Обработка результатов токсикологических исследований в статистической программе R

Автор: Федосеева Елена Васильевна, Терехова Вера Александровна, Цесаренко Ольга Васильевна, Гладкова Марина Михайловна

Рубрика: Методы экологических исследований

Статья в выпуске: 3 (15) т.4, 2015 года.

Бесплатный доступ

Представленная статья посвящена анализу экспериментальной ценности и приемлемости результатов токсикологических исследований в статистической среде R. Эта свободно распространяемая программа обладает большими функциональными возможностями и алгоритмической продуманностью, что делает ее «…безусловным лидером среди свободно распространяемых систем статистического анализа…». Данными служили результаты экспериментов по оценке токсичности образца высокоминерализованных отходов промышленного производства. Оценивали две тест-функции: изменение прироста численности клеток и уровня флуоресценции лабораторной культуры морских диатомовых водорослей Phaeodactylum tricornutum. В статье представлен подробный алгоритм анализа, а именно: инициализация данных, оценка выборочных параметров описательной статистики, оценка токсичности, однофакторный дисперсионный анализ, множественные сравнения Тьюки и Даннета, оценка корреляции наблюдаемых переменныx (коэффициенты Пирсона и Спирмена). Полный перечень скриптов позволит воспроизвести подобный анализ.

Еще

Токсикологические исследования, тест-функции, статистическая программа r, дисперсионный анализ, корреляция, статистическая значимость

Короткий адрес: https://sciup.org/147112755

IDR: 147112755

Список литературы Обработка результатов токсикологических исследований в статистической программе R

Anderson J.A.H., Hooper M.J., Zak J.C., Cox S.B. Characterization of the structural and functional diversity of indigenous soil microbial communities in smelter-impacted and nonimpacted soils // Environmental Toxicology and Chemistry. V. 28. N 3. 2009. Р. 534-;541.
Benjamin I. P. Spatial patterns in benthic biodiversity of Chesapeake bay, USA (1984-;1999): association with water quality and sediment toxicity // Environmental Toxicology and Chemistry. V. 21. N 1. 2002. Р. 151-;162.
Comparison of statistical packages. URL: http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_statistical_packages (дата обращения 16.08.2015)
Free Statistical Software, data and resources. URL: http://freestatistics.altervista.org/?p=stat (дата обращения 16.08.2015)
Frostegåd Å., Tunlid A. and Bååth E. Phospholipid fatty acid composition, biomass, and activity of microbial communities from two soil types experimentally exposed to different heavy metals // Appl. Environ. Microbiol. V. 59. N 11. 1993. P. 3605-;3617.
Grace-Martin K. Checking the Normality Assumption for an ANOVA Model. URL: www.theanalysisfactor.com/checking-normality-anova-model (дата обращения 16.08.2015)
R Development Core Team. R: A language and environment for statistical computing. Austria: Vienna, 2013. URL:http://www.R-project.org/ (дата обращения 24.04.2015)
Stefanowicz A.M., Niklin´ska M., Laskowski R. Metals affect soil bacterial and fungal functional diversity differently // Environmental Toxicology and Chemistry. V. 27. N 3. P. 591-;598.
Timofeyev M., Shatilina Zh. Different preference reactions of three lake Baikal endemic amphipods to temperature and oxygen are correlated with symbiotic life // Crustaceana. V. 80. N 2. 2007. P. 129-;138.
Venables W.N., Smith D.M. An Introduction to R. R Development Core Team, 2014. 105 p. (Рус. пер.: Венэбльз У.Н., Смит Д.М. Введение в R: Заметки по R: среда программирования для анализа данных и графики: пер. с англ. Вер. 3.1.0. Москва, 2014. 109 с.) Yakimenko O., Terekhova V. Humic preparations and the assessment of their biological activity for certification purposes // Eurasian Soil Science. V. 44. N 11. 2011. P. 1222-;1230.
ГОСТ Р ИСО 5725-6-2002: Точность (правильность и прецизионность) методов и результатов измерений [The accuracy (correctness and precision) of methods and results of measurements]
Жмур Н.С. Методика определения токсичности водных вытяжек из галитовых отходов и глинисто-солевых шламов, образующихся при производстве калийных удобрений, по снижению темпа роста (снижению численности клеток) и снижению уровня флуоресценции хлорофилла морских водорослей Phaeodactylum tricornutum [The method of determining  water extracts toxicity of halite waste and clay-salt sludge generated in the production of potash fertilizers by the reduction of growth rate (a decrease in the number of cells) and decreased level of chlorophyll fluorescence of marine algae Phaeodactylum tricornutum]. М.: АКВАРОС, 2009. 36 с.
Жмур Н.С. Методика определения токсичности воды и водных вытяжек из почв, осадков сточных вод, отходов по смертности и изменению плодовитости цериодафний [The method of determining  water toxicity and water extracts from soil, sewage sludge, waste by mortality and fertility change of ceriodaphnia]. М.: АКВАРОС, 2007. 56 с.
Заряднов И.С. Введение в статистический пакет R: типы переменных, структуры данных, чтение и запись информации, графика [The introduction to the statistical package R: variable types, data structures, reading and writing information, graphics]. М.: Изд-во Российского университета дружбы народов, 2010. 207 с.
Кабаков Р.И. R в действии: Анализ и визуализация данных в программе R [R in Action: Data Analysis and Graphics With R. Manning Publications] / пер. с англ. П.А. Волкова. Москва: ДМК Пресс, 2014. 580 с.
Колеников С.О. Прикладной эконометрический анализ в статистическом пакете Stata [Applied econometric analysis in the statistical package Stata]: в 2 ч. Москва: РЭШ, 2001. 112 с.
Мастицкий С.Э., Шитиков В.К. Статистический анализ и визуализация данных с помощью R [Statistical analysis and data visualization using R]. Москва: ДМК Пресс, 2015. 496 с. URL: http://r-analytics.blogspot.com (дата обращения 16.08.2015)
Трахтенберг И.М., Сова Р.Е., Шефтель В.О., Оникиенко Ф.А. Проблемы нормы в токсикологии [The problem of norm in toxicology]. М.: Медицина, 1991. 208 с.
Шипунов А.Б. и др. Наглядная статистика. Используем R! [Visual statistics. Use R!] Москва: ДМК Пресс, 2014. 298 с.

Еще

Статья научная