Построение четырехкамерного геометрического образа сердца человека на основе рентгеновской томографии

Автор: Шардаков И.Н., Шестаков А.П.

Журнал: Российский журнал биомеханики @journal-biomech

Статья в выпуске: 4 (70) т.19, 2015 года.

Бесплатный доступ

Моделирование отдельных органов человека и организма в целом открывает дополнительные возможности в выявлении патологий, назначении оптимальных медицинских воздействий и прогнозировании их последствий. Для реализации этого подхода необходим геометрический образ органа. Преимущественно он представляет собой конечно-элементную сетку, поскольку реализация моделей, описывающих физико-механические процессы, протекающие в органе, осуществляется численно и в большинстве случаев методом конечных элементов. В настоящей работе рассматривается построение конечно-элементного образа сердца человека. Процесс построения основан на результатах мультисрезовой рентгеновской томографии, полученных in vivo. Исходная томограмма обрабатывается специально разработанным морфологическим фильтром, который позволяет сглаживать границу органа, устранять шумовой сигнал томографа и исключать элементы органа заданного масштаба. С помощью этого алгоритма выполнена фильтрация внешней границы сердца и его полостей. На основе обработанного томографического образа с помощью алгоритма роста создан трехмерный четырехкамерный геометрический образ сердца. Для этого образа построена граница в виде поверхностной сетки и проведены ее обработка с целью устранения дефектов в виде самокасаний, а также сглаживание, которое позволило устранить ломаный характер поверхности. Эти поверхности экспортированы в блок генерации сеток ANSYS ICEM CFD, в котором осуществлено построение конечно-элементного аналога сердца человека. Разработанный алгоритм обладает высокой универсальностью и может быть использован для построения геометрических образов других органов человека, единственным ограничением является обеспечение достаточного контраста томографического сигнала между восстанавливаемым органом и окружающей средой.

Еще

Сердце, сегментация, морфологическая фильтрация, томограмма, конечные элементы

Короткий адрес: https://sciup.org/146216185

IDR: 146216185

Список литературы Построение четырехкамерного геометрического образа сердца человека на основе рентгеновской томографии

