Определение коэффициента самодиффузии воды в пакете Gromacs
Автор: Булдашев Иван Владимирович, Мирзоев Александр Аминулаевич
Рубрика: Физика
Статья в выпуске: 10 (227), 2011 года.
Бесплатный доступ
Проведены молекулярно-динамическое моделирование температурных зависимостей коэффициента самодиффузии воды вблизи критической области при помощи пакета Gromacs с использованием трехточечного межчастичного SPC-потенциала и сравнение результатов моделирования с опытными данными. Показано, что выбранная методика позволяет обеспечить хорошее согласие результатов моделирования с данными других авторов и эксперимента. Показано, что температурная зависимость коэффициента самодиффузии в критической области одинаково хорошо аппроксимируется как кривыми типа Аррениуса, так и уравнением Коэна-Турнбулла.
Диффузия, вода, потенциал spc, spс potential, молекулярно-динамическое моделирование
Короткий адрес: https://sciup.org/147158669
IDR: 147158669
Список литературы Определение коэффициента самодиффузии воды в пакете Gromacs
- Malenkov, G.G. Liquid water and ices: understanding the structure and physical properties/G.G. Malenkov//J. Phys.: Condens. Matter. -2009. -V. 21. -P. 283101(35 pp.).
- Toukan, K. Molecular-dynamics study of atomic motions in water/K. Toukan, A. Rahman//Phys. Rev. B. -1985. -V. 31. -P. 2643-2648.
- Harrington, S. Liquid-Liquid Phase Transition: Evidence from Simulations/S. Harrington, R. Zhang, P.H. Poole et al. II Phys. Rev. Lett. -1997. -V. 78. -P. 2409-2412.
- Саркисов, Г.Н. Структурные модели воды/Г.Н. Саркисов//УФН. -2006. -Т. 176. -Вып. 8.-С. 833-845.
- Berendsen, H.J.C. Interaction models for water in relation to protein hydration/H.J.C. Berendsen, J.P.M. Postma, W.F. van Gunsteren et al. II Intermolecular forces. -Dordrecht: D. Reidel Publishing Company, 1981. -P. 331-342.
- Киселев, М.Г. Влияние отталкивательного взаимодействия на структурные и динамические особенности жидкой воды. Роль молекулярной поляризуемости/М.Г. Киселев, Ю.П. Пуховский, Д.В. Ивлев и др.//Журнал структурной химии. -1999. -Т. 40. -Вып. 2. -С. 296-303.
- Star, F.W. Dynamics of simulated water under pressure/F.W. Star, F. Sciortino, H.E. Stanley//Phys. Rev. E -1999. -V. 60. -P. 6757-6768.
- Berendsen, H.J.C. Molecular dynamics with coupling to an external bath/H.J.C. Berendsen, J.P.M. Postma, A. DiNola et al. II J. of Chem. Phys. -1984. -V. 81. -P. 3886-3892.
- Spoel, D. A systematic study of water models for molecular simulation: Derivation of water models optimized for use with a reaction field/D. Spoel, P.J. van Maaren, H.J.C. Berendsen//J. of Chem. Phys.-1998.-V. 108.-P. 10220-10229.
- Krynicki, K. Pressure and temperature dependence of self-diffusion in water/K. Krynicki, CD. Green, D.W. Sawyer//Faraday Discuss. Chem. Soc. -1978. -V. 66. -P. 199-208.
- Жирифалько, Л.А. Статистическая физика твердого тела/Л.А. Жирифалько; пер. с англ. А.В. Ведяева, Ю.Г. Рудого. -М.: Мир, 1975. -382 с.
- Cohen, M.H. Molecular Transport in Liquids and Glasses/M.H. Cohen, D. Turnbull//J. of Chem.Phys.-1959.-V. 31.-P. 1164-1169.
- Lamb, W.J. Self-diffusion in compressed supercritical water/W.J.Lamb, G.A.Hoffman, J. Jonas//J. of Chem. Phys. -1981. -V. 74. -P. 6875-6880.
