Обзор методов генетической дифференциации штаммов возбудителя псевдотуберкулеза

Обзор методов генетической дифференциации штаммов возбудителя псевдотуберкулеза

Автор: Мелоян Мисак Геворгович, Воскресенская Екатерина Александровна, Лебедева Светлана Александровна, Трухачев Алексей Леонидович

Журнал: Вестник Пермского университета. Серия: Биология @vestnik-psu-bio

Рубрика: Генетика

Статья в выпуске: 1, 2022 года.

Бесплатный доступ

Псевдотуберкулез - инфекционное заболевание, возбудителем которого является Yersinia pseudotuberculosis. Заболевание проявляется в виде спорадических вспышек и наносит существенный урон здоровью населения. Помимо своевременного выявления возбудителя используют различные методы для эффективного определения принадлежности возбудителя к определенному генотипу. В настоящее время для генотпирования штаммов возбудителя псевдотуберкулеза используются различные методы. В обзоре представлены методы генетической дифференциации, наиболее часто используемые в последнее время: MLVA, MLST, IS-RFLP и т.д. Анализ применяемых методов поможет подобрать наиболее эффективный метод для генотипирования возбудителя псевдотуберкулеза, а также выбрать вектор разработки нового подхода.

Еще

Возбудитель псевдотуберкулеза, yersinia pseudotuberculosis, обзор, методы, генотипирование, анализ

Короткий адрес: https://sciup.org/147237569

IDR: 147237569

Список литературы Обзор методов генетической дифференциации штаммов возбудителя псевдотуберкулеза

