Молекулярно-генетическая идентификация популяций Pinus sylvestris L. и Larix sibirica Ledeb. в Пермском крае с использованием SNP-маркеров

Молекулярно-генетическая идентификация популяций Pinus sylvestris L. и Larix sibirica Ledeb. в Пермском крае с использованием SNP-маркеров

Автор: Чертов Никита Валерьевич, Пыстогова Нина Александровна, Малышкина Елизавета Евгеньевна, Нечаева Юлия Игоревна, Боронникова Светлана Витальевна, Календарь Руслан Николаевич

Журнал: Бюллетень науки и практики @bulletennauki

Рубрика: Биологические науки

Статья в выпуске: 12 т.6, 2020 года.

Бесплатный доступ

Для отбора идентификационных SNP-маркеров и идентификации на популяционном уровне проведено изучение 5 популяций сосны обыкновенной ( Pinus sylvestris L., Pinaceae) и 5 популяций западной расы лиственницы сибирской ( Larix sibirica Ledeb., Pinaceae) в Пермском крае. Для определения нуклеотидных последовательностей и отбора идентификационных SNP-маркеров в 10 популяциях двух древесных видов растений Пермского края были протестированы 13 пар праймеров к 10-ти ядерным и к 3-х хлоропластным локусам P. sylvestris, а также десять пар праймеров к 10 локусам потенциально адаптивно-значимых генов L. sibirica. Определены нуклеотидные последовательности 3-х локусов ядерной и 3-х локусов хлоропластной ДНК P. sylvestris , а также 6 локусов ядерных адаптивно значимых генов L. sibirica. В секвенированных последовательностях двух видов растений детектировано 59 SNP-маркеров. Из этих маркеров выявлено 11 идентификационных SNP-маркеров, с достаточно высокой частотой встречаемости (≥0,5), пригодных для идентификации популяций двух хвойных видов растений.

Еще

Молекулярно-генетическая идентификация, snp-маркеры, пермский край

Короткий адрес: https://sciup.org/14117713

IDR: 14117713   |   DOI: 10.33619/2414-2948/61/01

Список литературы Молекулярно-генетическая идентификация популяций Pinus sylvestris L. и Larix sibirica Ledeb. в Пермском крае с использованием SNP-маркеров

  • Комплексная программа развития биотехнологий в Российской Федерации на период до 2020 г. ВП-П8-2322. Утв. Правительством РФ 24.04.2012 г. №1853п-П8 https://clck.ru/S9ftM
  • Новиков П. С., Шейкина О. В. ISSR-анализ деревьев сосны обыкновенной (Pinus sylvestris) различных селекционных категорий // Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета. 2012. №82. С. 1-13.
  • Degen B., Höltken A., Rogge M. Use of DNA-fingerprints to control the origin of forest reproductive material // Silvae Genetica. 2010. V. 59. №1-6. P. 268-273. DOI: 10.1515/sg-2010-0038
  • Vlam M., de Groot G. A., Boom A., Copini P., Laros I., Veldhuijzen K.,.. Zuidema P. A. Developing forensic tools for an African timber: Regional origin is revealed by genetic characteristics, but not by isotopic signature // Biological Conservation. 2018. V. 220. P. 262-271. DOI: 10.1016/j.biocon.2018.01.031
  • Voronova A., Rendón-Anaya M., Ingvarsson P., Kalendar R., Ruņģis D. Comparative study of pine reference genomes reveals transposable element interconnected gene networks // Genes. 2020. V. 11. №10. P. 1216. DOI: 10.3390/genes11101216
  • Шилкина Е. А., Ибе А. А., Шеллер М. А., Сухих Т. В. Использование методов ДНК-анализа в экспертизе незаконного оборота древесины // Сибирский лесной журнал. 2019. №3. С. 64-70.
  • DOI: 10.15372/SJFS20190308
  • Путенихин В. П., Фарукшина Г. Г., Шигапов З. Х. Лиственница Сукачева на Урале. Изменчивость и популяционно-генетическая структура. М.: Наука, 2004. 276 с.
  • Семериков В. Л., Ирошников А. И., Ласко М. Структура изменчивости митохондриальной ДНК и послеледниковая история лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) // Экология. 2007. №3. С. 163-171.
  • DOI: 10.1134/S1067413607030010
  • Тараканов В. В. Структура изменчивости, селекция и семеноводство сосны обыкновенной в Сибири: автореф. дисс. … д-ра с.-х. наук. Новосибирск, 2003. 44 с.
  • Khlestkina E. K., Salina E. A. SNP markers: methods of analysis, ways of development, and comparison on an example of common wheat // Russian Journal of Genetics. 2006. V. 42. №6. P. 585-594.
  • DOI: 10.1134/S1022795406060019
  • Сeмериков В. Л., Семерикова С. А., Полежаева М. А. Нуклеотидное разнообразие и неравновесие по сцеплению потенциально адаптивно-значимых генов Larix sibirica // Генетика. 2013. Т.49, №9. С. 1055-1064.
  • DOI: 10.7868/S0016675813090075
  • Vasilyeva Yu. S., Zhulanov A. A., Boronnikova S. V., Yanbaev Yu. A. Genetic structure of Ural populations of Larix sibirica Ledeb. on the base of analysis of nucleotide polymorphism // Silvae Genetica. 2020. V. 69. P. 20-28.
  • DOI: 10.2478/sg-2020-0004
  • Cota-Sánchez J. H., Remarchuk K., Ubayasena K. Ready-to-use DNA extracted with a CTAB method adapted for herbarium specimens and mucilaginous plant tissue // Plant Molecular Biology Reporter. 2006. V. 24. №2. P. 161-167.
  • DOI: 10.1007/BF02914055
  • Сбоева Я. В., Васильева Ю. С., Чертов Н. В., Пыстогова Н. А и др. Молекулярно-генетическая идентификация популяций сосны обыкновенной и лиственницы сибирской в Пермском крае на основании полиморфизма ISSR-маркеров // Сибирский лесной журнал. 2020. № 4. С. 35-44.
  • DOI: 10.15372/SJFS20200405
  • Боронникова С. В., Бобошина И. В. Способ молекулярно-генетической идентификации популяций древесных видов растений. Патент на изобретение РФ №2505956. Бюл. изобр., 2014. №4. 10 с.
Еще
Статья научная
QR-код для установки приложения SciUp Наведите камеру и скачайте бесплатное приложение SciUp