Оценка бактериального состава сметаны с помощью высокопроизводительного секвенирования

Молочнокислые бактерии активно применяются в качестве заквасок для различных продуктов питания, и, в том числе, при производстве молочной продукции. От качества закваски зачастую зависит качество конечного продукта. Сметана является традиционным продуктом для многих стран. Её изготовление основывается на ферментации сливок при добавлении определенных видов заквасочных культур, относящихся к таким родам, как Streptococcus, Lactobacillus, Lactococcus, Pediococcus и Enterococcus. С помощью метода высокопроизводительного секвенирования были исследованы бактериальные составы образцов сметаны различных производителей доступные на российском рынке. Секвенирование проводилось на секвенаторе Illumina MiSeq. Учитывались бактериальные таксоны, чьё процентное соотношение превышало 1% относительно всех идентифицированных микроорганизмов в образце. В результате анализа полученных данных было установлено, что доминирующими бактериями во всех образцах 20%-ой сметаны оказались представители родов Streptococcus и Lactococcus. Образцы №3 и №10 содержали Lacticaseibacillus. Их процентное содержание в данных образцах не превышало 2%. В образце сметаны №1 были выявлены представители рода Enterococcus (3% от общего числа бактерий, обнаруженных в образце). Видовой анализ микробного сообщества исследованных образцов с помощью системы Nucleotide BLAST позволил определить, что в качестве заквасочных культур производителями использовались Lactococcus lactis, Streptococcus thermophilus, Lacticaseibacillus rhamnosus (сметана под номерами 3 и 10) и Enterococcus faecium.(сметана №1) Данные бактерии традиционно используются при производстве кисломолочной продукции за счёт способности формировать специфические вкусы, ароматы и текстуры в процессе ферментации.