Поиск "отпечатков отбора" у домашних свиней и дикого кабана (обзор)

Поиск "отпечатков отбора" у домашних свиней и дикого кабана (обзор)

Автор: Гетманцева Л.В., Траспов А.А., Бакоев Н.Ф., Прытков Ю.А., Бакоев С.Ю., Петрикеева Л.В., Костюнина О.В.

Журнал: Сельскохозяйственная биология @agrobiology

Рубрика: Современные достижения и проблемы генетики и биотехнологии в животноводстве

Статья в выпуске: 2 т.55, 2020 года.

Бесплатный доступ

Свинья относится к одному из немногих видов, у которых имеются ныне живущие дикие предки, что предоставляет уникальную возможность для отслеживания эволюционной истории млекопитающих и определения «отпечатков отбора», обусловленных как одомашниванием, так и естественным отбором (K. Chen с соавт., 2007). Отбор приводит к модификациям в определенных областях генома, связанных с экономически значимыми признаками, адаптацией к климатическим и стрессовым условиям, иммунным ответом и устойчивостью к болезням. В результате давления отбора в геноме животных образуются изменения (S.R. Keller и соавт., 2008), известные как «отпечатки отбора» (M. Kreitman, 2000). Цель представленного обзора заключается в описании подходов, разработанных для идентификации «отпечатков отбора», а также в анализе обнаруженных следов селекции у домашних свиней и дикого кабана. С развитием современных методов полногеномных исследований значительно расширился арсенал средств, позволяющих проводить поиск регионов, которые подвергались давлению отбора. Анализ данных, полученных при полногеномном ресеквенировании (C.-J. Rubin с соавт., 2012; X. Li с соавт., 2017), полногеномном генотипировании на биочипах различной плотности (M. Huang с соавт., 2020; M. Muñoz с соавт., 2019), методами RADseq (Y. Li с соавт., 2017), RNA-seq (M. Li и соавт., 2017; Y. Yang и соавт., 2018), GBS (Y. Ma и соавт., 2018; K. Wang и соавт., 2018), используется для поиска «отпечатков отбора» у Sus scrofa . Проводится сканирование генома на наличие областей гомозиготности, а также оценка различий частоты аллелей или гаплотипов между популяциями или поколениями внутри популяции. Наиболее часто для идентификации «отпечатков отбора» применяют такие статистические методы, как анализ расширенной гаплотипической гомозиготности (EHH) (P.C. Sabeti с соавт., 2002), интегрированная оценка гаплотипов (iHS) (B.F. Voight с соавт., 2006), определение протяженных гомозиготных сегментов (ROH) (J. Gibson с соавт., 2006), индекса фиксации FST (R.C. Lewontin, J. Krakauer, 1973), анализ на основе гаплотипов (hapFLK) (M.I. Fariello с соавт., 2013), метод составных сигналов отбора (CSS) (I.A. Randhawa с соавт., 2014), и их сочетание. Селекционные модели у пород свиней различаются в зависимости от их эволюции и истории размножения, поэтому изучение «отпечатков отбора» у большого числа различных пород поможет лучше понять генетические вариации, лежащие в основе интересующих признаков. Так, широкомасштабные сканирования отпечатков диверсифицирующего отбора были успешно применены к домашним свиньям. В большинстве случаев изучались эволюционные и селекционные механизмы, обусловливающие изменения генома у китайских свиней (X. Li с соавт., 2017; M. Chen с соавт., 2018). Были обнаружены геномные регионы, способствующие адаптации к различным климатическим условиям (R.J. Cesconeto с соавт., 2017), а также гены-кандидаты, связанные с ростом, развитием (K. Wang с соавт., 2018), репродуктивными признаками (Z. Zhang с соавт., 2018) и некоторыми аспектами иммунного ответа (S. Yang с соавт., 2014). Полногеномные исследования отечественных ресурсов (A. Traspov с соавт., 2016) показали, что популяции свиней, разводимых на территории Российской Федерации, в том числе локальные, обладают собственной уникальной структурой - даже несмотря на то, что они возникли с участием иностранных импортированных пород. Это может быть связано с несколькими факторами, в том числе с различиями в происхождении, длительным периодом генетической изоляции, а также с особенностями климата и кормовой базы. Тем не менее в отечественном свиноводстве племенные ресурсы пока что остаются малоизученными. Таким образом, предлагаемые подходы, предназначенные для идентификации «отпечатков отбора», у свиней, разводимых на территории Российской Федерации, и кабана могут быть использованы для поиска и анализа следов селекции у этих животных.

