Поиск новых SSR-локусов ДНК для создания эффективной технологии генотипирования сои

Поиск новых SSR-локусов ДНК для создания эффективной технологии генотипирования сои

Автор: Рамазанова Светлана Алексеевна, Савиченко Виолетта Георгиевна, Устарханова Эльмира Гереевна, Логинова Елизавета Дмитриевна, Рамазанов Руслан Нурмагомедович, Гучетль Аслан Хавиретович

Журнал: Масличные культуры. Научно-технический бюллетень Всероссийского научно-исследовательского института масличных культур @vniimk

Рубрика: Селекция и семеноводство сельскохозяйственных растений

Статья в выпуске: 4 (188), 2021 года.

Бесплатный доступ

Соя - основная белковомасличная культура, имеющая большое экономическое значение. В настоящее время для характеристики новых сортов, заявленных на выдачу патента, все больше применяют современные методы, основанные на анализе микросателлитных (SSR) локусов ДНК. Целью данной работы было провести поиск новых микросателлитных маркеров для оптимизации уже существующей технологии идентификации и паспортизации сортов сои. А так же подобрать условия проведения ПЦР с ними и апробировать на сортах коллекции ВИР. Из литературных источников и библиотечных баз данных были выбраны семь микросателлитных локусов, показавших высокий уровень полиморфизма на образцах сои и локализованных в разных хромосомах. Были подобраны экспериментальным путем оптимальные температуры отжига для всех пар SSR-праймеров. Результаты амплификации ДНК 20 генотипов сои показали, что все семь изученных SSR-локусов полиаллельны. В целом было выявлено 22 аллеля, что в среднем составило 3,1 на локус. Эффективное число аллелей Ne для изученных генотипов сои варьировало от 1,69 до 2,27 и в среднем составило 2,01. Среднее значение индекса полиморфного информационного содержания (PIC) было 0,50. Все изученные образцы сои имеют уникальные наборы аллелей по изученным локусам. Установлено, что семь апробированных нами локусов могут быть использованы при создании эффективной технологии для идентификации и паспортизации генотипов сои.

Еще

Соя, glycine max (l.) merr, ssr, микросателлиты, днк, паспортизация, генетическое разнообразие

Короткий адрес: https://sciup.org/142231746

IDR: 142231746   |   DOI: 10.25230/2412-608X-2021-4-188-18-24

Список литературы Поиск новых SSR-локусов ДНК для создания эффективной технологии генотипирования сои