  • Гонсалес Р., Вудс Р. Цифровая обработка изображений: пер. с англ. -М.: Техносфера, 2005. -1072 с.
  • Матвеенко В.П., Шардаков И.Н., Шестаков А.П Cоздание конечно-элементных моделей частей скелета человека с приложениями к задаче о собственных колебаниях//Вычислительная механика сплошных сред. -2012. -Т. 5, № 3. -С. 308-312.
  • Матвеенко В.П., Шардаков И.Н., Шестаков А.П. Алгоритм создания трехмерных образов органов человека по томографическим данным//Российский журнал биомеханики. -2011. -Т. 15, № 4. -С. 20-32.
  • Bishop M.J., Plank G. The role of fine-scale anatomical structure in the dynamics of reentry in computational models of the rabbit ventricles//J. Physiol. -2012. -Vol. 590. -P. 4515-4535. DOI: DOI: 10.1113/jphysiol.2012.229062
  • Del Fresno M., Vénere M. Combined region growing and deformable model method for extraction of closed surfaces in 3D CT and MRI scans//Comput. Med. Imaging Graph. -2009. -Vol. 33. -P. 369-376. DOI: DOI: 10.1016/j.compmedimag.2009.03.002
  • DICOM sample image sets . -URL: http://www.osirix-viewer.com/datasets (дата обращения: 18.08.2015).
  • Ecabert O., Peters J. Segmentation of the heart and great vessels in CT images using a model-based adaptation framework//Med. Image Anal. -2011. -Vol. 15. -P. 863-876. DOI: 06.004 DOI: 10.1016/j.media.2011
  • Einstein D.R., Kuprat A.P., Jiao X., Carson J.P., Einstein D.M., Jacob R.E., Corley R.A. An efficient algorithm for mapping imaging data to 3D unstructured grids in computational biomechanics//Int. J. Numer. Method Biomed. Eng. -2013. -Vol. 29. -P. 1-16. DOI: DOI: 10.1002/cnm.2489
  • FEM models . -URL: www.icmm.ru/tomogram-to-fem (дата обращения: 18.08.2015).
  • Frangi A.F., Niessen W.J., Viergever M.A. Three-dimensional modeling of functional analysis of cardiac images: a review//IEEE Trans Med Imaging. -2001. -Vol. 20, No. 1. -P. 2-25.
  • Heimann T., Meinzer H. Statistical shape models for 3D medical image segmentation: a review//Med. Image Anal. -2009. -Vol. 13. -P. 543-563. DOI: DOI: 10.1016/j.media.2009.05.004
  • Iglesias J.E., Sabunc M.R. Multi-atlas segmentation of biomedical images: A survey. Med. Image Anal., 2015, vol. 24, no. 1, pp. 205-219. DOI: DOI: 10.1016/j.media.2015.06.012
  • Jeffery N.S., Stephenson R.S., Gallagher J.A., Jarvis J.C., Cox P.G. Micro-computed tomography with iodine staining resolves the arrangement of muscle fibres.//J. Biomech., 2011, vol. 44, no. 1, pp. 189-192. DOI: DOI: 10.1016/j.jbiomech.2010.08.027
  • Kim W., Kim S. 3D binary morphological operations using run-length representation//Signal Processing: Image Communication. -2008. -Vol. 23. -P. 442-450.
  • Li B., Acton S. Active contour external force using vector field convolution for image segmentation//IEEE Trans. Med. Imaging. -2007. -Vol. 16, № 8. -P. 38-44.
  • Pop M., Sermesant M., Liu G., Relan J., Mansi T., Soong A., Peyrat J.M., Truong M.V., Fefer P., McVeigh E.R., Delingette H., Dick A.J., Ayache N., Wright G.A. Construction of 3D MR image-based computer models of pathologic hearts, augmented with histology and optical fluorescence imaging to characterize action potential propagation//Med. Image Anal. -2012. -Vol. 16. -P. 505-523. DOI: DOI: 10.1016/j.media.2011.11.007
  • Pop M., Sermesant M., Peyrat J.-M., Crystal E., Ghate S., Mansi T., Lashevsky I., Qiang B., McVeigh E.R., Ayache N., Graham A. A 3D MRI-based cardiac computer model to study arrhythmia and its in-vivo experimental validation//FIMH. -2011. LNCS -P. 195-205.
  • Pratt W. Digital image processing. -New York, 1978.
  • Pravdin S.F., Berdyshev V.I., Panfilov A.V., Katsnelson L.B., Solovyova O., Markhasin V.S. Mathematical model of the anatomy and fibre orientation field of the left ventricle of the heart. BioMed. Eng. OnLine, 2013, vol. 12. DOI: DOI: 10.1186/1475-925X-12-54
  • Qing-xi Hu, Qin Xu, Yuan Yao, Qi Lu, Yuan-zhi Xu, Jiao-jiao Wang, Qi-xiang Yang. Computer aided analysis in maxillary sinus surgery//IFMBE Proceedings. -2008. -Vol. 19. -P. 738-740.
  • Smistada E., Falcha T.L., Bozorgia M., Elstera A.C., Lindsetha F. Medical image segmentation on GPUs. A comprehensive review//Med. Image Anal. -2015. -Vol. 20, № 1. -P. 1-18. DOI: 2014.10.012 DOI: 10.1016/j.media
  • Treece G.M., Prager R.W. Surface interpolation from sparse cross sections using region correspondence//IEEE Trans. Med. Imaging. -2000. -Vol. 19, № 11. -P. 23-29.
  • Vadakkumpadan F., Arevalo H., Ceritoglu C., Miller M., Trayanova N. Image-based estimation of ventricular fiber orientations for personalized modeling of cardiac electrophysiology. IEEE Trans. Med. Imaging, 2012, vol. 31, no. 5, pp. 1051-1060. DOI: DOI: 10.1109/TMI.2012.2184799
Еще
Статья научная