спектрометрически (секторное магнитное поле) в зависимости от энергии налетающих электронов в диапазоне энергий 0-15 eV. Полуширина распределения электронов по энергии составляла 0,4–0,5 eV на полувысоте, ток электронов ∼1µ, ускоряющее напряжение — 4 kV. Калибровку шкалы энергии электронов проводили по максимумам кривых эффективного выхода (КЭВ — зависимость тока ОИ от энергии налетающих электронов) ионов S F-, образованных захватом тепловых электронов молекулами SF6. Исследованные образцы были приобретены в компании Сигма-Алдрич, продукты с номерами 15531АЕ (2-метилхиноксалин, степень чистоты 97%) и 27096-242 (2,3-диметилхиноксалин, степень чистоты 97%). Вещества были использованы без дополнительной очистки и испарялись в ячейку столкновений при температурах 50 и 90∘С, соответственно. Молекулы исследуемых веществ достигали теплового равновесия путем многократных столкновений со стенками ячейки.
Интерпретация положений резонансных пиков проводилась с помощью расчетов методом ТФП с помощью пакета Gaussian 09 [9]. Энергии вакантных молекулярных орбиталей нейтральной молекулы определялись методом B3LYP/6-31G(d) и линейно масштабировались [17], для определения энергий вертикального захвата электрона [3]. Такой метод позволяет адекватно предсказывать положения резонансов формы [3; 11] в газовой фазе, а также максимумы плотности незаполненных электронных состояний при адсорбции на поверхностях [12–14]. Для оценок сродства молекул к электрону по разности полных энергий молекулы и аниона, а также оценки термодинамических порогов образования фрагментов при ДЗЭ, использовался базисный набор 6-31+G(d) с минимальным добавлением диффузных функций.
Для измерения среднего времени жизни ОМИ относительно выброса электрона, масс-спектрометр настраивают и фиксируют ток анализирующего магнита для регистрации анионов M- исследуемого вещества (M — нейтральная молекула). На первом этапе эксперимента записывают кривую эффективного выхода M- как функцию энергии электронов ε. Затем на систему отклонения перед входом в умножитель подают отклоняющий потенциал для отклонения заряженной компоненты пучка исследуемых частиц и записывают сигнал нейтральных частиц, образовавшихся путем автоотщепле- ния электронов от ОМИ за время их дрейфа во второй бесполевой области, то есть после масс-анализирующего магнита, но до системы регистрации. Для ионов SF6 (m/z = 146)
это время оценивается величиной 5,5 ps. В предположении экспоненциального зако- на распад ОМИ путем автоотщепления, среднее время жизни определяется выражени- ем [3]:
Т а =
t 0
In (1 - ^
где t 0 — время дрейфа ионов во второй бесполевой области; I n — число нейтральных частиц (второй этап эксперимента); I — число ионов и нейтральных частиц (первый этап измерений). Такой метод измерения т а был предложен Эдельсоном [8] и адаптирован Хвостенко для приборов со статическими масс-анализаторами [3]. Поскольку типичное время дрейфа ионов во второй бесполевой области составляет единицы-десятки микросекунд, верхним пределом измерений можно считать величину т а ~ 1000 p s .
В приближении Аррениуса, ион способен достигнуть исходной (молекулярной) гео- метрии за время
т а = Т о exp
[
NEA a
ЕА а + NkT + £
]
где τ 0 — характерное время движения иона по координате реакции, параметр теории, величина которого варьируется в зависимости от класса соединения. Было показано, что решение обратной задачи — оценки величины ЕАа по данным о средних временах жизни молекулярных ОИ — приводит к разумным результатам с точностью ±0,1 eV, что близко к экспериментальной погрешности [5; 6].
2. Результаты и обсуждение
Токи масс-сепарированных ОИ, образованных при взаимодействии электронов с молекулами 2-метилхиноксалина (I) и 2,3-диметилхиноксалина (II, структуры показаны на рисунках 1 и 2), приведены в зависимости от энергии электронов на рисунке 3 (в порядке убывания интенсивности). Энергии максимумов, относительные интенсивности образования анионов, а также наиболее вероятные структуры отрицательно заряженных фрагментов указаны в таблице 1. Результаты расчетов методом B3LYP/6-31+G(d) термодинамических порогов появления для наиболее интенсивных распадов, ассоциируемых с отрывом одного атома водорода (для различных положений в молекуле), так же представлены в таблице 1.