Еще

Свиньи, отпечатки отбора, одомашнивание, полногеномное генотипирование, гаплотип, гомозиготность

Короткий адрес: https://sciup.org/142226292

IDR: 142226292   |   DOI: 10.15389/agrobiology.2020.2.243rus

Список литературы Поиск "отпечатков отбора" у домашних свиней и дикого кабана (обзор)

  • Warr A., Affara N., Aken B. et al. An improved pig reference genome sequence to enable pig genetics and genomics research. bioRxiv, 2019: 668921 ( ). DOI: 10.1101/668921
  • Chen K., Baxter T., Muir W.M., Groenen M.A., Schook L.B. Genetic resources, genome mapping and evolutionary genomics of the pig (Sus scrofa). Int. J. Biol. Sci., 2007, 3(3): 153-165 ( ). DOI: 10.7150/ijbs.3.153
  • Alachiotis N., Pavlidis P. Scalable linkage-disequilibriumbased selective sweep detection: a performance guide. GigaScience, 2016, 5(1): s13742-016-0114-9 ( ). DOI: 10.1186/s13742-016-0114-9
  • Nielsen R. Molecular signatures of natural selection. Annual Review of Genetics, 2005, 39(1): 197-218 ( ). DOI: 10.1146/annurev.genet.39.073003.112420
  • de Simoni Gouveia J.J., da Silva M.V.G.B., Paiva S.R., de Oliveira S.M.P. Identification of selection signatures in livestock species. Genet. Mol. Biol., 2014, 37(2): 330-342 ( ). DOI: 10.1590/s1415-47572014000300004
  • Keller S.R., Taylor D.R. History, chance and adaptation during biological invasion: separating stochastic phenotypic evolution from response to selection. Ecology Letters, 2008, 11(8): 852-866 ( ).
  • DOI: 10.1111/j.1461-0248.2008.01188.x
  • Kreitman M. Methods to detect selection in populations with applications to the human. Annual Review of Genomics and Human Genetics, 2000, 1: 539-559 ( ).
  • DOI: 10.1146/annurev.genom.1.1.539
  • Schlötterer C. Hitchhiking mapping-functional genomics from the population genetics perspective. Trends in Genetics, 2003, 19(1): 32-38 (
  • DOI: 10.1016/s0168-9525(02)00012-4)
  • Horscroft C., Ennis S., Pengelly R.J., Sluckin T.J., Collins A. Sequencing era methods for identifying signatures of selection in the genome. Briefings in Bioinformatics, 2019, 20(6): 1997-2008 ( ).
  • DOI: 10.1093/bib/bby064
  • Ceballos F.C., Joshi P.K., Clark D.W., Ramsay M., Wilson J.F. Runs of homozygosity: windows into population history and trait architecture. Nat. Rev. Genet., 2018, 19: 220-234 ( ).
  • DOI: 10.1038/nrg.2017.109
  • Zhang Z., Jia Y., Almeida P., Mank J.E., van Tuinen M., Wang Q., Jiang Z., Chen Y., Zhan K., Hou S., Zhou Z., Li H., Yang F., He Y., Ning Z., Yang N., Qu L. Whole-genome resequencing reveals signatures of selection and timing of duck domestication. GigaScience, 2018, 7(4): giy027 ( ).
  • DOI: 10.1093/gigascience/giy027
  • Larson G., Dobney K., Albarella U., Fang M., Matisoo-Smith E., Robins J., Lowden S., Finlayson H., Brand T., Willerslev E., Rowley-Conwy P., Andersson L., Cooper A. Worldwide phylogeography of wild boar reveals multiple centers of pig domestication. Science, 2005, 307(5715): 1618-1621 ( ).
  • DOI: 10.1126/science.1106927
  • Rubin C.-J., Megens H.-J., Barrio A.M., Maqbool K., Sayyab S., Schwochow D., Wang C., Carlborg Ö., Jern P., Jørgensen C.B., Archibald A.L., Fredholm M., Groenen M.A.M., Andersson L. Signatures of selection in the pig genome. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2012, 109(48): 19529-19536 ( ).
