Перспективы применения секвенирования следующего поколения в определении BCR-ABL-независимых механизмов развития резистентности к терапии ИТК у пациентов с ХМЛ

Введение. Хронический миелоидный лейкоз (ХМЛ) – миелопролиферативное заболевание, характеризующиеся наличием реципрокной транслокации (филадельфийской хромосомы), в результате которой образуется химерный ген BCR-ABL. Продуктом химерного гена является белок, обладающей тирозинкиназной активностью. Синтез этого белка влияет на усиление пролиферации опухолевых клеток с блокированием их апоптоза. Хотя ингибиторы тирозинкиназы (ИТК) успешно применяются для лечения ХМЛ, у части пациентов развивается резистентность к лечению. В основном устойчивость возникает из-за мутаций в тирозинкиназном домене гена BCR-ABL. Однако все еще остается много случаев с неизвестными причинами резистентности к ИТК, поскольку этиопатология ХМЛ до конца не изучена.

Цель . Используя метод секвенирования следующего поколения (NGS) определить BCR-ABL-независимые биомаркеры резистентности к ИТК у пациентов с ХМЛ.

Материалы и методы. В исследование включены образцы крови 24 пациентов с резистентным течением ХМЛ (12 мужчин и 12 женщин) в возрасте от 26 до 72 лет (Ме=43). В качестве контрольной группы использовались образцы крови 5 пациентов, ответивших на лечение ИТК (3 мужчины и 2 женщины) в возрасте от 33 до 72 лет (Ме=54). Отсутствие мутаций в гене BCR-ABL у пациентов с резистентным течением ХМЛ подтверждалось прямым секвенированием по Сэнгеру. Наличие резистентности к терапии оценивали по критериям ELN 2021. Пациентам было проведено NGS исследование миелоидной панели, включающей 116 генов, со средней глубиной прочтения 1000х на приборе MiSeq (Illumina). Клиническая значимость мутаций определялась по базам данных COSMIC, ClinVar и VarSome.

Результаты . У всех исследуемых пациентов выявлены генетические аномалии: в среднем по 5 мутаций (от 1 до 10 у одного пациента). Суммарно выявлено 110 мутаций: из них 78 миссенс-мутаций, 1 – нонсенс-мутация, 25 – синонимичных мутаций, 4 варианта со сдвигом рамки считывания, а также 2 мутации в области интрона гена BCR. 101 (92%) мутация имеет неясную клиническую значимость. Наиболее часто аномалии встречались в опухолевом супрессоре NF1 (10), генах-регуляторах процесса транскрипции TET2 (10) и ATRX (7), гене когезинового комплекса STAG2 (6), гене эпигенетической регуляции ASXL1 (6). У двух пациентов обнаруживалась патогенная мутация в гене ASXL1 (р. G646Wfs*12), ассоциированная со снижением восприимчивости к терапии ИТК. Несмотря на то, что мутации в генах NF1 и

ATRX чаще других встречаются у резистентных к терапии пациентов с неблагоприятным течением заболевания, в нашем исследовании эти мутации отмечались у пациентов, ответивших на лечение. У одного пациента было выявлено сочетание двух патогенных мутаций в генах DNMT3A и RUNX1. Большой молекулярный ответ у данного пациента не был достигнут в течение четырех лет терапии, а в дальнейшем развился бластный криз. Отмечается, что мутации в гене RUNX1 встречаются у больных с резистентной формой ХФ ХМЛ и ассоциированы с неблагоприятным течением заболевания. Несмотря на важную роль метода NGS в определении патогенных мутаций, влияющих на резистентность к ИТК, необходимо искать дополнительные маркеры. Так наличие мутаций в некодирующей области гена BCR, может влиять на его регуляцию экспрессии. Вместе с этим, как известно, регуляторами экспрессии генов, связанных с патогенезом ХМЛ, являются также микроРНК. МикроРНК – короткие некодирующие последовательности РНК, регулирующие экспрессию генов на посттранскрипционном уровне. В литературе упоминается, что микроРНК регулируют экспрессию генов сигнальных путей, участвующих в клеточной пролиферации, апоптозе и подавлении опухолей.

Выводы . У пациентов с резистентным течением ХМЛ наиболее часто выявляются методом NGS мутации в генах NF1, TET2, ATRX, STAG2 и ASXL1. При этом мутации в генах DNMT3A и RUNX1 ассоциируются с развитием бластной трансформации. Сочетание полученных результатов исследования с применением NGS и изучения влияния микроРНК является перспективной областью исследования не только для поиска новых диагностических маркеров, но и оценки прогрессии заболевания, ответа на лечение и для разработки инновационных схем терапии.