Рис. 1. Структура молекул 2-метилхиноксалина I (а). Вероятные структуры наблюдаемых фрагментов, образующихся при ДЗЭ, обозначены как I(b-i)

Рис. 2. Структура молекул 2,3-диметилхиноксалина II(a) Вероятные структуры наблюдаемых фрагментов, образующихся при ДЗЭ, обозначены как II(b-k)
В спектре ДЗЭ 2-метилхиноксалина наблюдаются долгоживущие ( т о = 40ц а ) ОМИ с максимумом при энергии 0,015 eV (см. рис. 4). В спектре 2,3-диметилхиноксалина долгоживущие ( т о = 21 ц б ) ОМИ имеют максимум при энергии 0,03 eV. В таблице 2 показаны рассчитанные по формуле (2) для обоих веществ значения ЕАа , при различных параметрах т 0 . Рассчитанная методом B3LYP/6-31G+(d) величина ЕАа для молекул MQ и DMQ составляет 0,68 и 0,56 eV соответственно, что достаточно близко к значению, оцененному по экспериментальным данным при параметре т 0 = 1000ц з . В целом же корреляция адиабатического сродства к электрону и параметра τ 0 свидетельствует о том, что квантово-химические расчеты могут достаточно сильно завышать величину ЕАа .
Relative Intensity Relative intensity

Рис. 3. Спектр ДЗЭ для 2-метилхиноксалина (I) и 2,3-диметилхиноксалина(II)
Таблица 1
m/z |
Anion structure |
Relative intensity, % |
Peak energy, eV |
Structure |
Total energy, eV |
2-Methylquinoxaline (MQ) |
|||||
144 |
I- |
100 |
0 |
a |
-0,68 |
143 |
[I-H]- |
5 |
8 |
b-с |
-3,28 |
d |
-3,12 |
||||
e-f |
-3,22 |
||||
g-i |
-1,93 |
||||
2,3-Dimethylquinoxaline (DMQ) |
|||||
158 |
II- |
100 |
0 |
a |
-0,56 |
157 |
[II-H]- |
10 |
8 |
b-c |
-3,33 |
d-i |
-1,96 |
||||
j-k |
-3,28 |
Таблица 2
τ 0 |
100 |
500 |
1000 |
MQ EAa exp |
0,93 |
0,81 |
0,77 |
DMQ EAa exp |
0,88 |
0,78 |
0,73 |
Сопоставление энергий максимумов осколочных ионов [M – H]– позволяет сделать вывод о том, что молекулы 2-метилхиноксалина и 2,3-диметилхиноксалина захватывают электроны, вероятнее всего, в нескольких резонансах в широкой области при энергиях 6-10 eV. Согласно расчетам молекулы исследованных соединений имеют по пять вакантных МО π -типа, которые находятся в диапазоне энергий до 5,5 eV. Схематическое представление этих МО, а также их расчетные энергии с учетом масштабирования представлены на рисунке 5. НВМО π 1 * в обеих молекулах находятся в связанной области энергий и отвечают образованию стабильных состояний ОМИ. Орбитали π 2 *– π 5 * практически не дают вклада в спектры ДЗЭ, вероятно, из-за малого времени жизни соответствующих резонансов формы, тогда как резонансы с захватом e - , наблюдаемые около 6–10 eV, являются электронно-возбужденными.
Согласно расчетам образование анионов [M – H]– в 2-метилхиноксалине возможно уже при энергии электронов 1,93 eV, при условии, что Н отрывается от метильной группы. Из-за большей прочности C–H связей отрывы атома H от ароматического кольца требуют энергии более 3,12 eV. Это говорит о том, что наблюдаемые на КЭВ максимумы можно связать, практически со всеми вариантами отрыва водорода от молекулы. В 2,3-диметилхиноксалине наиболее выгоден отрыв атома Н от метильной группы, который происходит в молекуле при 6,82 eV. Так же эту энергию можно связать с началом широкого пика на КЭВ при 7–10 eV, которым так же можно объяснить отрывы водорода при энергии 8,15 и 8,20 eV от ароматического кольца.