  • DOI: 10.1073/pnas.1217149109
  • Li X., Su R., Wan W., Zhang W., Jiang H., Qiao X., Fan Y., Zhang Y., Wang R., Liu Z., Wang Z., Liu B., Ma Y., Zhang H., Zhao Q., Zhong T., Di R., Jiang Y., Chen W., Wang W., Dong Y., Li J. Identification of selection signals by large-scale whole-genome resequencing of cashmere goats. Sci. Rep., 2017, 7: 15142 ( ).
  • DOI: 10.1038/s41598-017-15516-0
  • Huang M., Yang B., Chen H., Zhang H., Wu Z., Ai H., Ren J., Huang L. The fine-scale genetic structure and selection signals of Chinese indigenous pigs. Evol. Appl., 2020, 13(2): 458-475 ( ).
  • DOI: 10.1111/eva.12887
  • Muñoz M., Bozzi R., García-Casco J. et al. Genomic diversity, linkage disequilibrium and selection signatures in European local pig breeds assessed with a high density SNP chip. Sci. Rep., 2019, 9: 13546 ( ).
  • DOI: 10.1038/s41598-019-49830-6
  • Faria D.A., Wilson C., Paiva S. Blackburn H.D. Assessing Sus scrofa diversity among continental United States, and Pacific islands populations using molecular markers from a gene banks collection. Sci. Rep., 2019, 9: 3173 ( ).
  • DOI: 10.1038/s41598-019-39309-9
  • Diao S., Huang S., Chen Z., Teng J., Ma Y., Yuan X., Chen Z., Zhang H., Li J., Zhang Z. Genome-wide signatures of selection detection in three south china indigenous pigs. Genes, 2019, 10(5): 346 ( ).
  • DOI: 10.3390/genes10050346
  • Yang S., Li X., Li K., Fan B., Tang Z. A genome-wide scan for signatures of selection in Chinese indigenous and commercial pig breeds. BMC Genet., 2014, 15: 7 ( ).
  • DOI: 10.1186/1471-2156-15-7
  • Wilkinson S., Lu Z.H., Megens H.-J., Archibald A.L., Haley C., Jackson I.J., Groenen M.A.M., Crooijmans R.P.M.A., Ogden R., Wiener P. Signatures of diversifying selection in European pig breeds. PLoS Genet., 2013, 9(4): e1003453 ( ).
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1003453
  • Li X., Yang S., Dong K., Tang Z., Li K., Fan B., Wang Z., Liu B. Identification of positive selection signatures in pigs by comparing linkage disequilibrium variances. Anim. Genet., 2017, 48(5): 600-605 ( ).
  • DOI: 10.1111/age.12574
  • Li Y., Miao Z.-P., Meng X.-Y., Yang M.-M., Wei Q., Guo X.-F., Zheng H., Fang M. The application of RAD-seq technology on genomic selection of fertility traits for large white pigs (Sus scrofa). Journal of Agricultural Biotechnology, 2017, 25(9): 1508-1515 ( ).
  • DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2017.09.014
  • Li M., Chen L., Tian S. et al. Comprehensive variation discovery and recovery of missing sequence in the pig genome using multiple de novo assemblies. Genome Res., 2017, 27: 865-874 ( ).
  • DOI: 10.1101/gr.207456.116
  • Yang Y., Adeola A.C., Xie H.B., Zhang Y.P. Genomic and transcriptomic analyses reveal selection of genes for puberty in Bama Xiang pigs. Zoological Research, 2018, 39(6): 424-430 ( ).
  • DOI: 10.24272/j.issn.2095-8137.2018.068
  • Wang K., Wu P., Yang Q., Chen D., Zhou J., Jiang A., Ma J., Tang Q., Xiao W., Jiang Y., Zhu L., Li X., Tang G. Detection of selection signatures in chinese landrace and Yorkshire pigs based on genotyping-by-sequencing data. Frontiers in Genetics, 2018, 9: 119 ( ).
  • DOI: 10.3389/fgene.2018.00119
  • Ma Y., Zhang S., Zhang K., Fang C., Xie S., Du X., Li X., Ni D., Zhao S. Genomic analysis to identify signatures of artificial selection and loci associated with important economic traits in Duroc pigs. G3: Genes, Genomes, Genetics, 2018, 8(11): 3617-3625 ( ).
