Оценка применимости известных SSR-маркеров для создания молекулярно-генетических паспортов селекционного материала рапса ВНИИМК

Озимый и яровой рапс (Brassica napus L.) является одной из важнейших масличных, кормовых, сидеральных и медоносных культур в Российской Федерации. Для анализа генетического разнообразия селекционного материала и разработки генетических паспортов сортов и гибридов рапса необходима эффективная методика генотипирования на основе молекулярных маркеров. Данное исследование направлено на оценку пригодности известных SSRмаркеров для решения этих задач. Работа проведена в лаборатории молекулярногенетических исследований ФГБНУ ФНЦ ВНИИМК. В качестве материала использовали 5–7дневные проростки 20 линий рапса озимого селекции ВНИИМК. Амплификация ДНК выполнена с 15 парами опубликованных SSRпраймеров; детекцию фрагментов ДНК проводили методом электрофореза в 8 % денатурирующем полиакриламидном геле. Результаты показали, что маркеры в половине случаев выявляли локусы, присутствующие одновременно на обоих субгеномах рапса. Преобладали маркеры с динуклеотидными мотивами и участками низкой сложности; некоторые демонстрировали доминантный тип наследования. Всего идентифицировано 23 маркерных локуса. Из них пять локусов оказались мономорфными. Два маркера демонстрировали множественные неспецифичные или нечеткие фрагменты ДНК. Оставшиеся 16 маркеров выявили полиморфизм в пределах изученной группы образцов: число аллелей (na) варьировало от 2 до 4, эффективное число аллелей (ne) – от 1,1 до 3,76, индекс полиморфного информационного содержания (PIC) – от 0,09 до 0,55. Дискриминационный потенциал системы маркеров был умеренным. Испытанные маркеры позволили дифференцировать все изученные образцы рапса. Однако, в основном, данные маркеры не удовлетворяют критериям, необходимым для разработки технологии генетической паспортизации рапса. Поиск оптимальных маркеров будет продолжен.