Рис. 4. Кривые эффективного выхода для 2-метилхиноксалина (MQ) и 2,3-диметилхиноксалина (DMQ), сигнал нейтральной компоненты и зависимость среднего времени жизни от энергии электронов

Рис. 5. Схематическое изображение и энергии первых пяти вакантных МО π-типа для 2-метилхиноксалина и 2,3-диметилхиноксалина по данным расчета методом B3LYP/6-31G(d) и масштабирования
Заключение
В работе исследован резонансный захват медленных (0–15 eV) электронов молекулами 2-метилхиноксалина и 2,3-диметилхиноксалина в газовой фазе. Образованные фрагментные отрицательные ионы были проанализированы масс-спектрометри- чески. В представленных спектрах не обнаружены фрагменты, которые могут представлять собой активные радикалы. В рамках модели «свободных радикалов» Грегори [10], это может свидетельствовать об отсутствии токсических эффектов данных соединений в организме. С другой стороны, можно констатировать тот факт, что процесс метаболизма веществ в организме, является достаточно сложным и многоступенчатым, поэтому нельзя в полной мере связывать его в основном только с процессами захвата медленных электронов. Механизмы захвата электронов в области низких энергий интерпретированы с помощью ТФП-расчетов. Сравнение величины ЕАа , вычисленной в приближении Аррениуса по данным о т а и рассчитанной методом B3LYP/6-31G+(d), показывает, что расчет несколько завышает величину ЕАа .
Список литературы Методы спектроскопии диссоциативного захвата электронов и теории функционала плотности для моделирования биологической активности производных хиноксалина
- Резонансный захват электронов органическими электроактивными молекулами / С. А. Пшеничнюк, А. В. Кухто, И. Н. Кухто, Н. Л. Асфандиаров // Хим. физика. — 2010. — Т. 29, № 11. — C. 82-96.
- Определение сродства к электрону на основе экспериментально измеренных времен жизни отрицательных молекулярных ионов производных кумарина / М. М. Таюпов, Р. Г. Рахмеев, Н. Л. Асфандиаров, С. А. Пшеничнюк // Математическая физика и компьютерное моделирование. — 2020. — Т. 23, № 3. — C. 43-59. — DOI: https://doi.Org/10.15688/mpcm.jvolsu.2020.3.5.
- Хвостенко, В. И. Масс-спектрометрия отрицательных ионов в органической химии / В. И. Хвостенко. — М. : Наука, 1981. — 159 с.
- Electron attachment to some naphthoquinone derivatives: long-lived molecular anion formation / N. L. Asfandiarov, S. A. Pshenichnyuk, A. S. Vorob'ev, E. P. Nafikova, Y. N. Elkin, D. N. Pelageev, E. A. Koltsova, A. Modelli // Rapid Commun. Mass Spectrom. — 2014. — Vol. 28, iss. 14. — P. 1580-1590. — DOI: https://doi.org/10.1002/rcm.6934.
- Electron affinity evaluation for nitrobenzene derivatives using negative ion lifetime data / N. L. Asfandiarov, S. A. Pshenichnyuk, A. S. Vorob'ev, E. P. Nafikova, A. Modelli // Rapid Commun. Mass Spectrom. — 2015. — Vol. 29, iss. 9. — P. 910-912. — DOI: https://doi.org/10.1002/rcm.7162.
- Electron attachment to the phthalide molecule / N. L. Asfandiarov, S. A. Pshenichnyuk, A. S. Vorob'ev, E. P. Nafikova, A. N. Lachinov, V. A. Kraikin, A. Modelli // J. Chem. Phys. — 2015. — Vol. 142, iss. 17. — Article ID: 174308. — DOI: https://doi.org/10.1063/1.4919631.