  • DOI: 10.1534/g3.118.200665
  • Charlesworth B., Charlesworth D., Barton N.H. The effects of genetic and geographic structure on neutral variation. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, 2003, 34: 99-125 ( ).
  • DOI: 10.1146/annurev.ecolsys.34.011802.132359
  • Petersen J.L., Mickelson J.R., Rendahl A.K. et al. Genome-wide analysis reveals selection for important traits in domestic horse breeds. PLoS Genet., 2013, 9(1): e1003211 ( ).
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1003211
  • Weigand H., Leese F. Detecting signatures of positive selection in non-model species using genomic data. Zoological Journal of the Linnean Society, 2018, 184(2): 528-583 ( ).
  • DOI: 10.1093/zoolinnean/zly007
  • Almeida O.A.C., Moreira G.C.M., Rezende F.M., Boschiero C., de Oliveira Peixoto J., Ibelli A.M.G., Ledur M.C., de Novais F.J., Coutinho L.L. Identification of selection signatures involved in performance traits in a paternal broiler line. BMC Genomics, 2019, 20: 449 ( ).
  • DOI: 10.1186/s12864-019-5811-1
  • Sabeti P.C., Reich D.E., Higgins J.M., Levine H.Z.P., Richter D.J., Schaffner S.F., Gabriel S.B., Platko J.V., Patterson N.J., McDonald G.J., Ackerman H.C., Campbell S.J., Altshuler D., Cooper R., Kwiatkowski D., Ward R., Lander E.S. Detecting recent positive selection in the human genome from haplotype structure. Nature, 2002, 419: 832-837 ( ).
  • DOI: 10.1038/nature01140
  • Zhong M., Zhang Y., Lange K., Fan R. A cross-population extended haplotype-based homozygosity score test to detect positive selection in genome-wide scans. Statistics and Its Interface, 2011, 4(1): 51-63 ( ).
  • DOI: 10.4310/SII.2011.v4.n1.a6
  • López M.E., Linderoth T., Norris A., Lhorente J.P., Neira R., Yáñez J.M. Multiple selection signatures in farmed atlantic salmon adapted to different environments across hemispheres. Front. Genet., 2019, 10: 901 ( ).
  • DOI: 10.3389/fgene.2019.00901
  • Voight B.F., Kudaravalli S., Wen X., Pritchard J.K. A map of recent positive selection in the human genome. PLoS Biol., 2006, 4(3): e72 ( ).
  • DOI: 10.1371/journal.pbio.0040072
  • Gibson J., Morton N.E., Collins A. Extended tracts of homozygosity in outbred human populations. Human Molecular Genetics, 2006, 15(5): 789-795 ( ).
  • DOI: 10.1093/hmg/ddi493
  • Curik I., Ferenčaković M., Sölkner J. Inbreeding and runs of homozygosity: A possible solution to an old problem. Livestock Science, 2014, 166: 26-34 ( ).
  • DOI: 10.1016/j.livsci.2014.05.034
  • Bosse M., Megens H.-J., Madsen O., Paudel Y., Frantz L.A.F., Schook L.B., Cro-oijmans R.P.M.A., Groenen M.A.M. Regions of homozygosity in the porcine genome: consequence of demography and the recombination landscape. PLoS Genet., 2012, 8(11): e1003100 ( ).
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1003100
  • Peripolli E., Munari D.P., Silva M., Lima A.L.F., Irgang R., Baldi F. Runs of homozygosity: current knowledge and applications in livestock. Anim. Genet., 2017, 48(3): 255-271 ( ).
  • DOI: 10.1111/age.12526
  • Lohmueller K.E., Albrechtsen A., Li Y., Kim S.Y., Korneliussen T., Vinckenbosch N., Tian G., Huerta-Sanchez E., Feder A.F., Grarup N., Jørgensen T., Jiang T., Witte D.R., Sandbæk A., Hellmann I., Lauritzen T., Hansen T., Pedersen O., Wang J., Nielsen R. Natural selection affects multiple aspects of genetic variation at putatively neutral sites across the human genome. PLoS Genet., 2011, 7(10): e1002326. ( ).
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1002326
  • Andolfatto P. Adaptive evolution of non-coding DNA in Drosophila. Nature, 2005, 437: 1149-1152 ( ).