  • Бургасова О.А. Клинико-патогенетические аспекты поражений суставов возбудителями бактериальной природы, совершенствование лабораторной диагностики, подходы к терапии: автореф. дис. ... д-ра мед. наук. М., 2011. 41 с.
  • Бургасова О.А. и др. Влияние факторов патогенности Y. pseudotuberculosis на развитие поражений опорно-двигательного аппарата в виде реактивных артритов // Инфекционные болезни. 2009. Т. 7, № 4. С. 33-36.
  • Водопьянов А.С. и др. Разработка метода дифференцировки Yersinia pestis и Yersinia pseudotuberculosis на основе INDEL-маркеров // Современные аспекты изучения особо опасных и других инфекционных заболеваний: материалы науч.-практ. конф. Ростов-на-Дону, 2014. С. 147-150.
  • Водопьянов А.С. и др. Indel-типирование штаммов Vibrio cholerae // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2017. № 4. С. 195-200.
  • Евсеева В.В. и др. Типирование Yersinia pseudotuberculosis с помощью мультилокусного анализа вариабельного числа тандемных повторов // Проблемы особо опасных инфекций. 2015. № 4. С. 55-57.
  • Каримова Т.В. Энтеропатогенные иерсинии: микробиологический мониторинг, молекулярно-биологические особенности, алгоритм лабораторной диагностики: автореф. дис. ... канд. мед. наук. Иркутск, 2017. 22 с.
  • Каримова Т.В., Климов В.Т., Чеснокова М.В. Молекулярно-биологическая характеристика Yersinia pseudotuberculosis и Yersinia enterocolitica, выделенных в Сибири и на Дальнем Востоке // Бюллетень ВСНЦ СО РАМ. 2016, Т. 1, № 3 (109). Ч. 1. C. 60-64.
  • Климов В.Т., Чеснокова М.В. Молекулярно-генетический мониторинг на основе ПЦР О-генотипирования // Молекулярная генетика. 2007. № 4. С. 14-17.
  • Кокорина Г.И. Генотипы штаммов Yersinia pseudotuberculosis и их клиническое и диагностическое значение: дис. ... канд. мед. наук. СПб., 2013. 142 с.
  • Пат. RU2736649C1 Российская Федерация, МПК C12N1/00, C12Q1/68. Способ генетической дифференциации штаммов Yersinia pseudotuberculosis путем молекулярно-генетического типирования / А.Л. Трухачев, М.Г. Мелоян, А.С. Водопьянов и др.; заявитель и патентообладатель ФКУЗ "Ростовский-на-Дону ордена трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт". № 2019145645; заявл. 30.12.2019; опубл. 19.11.2020.
  • Сомова Л.М. и др. Плазмид-ассоциированная вирулентность Yersinia pseudotuberculosis и инфекционный процесс // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2016. № 6. C. 74-85.
  • Шестакова М.Д. и др. Диагностическая и лечебная тактика при абдоминальной форме иерсинио-зов у детей // Педиатрия. 2012. № 4. C. 37-42.
  • Шубин Ф.Н. Экологические и молекулярно-биологические аспекты эпидемиологии псевдотуберкулёза: автореф. дис. ... д-ра мед. наук. М., 1993. 40 с.
  • Шурыгина И.А. и др. Псевдотуберкулез. Новосибирск: Наука, 2003. 320 с.
  • Amphlett A. Far East Scarlet-Like Fever: A Review of the Epidemiology, Symptomatology, and Role of Superantigenic Toxin: Yersinia pseudotuberculosis-Derived Mitogen A. // Open Forum Infect Dis. 2015. Vol. 3: ofv202.
  • Bogdanovich T. et al. Use of O-antigen gene cluster-specific PCRs for the identification and O-genotyping of Yersinia pseudotuberculosis and Yersinia pestis. // Journal of Clinical Microbiology. 2003. Vol. 41. P. 5103-5112.
  • Ch'ng S.L. et al. Population structure and evolution of pathogenicity of Yersinia pseudotuberculosis. // Applied and Environmental Microbiology. 2011. Vol. 77. P. 768-775.
  • Duan R. et al. Homology analysis of pathogenic Yersinia species Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, and Yersinia pestis based on multilocus sequence typing // Journal of Clinical Microbiology. 2014. Vol. 52(1). P. 20-29.
  • EFSA (European Food Safety Authority) and ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control), 2016. The European Union summary report on trends and sources of zoonoses, zoonotic agents and food-borne outbreaks in 2015 // EFSA Journal. 2016. Vol. 14. 231 p.
  • Fukushima H. et al. Geographical heterogeneity between Far Eastern and Western countries in prevalence of the virulence plasmid, the superantigen Yersinia pseudotuberculosis-derived mitogen and the high-pathogenicity island among Yersinia pseudotuberculosis strains // Journal of Clinical Microbiology. 2001. Vol. 39(10) P. 3541-3547.
  • Halkilahti J., Haukka K., Siitonen A. Genotyping of outbreak-associated and sporadic Yersinia pseudotuberculosis strains by novel multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) // Journal of Microbiological Methods. 2013. Vol. 95(2). P. 245-250.
  • Kenyon J.J., Cunneen M.M., Reeves P.R. Genetics and evolution of Yersinia pseudotuberculosis O-specific polysaccharides: a novel pattern of O-antigen diversity // FEMS microbiology reviews. 2017. Vol. 41(2). P. 200-217.
  • Laukkanen-Ninios R. et al. Population structure of the Yersinia pseudotuberculosis complex according to multilocus sequence typing // Environmental Microbiology. 2011. Vol. 13. P. 3114-3127.
  • Le Flèche P. et al. A tandem repeats database for bacterial genomes: application to the genotyping of Yersinia pestis and Bacillus anthracis // BMC Microbiology. 2001. 1:2.
  • Niskanen T. et al. Characterization of non-pathogenic Yersinia pseudotuberculosis-like strains isolated from food and environmental samples // International Journal of Food Microbiology. 2009. Vol. 129. P. 150-156.
  • Savin C. et al. The Yersinia pseudotuberculosis complex: characterization and delineation of a new species, Yersinia wautersii // International Journal of Food Microbiology. 2014. Vol. 304. P. 452-463.
  • Souza R.A. et al. Molecular typing of Yersinia pseudotuberculosis strains isolated from livestock in Brazil // Genetics and Molecular Research. 2013. Vol. 12. P. 4869-4878.
  • Thal E., Knapp W. A revised antigenic scheme of Yersinia pseudotuberculosis // Progress in Immunologic Standardization. 1971. Vol. 15. P. 219-222.
  • Voskresenskaya E. et al. Evaluation of ribotyping as a tool for molecular typing of Yersinia pseudotuberculosis strains of worldwide origin // Journal of Clinical Microbiology. 2005. Vol. 43. P. 6155-6160.
  • Voskresenskaya E. et al. Typing and clustering of Yersinia pseudotuberculosis isolates by restriction fragment length polymorphism analysis using insertion sequences. // Journal of Clinical Microbiology. 2014. Vol. 52. P. 1978-1989.
Еще
Статья научная
QR-код для установки приложения SciUp Наведите камеру и скачайте бесплатное приложение SciUp