- Beraud, M. The influence of dietary regimen on the stimulation of microsomal monooxygenases in rat liver induced by 2,3-dimethylquinoxaline / M. Beraud, D. Gaillard, R. Derache // European Journal of Toxicology and Environmental hygiene. — 1975. — Vol. 8, iss. 4. — P. 212-219.
- Edelson, D. Autodetachment of Electrons in Sulfur Hexafluoride / D. Edelson, J. E. Griffiths, K. B. McAfee // The Journal of Chemical Physics. — 1962. — Vol. 37, iss. 4. — P. 917-918. — DOI: https://doi.org/10.1063/14733191.
- Gaussian 09, Revision A.02. — Gaussian. — Electronic text data. — Mode of access: https://gaussian.com/g09citation/. — Title from screen.
- Gregory, N. L. Carbon tetrachloride toxicity and electron capture / N. L. Gregory // Nature. — 1966. — Vol. 212, iss. 17. — P. 1460-1461. — DOI: https://doi.org/10.1038/2121460a0.
- Illenberger, E. Gaseous Molecular Ions. An Introduction to Elementary Processes Induced by Ionization / E. Illenberger, J. Momigny. — New York : Steinkopff Verlag Darmstadt, Springer Verlag, 1992. — 344 p.
- Electronic properties of the interface between hexadecafluoro copper phthalocyanine and unsubstituted copper phthalocyanine films / A. S. Komolov, E. F. Lazneva, S. A. Pshenichnyuk, A. A. Gavrikov, N. S. Chepilko, A. A. Tomilov, N. B. Gerasimova, A. A. Lezov, P. S. Repin // Semiconductors. — 2013. — Vol. 47, iss. 7. — P. 956-961. — DOI: https://doi.org/10.1134/S1063782613070117.
- Pshenichnyuk, S. A. Relation between Electron Scattering Resonances of Isolated NTCDA Molecules and Maxima in the Density of Unoccupied States of Condensed NTCDA Layers / S. A. Pshenichnyuk, A. S. Komolov // J. Phys. Chem. A. — 2012. — Vol. 116, iss. 1. — P. 761-766. — DOI: https://doi.org/10.1021/jp210224j.
- Spectroscopic states of PTCDA negative ions and their relation to the maxima of unoccupied state density in the conduction band / S. A. Pshenichnyuk, A. V. Kukhto, I. N. Kukhto, A. S. Komolov // Tech. Phys. — 2011. — Vol. 56, iss. 6. — P. 754-759. — DOI: https://doi.org/10.1134/S106378421106020X.
- Fragmentation of chlorpyrifos by thermal electron attachment: a likely relation to its metabolism and toxicity / S. A. Pshenichnyuk, A. Modelli, A. S. Vorob'ev, N. L. Asfandiarov, E. P. Nafikova, R. G. Rakhmeyev, R. V. Galeev, A. S. Komolov // Phys. Chem. Chem. Phys. — 2018. - Vol. 20, iss. 34. - P. 22272-22283. - DOI: https://doi.org/10.1039/C8CP03224F.
- Pshenichnyuk, S. A. Interconnections between dissociative electron attachment and electron-driven biological processes / S. A. Pshenichnyuk, A. Modelli, A. S. Komolov // Int. Rev. Phys. Chem. - 2018. - Vol. 37. - P. 125-170. - DOI: https://doi.org/10.1080/0144235X.2018.1461347.
- Scheer, A. M. n* Orbital System of Alternating Phenyl and Ethynyl Groups: Measurements and Calculations / A. M. Scheer, P. D. Burrow // J. Phys. Chem. B. - 2006. -Vol. 110, iss. 36. - P. 17751-17756. - DOI: https://doi.org/10.1021/jp0628784.
- Mechanism of induction of cytochrome P-450ac (P-450j) in chemically induced and spontaneously diabetic rats / Z. G. Dong, J. Y. Hong, Q. A. Ma, D. C. Li, J. Bullock, F. J. Gonzalez, S. S. Park, H. V. Gelboin, C. S. Yang // Archives of Biochemistry and Biophysics. - 1988. - Vol. 263. - P. 29-35. - DOI: https://doi.org/10.1016/0003-9861(88)90610-8.