  • DOI: 10.1038/nature04107
  • Avila F., Mickelson J.R., Schaefer R.J., McCue M.E. Genome-wide signatures of selection reveal genes associated with performance in American quarter horse subpopulations. Frontiers in Genetics, 2018, 9: 249 ( ).
  • DOI: 10.3389/fgene.2018.00249
  • Mauch E. The genetic basis of feed efficiency in swine divergently selected for residual feed intake. Graduate Theses and Dissertations. 16406. Iowa State University, 2018 ( ).
  • DOI: 10.31274/etd-180810-6036
  • Bertolini F., Servin B., Talenti A., Rochat E., Kim E.S., Oget C., Palhière I., Crisà A., Catillo G., Steri R., Amills M., Colli L., Marras G., Milanesi M., Nicolazzi E., Rosen B.D., Van Tassell C.P., Guldbrandtsen B., Sonstegard T.S., Tosser-Klopp G., Stella A., Rothschild M.F., Joost S., Crepaldi P., the AdaptMap consortium. Signatures of selection and environmental adaptation across the goat genome post-domestication. Genet. Sel. Evol., 2018, 50: 57 ( ).
  • DOI: 10.1186/s12711-018-0421-y
  • Fariello M.I., Boitard S., Naya H., SanCristobal M., Servin B. Detecting signatures of selection through haplotype differentiation among hierarchically structured populations. Genetics, 2013, 193(3): 929-941 ( ).
  • DOI: 10.1534/genetics.112.147231
  • Randhawa I.A.S., Khatkar M.S., Thomson P.C., Raadsma H.W. Composite selection signals can localize the trait specific genomic regions in multi-breed populations of cattle and sheep. BMC Genet., 2014, 15: 34 ( ).
  • DOI: 10.1186/1471-2156-15-34
  • Randhawa I.A., Khatkar M.S., Thomson P.C., Raadsma H.W. Composite selection signals for complex traits exemplified through bovine stature using multibreed cohorts of European and African Bos taurus. G3: Genes, Genomes, Genetics, 2015, 5(7): 1391-1401 ( ).
  • DOI: 10.1534/g3.115.017772
  • Ma Y., Ding X., Qanbari S., Weigend S., Zhang Q., Simianer H. Properties of different selection signature statistics and a new strategy for combining them. Heredity, 2015, 115: 426-436 ( ).
  • DOI: 10.1038/hdy.2015.42
  • Lewontin R.C., Krakauer J. Distribution of gene frequency as a test of the theory of the selective neutrality of polymorphisms. Genetics, 1973, 74(1): 175-195.
  • Wright S. The genetical structure of populations. Annals of Eugenic, 1951, 15(1): 323-354 ( ).
  • DOI: 10.1111/j.1469-1809.1949.tb02451.x
  • Weir B.S. Estimating F-statistics: a historical view. Philosophy of Science, 2012, 79(5): 637-643 ( ).
  • DOI: 10.1086/667904
  • Akey J.M., Zhang G., Zhang K., Jin L., Shriver M.D. Interrogating a high-density SNP map for signatures of natural selection. Genome Res., 2002, 12(12): 1805-1814 ( ).
  • DOI: 10.1101/gr.631202
  • Chen M., Pan D., Ren H., Fu J., Li J., Su G., Wang A., Jiang L., Zhang Q., Liu J.-F. Identification of selective sweeps reveals divergent selection between Chinese Holstein and Simmental cattle populations. Genet. Sel. Evol., 2016, 48: 76 ( ).
  • DOI: 10.1186/s12711-016-0254-5
  • Lim D., Strucken E.M., Choi B.H., Chai H.H., Cho Y.M., Jang G.-W., Kim T.H., Gondro C., Lee S.H. Genomic footprints in selected and unselected beef cattle breeds in Korea. PLoS ONE, 2016, 11(3): e0151324 ( ).
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0151324
  • Wragg D., Marti-Marimon M., Basso B., Bidanel J.P., Labarthe E., Bouchez O, Le Conte Y., Vignal A. Whole-genome resequencing of honeybee drones to detect genomic selection in a population managed for royal jelly. Scientific Reports, 2016, 6: 27168 ( ).
  • DOI: 10.1038/srep27168
  • Yuan Z., Liu E., Liu Z., Kijas J.W., Zhu C., Hu S., Ma X., Zhang L., Du L., Wang H., Wei C. Selection signature analysis reveals genes associated with tail type in Chinese indigenous sheep. Anim. Genet., 2017, 48(1): 55-66 ( ).