  • Давидчук Н.Д., Корабельская Е.М., Еремеева Н.В., Кобыльский Г.И. Полиморфизм запасных белков и использование его в семеноводстве пшеницы и ячменя // Вестник Тамбовского Государственного Университета. -2009. - Т. 14. - С. 116-121.
  • Азарин К.В., Маркин Н.В., Лотник B.C., Усатов А.В. ДНК маркеры в селекции растений: учеб. пособие // Ростов-на-Дону: Издательство Южного федерального университета, 2012. - С. 16.
  • Сухарева А.С., Кулуев Б.Р. ДНК-маркеры для генетического анализа сортов культурных растений // Биомика. - 2018. - Т. 10. - № 1. - С. 69-84.
  • Гучетль С.З., Зайцев Н.И., Фролов С.С., Фролова И.Н., Кузнецова Е.С. Генотипирование инбредных линий и гибридов подсолнечника селекции Армавирской опытной станции ВНИИМК с помощью микросател-литных локусов // Масличные культуры. - 2019. - № 3 (179). - С. 27-34.
  • Сиволап Ю.М., Бальвинская М.С., Родер М. SSRP-анализ молекулярно-генетического полиморфизма сортов ярового ячменя южно-украинской селекции // Доклады Росс. акад. сельхоз. наук. - 2001. - № 5. - С. 3-7.
  • Колобова О.С., Малюченко О.П. , Шалаева Т.В., Шанина Е.П., Шилов И.А. [и др.]. Генетическая паспортизация картофеля на основе мультиплексного анализа 10 микросателлитных маркеров // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2017. - № 21. - С. 124-127. DOI 10.18699/VJ17.230
  • Супрун И.И., Ковалев В.С., Токмаков С.В., Белан К.А. ДНК-паспортизация современных российских сортов риса с применением SSR-маркеров // Науч. журнал КубГАУ - 2017. - Т. 131. - С. 1-11. DOI: 10.21515/19904665-131-065.
  • Челюстникова Т.А., Гучетль С.З., Антонова Т.С. Микросателлитные локусы для идентификации сортов льна масличного селекции ВНИИМК: подбор информативных праймеров и оптимальных условий ПЦР ДНК // Масличные культуры. - 2019. - № 2 (178). - С. 41-46.
  • Гориславец С.М., Рисованная В.И., Спотарь Г.Ю., Володин В.А. Генотипирование сорта винограда Бессемянный Магарача и анализ его происхождения с использованием SSR-маркеров // Магарач. Виноградарство и виноделие. - 2018. - Т. 20. - С. 19-21.
  • Лыжин А.С., Соловченко А.Е. Создание генетических паспортов подвойных форм яблони на основе анализа полиморфизма микросателлитных последовательностей ДНК // Достижения науки и техники АПК. - 2019. - № 33. - C. 11-13. DOI: 10.24411/0235-24512019-10203.
  • Sun B., Fu C., Yang C., Ma Q. [et al.] Genetic diversity of wild soybeans from some regions of Southern China based on SSR and SRAP markers // American Journal of Plant Sciences. - 2013. - № 4. - Р. 257-268.
  • Ghosh J., Ghosh P.D., Choudhury P.R. An assessment of genetic relatedness between soybean [Glycine max (L.) Merrill] cultivars using SSR markers // American Journal of Plant Sciences. - 2014. - No 5. - Р. 3089-3096.
  • Bisen А., Khare D., Nair P., Tripathi N. SSR analysis of 38 genotypes of soybean (Glycine Max (L.) Merr.) genetic diversity in India // Physiol Mol Biol Plants. - 2015. -No 21 (1). - Р. 109-115.
  • Абугалиева С.И., Волкова Л.А., Нурланова А.А., Жанпеисова А.С., ТуруспековЕ.К. ДНК-фингерприн-тинг сортов сои Казахстана с использованием SSR-маркеров // Биотехнология. Теория и практика. - 2013. -№ 3. - С. 26-34.
  • Кезимана П., Романова Е.В., Трифонова (Кочу-мова) А.А., Шмелькова Е.О. Анализ вариабельности микросателлитных локусов сортов сои (Gtycine max) // Теоретические и прикладные проблемы АПК. - 2016. -№ 4. - С. 3-7.
  • Mukuze C., Tucamuhabwa P., Maphosa M., Dari S., Dramadri I.O. [et al.] Genetic diversity analysis among soybean genotypes using SSR markers in Uganda // African Journal of Biotechnology. - 2020. - Vol. 19 (7). - P. 439448.
  • Zulj Mihaljevic M., Sarcevic H, Lovric A., Andrijanic Z., Sudaric A. [et al.]. Genetic diversity of European commercial soybean [Glycine max (L.) Merr.] germplasm revealed by SSR markers // Genet Resour Crop Evol. - 2020. -No 67. - Р. 1587-1600.
  • Способ идентификации сортов сои на основе микросателлитных (SSR) маркеров: пат. 2388828 РФ : МКП C12Q 1/68 10.05.2010.
  • Способ выделения гибридных растений сои с использованием микросателлитных (SSR) локусов ДНК : пат. 2398883 РФ : МКП C12Q 1/68 10.09.2010.
  • Рамазанова С.А., Коломыцева А.С. Оптимизация технологии генотипирования сои на основе анализа полиморфизма SSR-локусов ДНК // Масличные культуры. - 2020. - № 1 (181). - С. 42-48.
  • Saghai-Maroof M.A., Soliman K.M., Jorgensen R.A., Allard R. W. Ribosomal DNA spacer-length polymorphisms in barley: Mendelian inheritance, chromosomal location, and population dynamics // PNAS USA. - 1984. -81. - P. 8014-8018.
  • Binkowski J., Miks S. Gene-Calc [компьютерное программное обеспечение]: [Электронный ресурс]. -Режим доступа: https://gene-calc.pl/pic (дата обращения: 26.10.2021).
  • SoyBase. Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research: [Электронный ресурс]. -Режим доступа: https://soybase.org/ (дата обращения: 10.09.2021).
  • National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine [Электронный ресурс]. -Режим доступа: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ (дата обращения: 26.10.2021).
Еще
Статья научная
QR-код для установки приложения SciUp Наведите камеру и скачайте бесплатное приложение SciUp