Поиск перспективных антигенных маркеров для дифференциальной серодиагностики атипичного пестивируса свиней
Журнал: Вестник Красноярского государственного аграрного университета @vestnik-kgau
Рубрика: Зоотехния и ветеринария
Статья в выпуске: 7, 2026 года.
Бесплатный доступ
Цель исследования – поиск перспективных антигенных маркеров для дифференциальной серодиагностики атипичного пестивируса свиней. Исследования проводились в лаборатории вирусных антропозоонозов ФГБНУ «ФЦТРБ-ВНИВИ» в 2025 г. Использовали последовательности штаммов и изолятов пестивирусов разных типов, депонированных в базе данных Национального центра биотехнологической информации Genbank (NIH, США), на основе которых был проведен анализ консервативности эпитопов и филогенетический анализ. Скрининг кандидатных пептидов проводили с использованием прогностических веб-серверов. На основе полученных данных были сгенерированы четыре видоспецифичные консенсусные последовательности аминокислот. Генерацию консенсуса осуществляли при пороговом уровне идентичности (identity threshold) 75 %, что позволило исключить спорадические точечные мутации, характерные для единичных изолятов, и сформировать усредненный профиль наиболее стабильных участков протеома для каждого вида вируса. Результаты сравнительного анализа аминокислотных последовательностей позволили выделить две принципиально разные группы мишеней: а) уникальные эпитопы структурных (Е2, Е1) и регуляторных (Npro) белков АПС, перспективные для включения в состав диагностического антигена; б) высококонсервативные фрагменты NS2, NS3, NS5A, NS5B, отражающие функциональные «ядра» репликационных белков пестивирусов и потенциально пригодные для панпестивирусных подходов, но не для видоспецифичной серологической дифференциации. Высокая генетическая дистанция гена, кодирующего белок Е2 АПС от такового КЧС и пестивирусов жвачных, делает этот белок идеальным кандидатом для разработки высокоспецифичного дифференциального диагностикума. В связи с этим целесообразно рассматривать конструирование рекомбинантного диагностического антигена в виде мультиэпитопного белка, объединяющего выявленные эпитопы Е2 АПС в синтетическую полипептидную цепь. Включение нескольких независимых антигенных детерминант в состав одного антигена потенциально позволит повысить чувствительность тест-систем за счет суммарного вклада эпитопов в связывание специфических антител, нивелировать влияние вариабельности по отдельным аминокислотным позициям внутри полевых штаммов АПС, а также сохранить высокую специфичность по отношению к АПС за счет низкой идентичности включенных фрагментов к Е2 других пестивирусов.
Короткий адрес: https://sciup.org/140316550
IDS: 140316550 | УДК: 619:616.988 | DOI: 10.36718/1819-4036-2026-7-142-154
Search for promising antigenic markers for differential serodiagnostics of atypical porcine pestivirus
The objective of the study is to identify promising antigen markers for the differential serodiagnosis of atypical porcine pestivirus. The research was conducted at the Laboratory of Viral Anthropozoonoses at the Federal State Budgetary Scientific Institution Federal Center for Traumatology and Microbiology of Porcine Diseases (FCTRB-VNIVI) in 2025. Sequences of pestivirus strains and isolates of various types deposited in the Genbank database of the National Center for Biotechnology Information (NIH, USA) were used to analyze epitope conservation and phylogenetic analysis. Candidate peptides were screened using predictive web servers. Four species-specific consensus amino acid sequences were generated using the obtained data. Consensus generation was performed at an identity threshold of 75 %, which excluded spo-radic point mutations characteristic of single isolates and allowed for the formation of an average profile of the most stable regions of the proteome for each virus species. The results of comparative analysis of amino acid sequences allowed us to identify two fundamentally different groups of targets: a) unique epitopes of structural (E2, E1) and regulatory (Npro) proteins of APS, promising for inclusion in the diag-nostic antigen; b) highly conserved fragments of NS2, NS3, NS5A, NS5B, reflecting the functional «cores» of replication proteins of pestiviruses and potentially suitable for pan-pestivirus approaches, but not for species-specific serological differentiation. The high genetic distance of the gene encoding the APS E2 protein from that of CSFV and ruminant pestiviruses makes this protein an ideal candidate for the devel-opment of a highly specific differential diagnostic. Therefore, it is advisable to consider constructing a re-combinant diagnostic antigen as a multi-epitope protein combining the identified APS E2 epitopes into a synthetic polypeptide chain. Incorporating several independent antigenic determinants into a single antigen could potentially increase the sensitivity of test systems due to the combined contribution of epitopes to specific antibody binding, mitigate the influence of variability at individual amino acid positions within APS field strains, and maintain high specificity for APS due to the low identity of the included fragments to the E2 of other pestiviruses.