  • DOI: 10.1111/age.12477
  • Yang H., Lohmann G., Wei W., Dima M., Ionita M., Liu J. Intensification and poleward shift of subtropical western boundary currents in a warming climate. J. Geophys. Res. Oceans, 2016, 121(7): 4928-4945 ( ).
  • DOI: 10.1002/2015JC011513
  • Ai H., Fang X., Yang B., Huang Z., Chen H., Mao L., Zhang F., Zhang L., Cui L., He W., Yang J., Yao X., Zhou L., Han L., Li J., Sun S., Xie X., Lai B., Su Y., Lu Y., Yang H., Huang T., Deng W., Nielsen R,. Ren J., Huang L. Adaptation and possible ancient interspecies introgression in pigs identified by whole-genome sequencing. Nat. Genet., 2015, 47(3): 217-225 ( ).
  • DOI: 10.1038/ng.3199
  • Amaral A.J., Ferretti L., Megens H.-J., Crooijmans R.P., Nie H., Ramos-Onsins S.E., Perez-Enciso M., Schook L.B., Groenen M.A.M. Genome-wide footprints of pig domestication and selection revealed through massive parallel sequencing of pooled DNA. PLoS ONE, 2011, 6(4): e14782 ( ).
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0014782
  • Ai H., Huang L., Ren J. Genetic diversity, linkage disequilibrium and selection signatures in Chinese and Western pigs revealed by genome-wide SNP markers. PLoS ONE, 2013, 8(2): e56001 ( ).
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0056001
  • Ma Y., Zhang H., Zhang Q., Ding X. Identification of selection footprints on the X chromosome in pig. PLoS ONE, 2014, 9(4): e94911 ( ).
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0094911
  • Gurgul A., Jasielczuk I., Ropka-Molik K., Semik-Gurgul E., Pawlina-Tyszko K., Szmatoła T., Szyndler-Nędza M., Bugno-Poniewierska M., Blicharski T., Szulc K., Skrzypczak E., Krupiński J. A genome-wide detection of selection signatures in conserved and commercial pig breeds maintained in Poland. BMC Genet., 2018, 19: 95 ( ).
  • DOI: 10.1186/s12863-018-0681-0
  • Wang Z., Chen Q., Yang Y., Yang H., He P., Zhang Z., Chen Z., Liao R., Tu Y., Zhang X., Wang Q., Pan Y. A genome-wide scan for selection signatures in Yorkshire and Landrace pigs based on sequencing data. Anim. Genet., 2014, 45(6): 808-816 ( ).
  • DOI: 10.1111/age.12229
  • Zhao F., McParland S., Kearney F., Du L., Berry D.P. Detection of selection signatures in dairy and beef cattle using high-density genomic information. Genet. Sel. Evol., 2015, 47: 49 ( ).
  • DOI: 10.1186/s12711-015-0127-3
  • Biswas S., Akey J.M. Genomic insights into positive selection. Trends in Genetics, 2006, 22(8): 437-446 ( ).
  • DOI: 10.1016/j.tig.2006.06.005
  • Li X., Yang S., Dong K., Tang Z., Li K., Fan B., Wang Z., Liu B. Identification of positive selection signatures in pigs by comparing linkage disequilibrium variances. Anim. Genet., 2017, 48(5): 600-605 ( ).
  • DOI: 10.1111/age.12574
  • Teo Y.Y., Fry A.E., Bhattacharya K., Small K.S., Kwiatkowski D.P., Clark T.G. Genome-wide comparisons of variation in linkage disequilibrium. Genome Res., 2009, 19: 1849-1860 ( ).
  • DOI: 10.1101/gr.092189.109
  • Groenen M.A.M., Archibald A.L., Uenishi H. et al. Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution. Nature, 2012, 491(7424): 393-398 ( ).
  • DOI: 10.1038/nature11622
  • Mikawa S., Morozumi T., Shimanuki S., Hayashi T., Uenishi H., Domukai M., Okumura N., Awata T. Fine mapping of a swine quantitative trait locus for number of vertebrae and analysis of an orphan nuclear receptor, germ cell nuclear factor (NR6A1). Genome Res., 2007, 17(5): 586-593 ( ).
