Молекулярно-генетический мониторинг ассоциированной микрофлоры лососевидных рыб: разнообразие и физиологический статус
Автор: Белькова Н.Л., Суханова Е.В., Деникина Н.Н., Русинек О.Т., Дзюба Е.В.
Журнал: Известия Самарского научного центра Российской академии наук @izvestiya-ssc
Рубрика: Мониторинг
Статья в выпуске: 1-4 т.12, 2010 года.
Бесплатный доступ
Актуальность внедрения молекулярно-генетического мониторинга ассоциированной микрофлоры рыб предусматривает развитие молекулярной диагностики заболеваний и обусловлена в первую очередь угрозой широкого распространения бактериальных, вирусных и грибковых инфекций в условиях искусственного содержания. Разработка и внедрение эффективной методики селективной детекции живых и жизнеспособных бактериальных клеток на основе направленного ингибирования внеклеточной ДНК позволит быстро и корректно выявлять возбудителя инфекционных заболеваний рыб и контролировать эффективность проведения санитарно- эпидемиологических мероприятий. Предложен и апробирован на лососевидных рыбах из аквариумных экспозиций Байкальского музея ИНЦ СО РАН метод селективной инактивации ДНК отмерших клеток организма-хозяина и бактерий с использованием моноазида этидиумбромида (ЕМА). Подобраны условия выделения ДНК, в групп- и видо-специфичных ПЦР получены наборы целевых ампликонов, проведена серия экспериментов с лабораторной культурой штамма E. coli. Установлено, что при низких концентрациях анавидин является эффективным лизирующим реагентом и на его основе возможно создание нового набора для выделения тотальной ДНК. Предлагаемая методика будет востребована при разработке современных наукоемких технологий молекулярно-генетического мониторинга водных экосистем.
Лососевидные рыбы, микрофлора рыб, бактериальные инфекции, молекулярно-генетические методы, аквариумные экспозиции
Короткий адрес: https://sciup.org/148199093
IDR: 148199093
Список литературы Молекулярно-генетический мониторинг ассоциированной микрофлоры лососевидных рыб: разнообразие и физиологический статус
- Белькова, Н.Л. Введение в молекулярную экологию микроорганизмов: Учебно-методическое пособие/Н.Л. Белькова, А.М. Андреева. -Ярославль: Изд-во ООО «Принтхаус», 2009. -91 с.
- Белькова, Н.Л. Адаптация методов молекулярно-генетического анализа для изучения микроорганизмов, ассоциированных с рыбами/Н.Л. Белькова, Е.В. Дзюба, Е.В. Суханова, Т.А. Ханаева//Биология внутренних вод. -2008. -№2. -С. 91-94.
- Белькова, Н.Л. Молекулярно-генетическая идентификация кишечной микрофлоры и протистов байкальских рыб/Н.Л. Белькова, Е.В. Дзюба, Е.В. Суханова//Аннотированный список фауны озера Байкал и его водосборного бассейна: в 2 томах. -Новосибирск: Наука, 2009. -Т.II: Водоемы и водотоки юга Восточной Сибири и Северной Монголии/О.А. Тимошкин, В.И. Провиз, Т.Я. Ситникова и др. -(Справочники и определители по фауне и флоре озера Байкал). -С. 957-980.
- Bentsink, L. Amplification of RNA by NASBA allows direct detection of viable cells of Ralstonia solanacearum in potato/L. Bentsink, G.O. Leone, J.R. van Beckhoven et al.//J. Appl. Microbiol. -2002. -V. 93. -P. 647-655.
- Buller, N.B. Bacteria from fish and other aquatic animals: a practical identification manual. -Oxfordshire: CABI publishing, 2004. -361 p.
- Burnett, S.L. Comparison of methods for fluorescent detection of viable, dead, and total Escherichia coli O157:H7 cells in suspensions and on apples using confocal scanning laser microscopy following treatment with sanitizers/S.L. Burnett, L.R. Beuchat//Int. J. Food Microbiol. -2002. -V. 74. -P. 37-45.
