Параллельное решение систем линейных уравнений на гибридной архитектуре CPU+GPU

Автор: Недожогин Никита Сергеевич, Копысов Сергей Петрович, Новиков Александр Константинович

Журнал: Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия: Вычислительная математика и информатика @vestnik-susu-cmi

Статья в выпуске: 2 т.9, 2020 года.

Бесплатный доступ

В статье рассматривается параллельная реализация решения систем линейных алгебраических уравнений на вычислительных узлах, содержащих центральный процессор (CPU) и графические ускорители (GPU). Производительность параллельных алгоритмов для классических схем метода сопряженных градиентов при совместном использовании CPU и GPU существенно ограничивается наличием точек синхронизации. В статье исследуется конвейерный вариант метода сопряженных градиентов с одной точкой синхронизации и возможностью распределения нагрузки между CPU и GPU при решении систем уравнений большой размерности. Численные эксперименты проведены на тестовых матрицах и вычислительных узлах разной производительности гетерогенного кластера, что позволило оценить вклад коммуникационных затрат. Алгоритмы реализованы при совместном использованием технологий MPI, OpenMP и CUDA. Предложенные алгоритмы, помимо сокращения времени выполнения, позволяют решать системы линейных уравнений и большего порядка, для которых не обеспечиваются необходимые ресурсы памяти одним GPU или вычислительным узлом. При этом, конвейерный блочный алгоритм сокращает общее время выполнения за счет уменьшения точек синхронизации и объединения коммуникаций в одно сообщение.

Еще

Параллельные вычисления, метод сопряженных градиентов, сокращение коммуникаций

Короткий адрес: https://sciup.org/147234271

IDR: 147234271   |   DOI: 10.14529/cmse200203

Список литературы Параллельное решение систем линейных уравнений на гибридной архитектуре CPU+GPU

  • Agullo Е., Giraud L., Guermouche A., Roman J. Parallel hierarchical hybrid linear solvers for emerging computing platforms // Comptes Rendus Mecanique. 2011. Vol. 333. P. 96-103. DOI: 10.1016/j.crme.2010.11.005.
  • Gaidamour J., Henon P. A parallel direct/iterative solver based on a Schur complement approach // 11th IEEE International Conference on Computational Science and Engineering (San Paulo, Brazil, July, 16-18, 2008). IEEE. 2008. P. 98-105. DOI: 10.1109/CSE.2008.36.
  • Giraud L., Haidar A., Saad Y. Sparse approximations of the Schur complement for parallel algebraic hybrid solvers in 3D // Numerical Mathematics. 2010. Vol. 3, no. 3. P. 276-294. DOI: 10.4208/nmtma.2010.33.2.
  • Rajamanickam S., Boman E.G., Heroux M.A. ShyLU: A Hybrid-Hybrid Solver for Multicore Platforms // IEEE 26th International Parallel and Distributed Processing Symposium (Shanghai, China, May, 21-25, 2012). 2012. P. 631-643. DOI: 10.1109/IPDPS.2012.64.
  • Yamazaki I., Rajamanickam S., Boman E., Hoemmen M., Heroux M., Tomov S. Domain decomposition preconditioners for communication-avoiding Krylov methods on a hybrid CPU/GPU cluster // Proceedings of International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis (SC14). 2014. P. 933-944. DOI: 10.1109/SC.2014.81.
  • Kopysov S., Kuzmin I., Nedozhogin N., Novikov A., Sagdeeva Y. Scalable hybrid implementation of the Schur complement method for multi-GPU systems // The Journal of Supercomputing. 2014. Vol. 69. P. 81-88. DOI: 10.1007/sll227-014-1209-7.
  • Hestenes M.R., Stiefel E. Methods of Conjugate Gradients for Solving Linear Systems // Journal of Research of the National Bureau of Standards. 1952. Vol. 49. P. 409-436. DOI: 10.6028/jres.049.044.
  • Cornells J., Cools S., Vanroose W. The Communication-Hiding Conjugate Gradient Method with Deep Pipelines // CoRR abs/1801.04728. 2018. https://arxiv.org/abs/1801.04728.
  • D’Azevedo E.F., Romine C.H. Reducing communcation costs in the conjugate gradient algorithm on distributed memory multiprocessors // Technical Report ORNL/TM-12192, Oak Ridge National Lab, 1992. DOI: 10.2172/10176473.
  • Wilkinson J.H., Reinsch C. Linear Algebra. Springer, Berlin, Heidelberg, 1971. 441 p. DOI: 10.1007/978-3-662-39778-7
  • Chronopoulos A.T., Gear C.W. s-step iterative methods for symmetric linear systems // Journal of Computational and Applied Mathematics. 1989. Vol. 25, no. 2. P. 153-168. DOI: 10.1016/0377-0427(89)90045-9.
  • Ghysels P., Vanroose W. Hiding global synchronization latency in the preconditioned Conjugate Gradient algorithm // Parallel Computing. 2014. Vol. 40, no. 7. P. 224-238. DOI: 10.1016/j.parco.2013.06.001.
  • Gropp W. Update on libraries for blue waters. Bordeaux. France. 2010. URL: http://jointlab.ncsa.illinois.edu/events/workshop3/pdf/presentations/Gropp-Update-on-Libraries.pdf (дата обращения: 07.11.2019).
  • Кадыров И.Р., Копысов С.П., Новиков А.К. Разделение триангулированной многосвязной области на подобласти без ветвления внутренних границ // Ученые записки Казанского университета. Серия: Физико-математические науки. 2018. Т. 160. № 3. С. 544-560. DOI: 10.26907/2541-7746.
Еще
Статья научная