  • DOI: 10.1101/gr.6085507
  • Li J., Yang H., Li J.R., Li H.P., Ning T., Pan X.R., Shi P., Zhang Y.P.: Artificial selection of the melanocortin receptor 1 gene in Chinese domestic pigs during domestication. Heredity, 2010, 105(3): 274-281 ( ).
  • DOI: 10.1038/hdy.2009.191
  • Chaffee R.R., Kaufman W.C., Kratochvil C.H., Sorenson M.W., Conaway C.H., Middleton C.C. Comparative chemical thermoregulation in cold- and heat-acclimated rodents, insectivores, protoprimates, and primates. Federation Proceedings, 1969, 28(3): 1029-1034.
  • Keatinge W.R., Coleshaw S.R.K., Easton J.C., Cotter F., Mattock M.B., Chelliah R. Increased platelet and red cell counts, blood viscosity, and plasma cholesterol levels during heat stress, and mortality from coronary and cerebral thrombosis. The American Journal of Medicine, 1986, 81(5): 795-800 (
  • DOI: 10.1016/0002-9343(86)90348-7)
  • Cesconeto R.J., Joost S., McManus C.M., Paiva S.R., Cobuci J.A., Braccini J. Landscape genomic approach to detect selection signatures in locally adapted Brazilian swine genetic groups. Ecol. Evol., 2017, 7(22): 9544-9556 ( ).
  • DOI: 10.1002/ece3.3323
  • Perez-Enciso M., Burgos-Paz W., Souza C.A., Megens H.J., Ramayo-Caldas Y., Melo M., Lemús-Flores C., Caal E., Soto H.W., Álvarez L.A., Aguirre L., Iñiguez V., Revidatti M.A., Martínez-López O.R., Llambi S., Esteve-Codina A., Rodríguez M.C., Crooijmans R.P.M.A., Paiva S.R., Schook L.B., Groenen M.A.M. Data from: porcine colonization of the Americas: a 60k SNP story. Dryad Data Repository, 2012 ( ).
  • DOI: 10.5061/dryad.t1r3d
  • Burgos-Paz W., Souza C.A., Megens H.J., Ramayo-Caldas Y., Melo M., Lemús-Flores C., Caal E., Soto H.W., Martínez R., Álvarez L.A., Aguirre L., Iñiguez V., Revidatti M.A., Martínez-López O.R., Llambi S., Esteve-Codina A., Rodríguez M.C., Crooijmans R.P., Paiva S.R., Schook L.B., Groenen M.A., Pérez-Enciso M. Porcine colonization of the Americas: a 60k SNP story. Heredity, 2013, 110: 321-330 ( ).
  • DOI: 10.1038/hdy.2012.109
  • Uemoto Y., Nakano H., Kikuchi T., Sato S., Ishida M., Shibata T., Kadowaki H., Kobayashi E., Suzuki K. Fine mapping of porcine SSC14 QTL and SCD gene effects on fatty acid composition and melting point of fat in a Duroc purebred population. Anim. Genet., 2012, 43(2): 225-228 ( ).
  • DOI: 10.1111/j.1365-2052.2011.02236.x
  • Muñoz M., Rodríguez M.C., Alves E., Folch J.M., Ibañez-Escriche N., Silió L., Fernández A.I. Genome wide analysis of porcine backfat and intramuscular fat fatty acid composition using high-density genotyping and expression data. BMC Genomics, 2013, 14: 845 ( ).
  • DOI: 10.1186/1471-2164-14-845
  • Cameron N.D., Enser M., Nute G.R., Whittington F.M., Penman J.C., Fisken A.C., Perry A.M., Wood J.D. Genotype with nutrition interaction on fatty acid composition of intramuscular fat and the relationship with flavour of pig meat. Meat Science, 2000, 55(2): 187-195 (
  • DOI: 10.1016/s0309-1740(99)00142-4)
  • Yu K., Shu G., Yuan F., Zhu X., Gao P., Wang S., Wang L., Xi Q., Zhang S., Zhang Y., Li Y., Wu T., Yuan L., Jiang Q. Fatty acid and transcriptome profiling of longissimus dorsi muscles between pig breeds differing in meat quality. International Journal of Biological Sciences, 2013, 9(1): 108-118 ( ).