- Flekna, G. Insufficient differentiation of live and dead Campylobacter jejuni and Listeria monocytogenes cells by ethidium monoazide (EMA) compromises EMA/real-time PCR/G. Flekna, P. Stefanic, M. Wagner et al.//Res. Microbiol. -2007. -V. 158. -P. 405-412.
- Haygood, M.G. Light organ symbioses in fishes//Crit. Rev. Microbiol. -1993. -V. 19. -P. 191-216.
- Haygood, M.G. Polymerase chain-reaction and 16S-ribosomal-RNA gene-sequences from the luminous bacterial symbionts of 2 deep-sea anglerfishes/M.G. Haygood, D.L. Distel, P.J. Herring//J. Mar. Biol. Assoc. U.K. -1992. -V. 72. -P. 149-159.
- Lee, J.-L. Quantification of total viable bacteria on fish fillets by using ethidium bromide monoazide real-time polymerase chain reaction/J.-L. Lee, R.E. Levin//Int. J. Food Microbiol. -2007. -V. 118. -P. 312-317.
- Lee, J.-L. A comparative study of the ability of EMA and PMA to distinguish viable from heat killed mixed bacterial flora from fish fillets/J.-L. Lee, R.E. Levin//J. Microbiol. Methods. -2009. -V. 76. -P. 93-96.
- McKillip, J.L. rRNA stability in heat killed and UV-irradiated enterotoxigenic Staphylococcus aureus and Escherichia coli O157:H7/J.L. McKillip, L.A. Jaykus, M. Drake//Appl. Environ. Microbiol. -1998. -V. 64. -P. 4264-4268.
- Michel, C. Production of viable cultures of Flavobacterium psychrophilum: approach and control/C. Michel, D. Antonio, R.P. Hedrick//Res. Microbiol. -1999. -V. 150. -P. 351-358.
- Nocker, A. Selective removal of DNA from dead cells of mixed bacterial communities by use of ethidium monoazide/A. Nocker, A.K. Camper//Appl. Environ. Microbiol. -2006. -V. 72. -P. 1997-2004.
- Nocker, A. Selective detection of live bacteria combining propidium monoazide sample treatment with microarray technology/A. Nocker, A. Mazza, L. Masson et al.//J. Microbiol. Methods. -2009. -V. 76. -P. 253-261.
- Novak, J.S. Detection of heat injury in Listeria monocytogenes Scott A/J.S. Novak, V.K. Juneja//J. Food Prot. -2001. -V. 64. -P. 1739-1743.
- Rudi, K. Use of ethidium monoazide and PCR in combination for quantification of viable and dead cells in complex samples/K. Rudi, B. Moen, S.M. Dromtorp, A.L. Holck//Appl. Environ. Microbiol. -2005. -V. 71. -P. 1018-1024.
- Sheridan, G.E. Detection of mRNA by reverse transcription-PCR as an indicator of viability in Escherichia coli cells/G.E. Sheridan, C.I. Masters, J.A. Shallcross, B.M. MacKey//Appl. Environ. Microbiol. -1998. -V. 64. -P. 1313-1318.
- Spanggaard, B. The microflora of rainbow trout intestine: a comparison of traditional and molecular identification/B. Spanggaard, I. Huber, J. Nielsen et al.//Aquaculture. -2000. -V. 182. -P. 1-15.
- Van der Maarel, M.J.E.C. Detection of methanogenic archaea in seawater particles and the digestive tract of a marine fish species/M.J.E.C. Van der Maarel, W. Sprenger, R. Haanstra, L.J. Forney//FEMS Microbiol. Lett. -1999. -V. 173. -P. 189-194.
- Wagner, A.O. Removal of free extracellular DNA from environmental samples by ethidium monoazide and propidium monoazide/A.O. Wagner, C. Malin, B.A. Knapp, P. Illmer//Appl. Environ. Microbiol. -2008. -V. 74. -P. 2537-2539.
