Прогнозирование анксиолитического действия, опосредованного ГАМК а рецептором, методом молекулярного докинга
Автор: Гендугов Тембот Алимович, Глушко Александр Алексеевич, Чиряпкин Алексей Сергеевич, Чиряпкин Виталий Сергеевич
Журнал: Бюллетень науки и практики @bulletennauki
Рубрика: Биологические науки
Статья в выпуске: 5 т.6, 2020 года.
Бесплатный доступ
Рассматривается in silico изучение аффинитета 3 -[2-(4-Фенил-1-пиперазино)-2-оксоэтил]-хиназолин-4(3Н)-она (соединение VMA-10-21) к бензодиазепиновому сайту связывания ГАМК-А рецептора методом молекулярного докинга. Вычислительный эксперимент осуществлялся с использованием набора программ Autodock. В итоге была разработана методика прогнозирования сродства моделируемых соединений к бензодиазепинову сайту связывания ГАМК-А рецептора. Наибольший коэффициент корреляции между величиной pKi и средней энергией докинга в сайте связывания бензодиазепина (0,54) был получен с использованием набора аминокислот Tyr 58 и Tyr 159. Прогнозируемое значение Ki соединения VMA-10-21 составляет 2,864 нМ, что позволяет предположить высокий аффинитет изучаемого соединения к данному рецептору.
Компьютерное моделирование, молекулярный докинг, гамк-а-рецептор, гамк, бензодиазапиновый сайт, прогноз, фармация
Короткий адрес: https://sciup.org/14116252
IDR: 14116252 | DOI: 10.33619/2414-2948/54/04
Список литературы Прогнозирование анксиолитического действия, опосредованного ГАМК а рецептором, методом молекулярного докинга
- Spiering M. J. The discovery of GABA in the brain // Journal of Biological Chemistry. 2018. V. 293. №49. P. 19159-19160. DOI: 10.1074/JBC.CL118.006591
- Sigel E., Ernst M. The benzodiazepine binding sites of GABAA receptors // Trends in pharmacological sciences. 2018. V. 39. №7. P. 659-671. DOI: 10.1016/j.tips.2018.03.006
- Чиряпкин А. С., Глушко А. А., Кодониди И. П. Изучение сродства N-ацильных производных 2-оксо-1-пирролидинацетамида к сайту связывания NMDA-рецептора методом молекулярного докинга // Juvenis scientia. 2019. №3. С. 4-6.
- Глушко А. А. и др. Молекулярный докинг N-замещенного производного изохинолонас каталитическим доменом протеинкиназы C // Фармация и фармакология. 2014. Т. 2. №1 (2). С. 3-7. DOI: 10.19163/2307-9266-2014-2-1(2)-3-7
- Morris G. M., Goodsell D. S., Halliday R. S., Huey R., Hart W. E., Belew R. K., Olson A. J. Automated docking using a Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energy function // Journal of computational chemistry. 1998. V. 19. №14. P. 1639-1662. :14%3C1639::AID-JCC10%3E3.0.CO;2-B DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19
- Phulera S. et al. Cryo-EM structure of the benzodiazepine-sensitive α1β1γ2S tri-heteromeric GABAA receptor in complex with GABA // Elife. 2018. V. 7. P. e39383. DOI: 10.7554/eLife.39383
- Teppen B. J. HyperChem, release 2: molecular modeling for the personal computer // Journal of chemical information and computer sciences. 1992. V. 32. №6. P. 757-759. DOI: 10.1021/ci00010a025