  • DOI: 10.7150/ijbs.5306
  • Nonneman D., Lents C., Rohrer G., Rempel L., Vallet J. Genome-wide association with delayed puberty in swine. Anim. Genet., 2014, 45(1): 130-132 ( ).
  • DOI: 10.1111/age.12087
  • Weedon M.N., Lango H., Lindgren C.M. et al. Genome-wide association analysis identifies 20 loci that influence adult height. Nat. Genet., 2008, 40: 575-583 ( ).
  • DOI: 10.1038/ng.121
  • Li M., Tian S., Yeung C.K., Meng X., Tang Q., Niu L., Wang X., Jin L., Ma J., Long K., Zhou C., Cao Y., Zhu L., Bai L., Tang G., Gu Y., Jiang A., Li X., Li R. Whole-genome sequencing of Berkshire (European native pig) provides insights into its origin and domestication. Sci. Rep., 2014, 4: 4678 ( ).
  • DOI: 10.1038/srep04678
  • Ramos A.M., Duijvesteijn N., Knol E.F., Merks J.W.M., Bovenhuis H., Crooijmans R.P.M.A., Groenen M.A.M., Harlizius B. The distal end of porcine chromosome 6p is involved in the regulation of skatole levels in boars. BMC Genet., 2011, 12: 35 ( ).
  • DOI: 10.1186/1471-2156-12-35
  • Jeong H., Song K.D., Seo M., Caetano-Anollés K., Kim J., Kwak W., Oh J.D., Kim E., Jeong D.K., Cho S., Kim H., Lee H.K. Exploring evidence of positive selection reveals genetic basis of meat quality traits in Berkshire pigs through whole genome sequencing. BMC Genet., 2015, 16: 104 ( ).
  • DOI: 10.1186/s12863-015-0265-1
  • Zhao X., Du Z.-Q., Vukasinovic N., Rodriguez F., Clutter A.C., Rothschild M.F. Association of HOXA10, ZFPM2, and MMP2 genes with scrotal hernias evaluated via biological candidate gene analyses in pigs. American Journal of Veterinary Research, 2009, 70(8): 1006-1012 ( ).
  • DOI: 10.2460/ajvr.70.8.1006
  • Rohrer G.A., Nonneman D.J., Wiedmann R.T., Schneider J.F. A study of vertebra number in pigs confirms the association of vertnin and reveals additional QTL. BMC Genet., 2015, 16: 129 ( ).
  • DOI: 10.1186/s12863-015-0286-9
  • Chen M., Wang J., Wang Y., Wu Y., Fu J., Liu J. Genome-wide detection of selection signatures in Chinese indigenous Laiwu pigs revealed candidate genes regulating fat deposition in muscle. BMC Genet., 2018, 19: 31 ( ).
  • DOI: 10.1186/s12863-018-0622-y
  • Zhu Y., Li W., Yang B., Zhang Z., Ai H., Ren J., Huang L. Signatures of selection and interspecies introgression in the genome of Chinese domestic pigs. Genome Biology and Evolution, 2017, 9(10): 2592-2603 ( ).
  • DOI: 10.1093/gbe/evx186
  • Chen L., Tian S., Jin L., Guo Z., Zhu D., Jing L., Che T., Tang Q., Chen S., Zhang L., Zhang T., Liu Z., Wang J., Li M. Genome-wide analysis reveals selection for Chinese Rongchang pigs. Front. Agr. Sci. Eng, 2017, 4(3): 319-326 ( ).
  • DOI: 10.15302/J-FASE-2017161
  • Albert F.W., Somel M., Carneiro M., Aximu-Petri A., Halbwax M., Thalmann O., Blanco-Aguiar J.A., Plyusnina I.Z., Trut L., Villafuerte R., Ferrand N., Kaiser S., Jensen P., Pääbo S. A comparison of brain gene expression levels in domesticated and wild animals. PLoS Genet., 2012, 8(9): e1002962 ( ).
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1002962
  • Traspov A., Deng W., Kostyunina O., Ji J., Shatokhin K., Lugovoy S., Zinovieva N., Yang B., Huang L. Population structure and genome characterization of local pig breeds in Russia, Belorussia, Kazakhstan and Ukraine. Genet. Sel. Evol., 2016, 148: 16 ( ).
  • DOI: 10.1186/s12711-016-0196-y
Еще
Статья обзорная
QR-код для установки приложения SciUp Наведите камеру и скачайте бесплатное приложение SciUp