Прогнозирование структур белков методами полуопределенного программирования
Автор: Подкопаев А.С., Карасиков М.Е., Максимов Ю.В.
Журнал: Труды Московского физико-технического института @trudy-mipt
Рубрика: Доклады
Статья в выпуске: 4 (28) т.7, 2015 года.
Бесплатный доступ
Задача заключается в предсказании упаковки белковых молекул в мультимерный комплекс в приближении жестких тел. Для решения поставленной задачи предлагается использовать методы выпуклой оптимизации, например, полуопределенные релаксации. Недостатком большинства существующих алгоритмов (жадных алгоритмов и других) является их вычислительная сложность. В данной работе предлагаются алгоритмы меньшей вычислительной сложности. Основным результатом является оценка их качества, сравнение с алгоритмами, использовавшимися ранее.
Структуры белков, выпуклая релаксация, вычислительная сложность, хордальные графы, максимальные клики, точность прогнозирования
Короткий адрес: https://sciup.org/142186105
IDR: 142186105
Список литературы Прогнозирование структур белков методами полуопределенного программирования
- Moughon G., Wang, Schueler-Furman, Kuhlman B. Protein-protein docking with simultaneous optimization of rigid-body displacement and side-chain conformations//Journal of Molecular Biology. 2003. P. 281-299
- Topf M., Lasker K., Webb B., Wolfson H., Chiu W., Sali A. Protein Structure fitting and refinement guided by cryo-EM density//Structure. 2008. V. 16, N. 2. P. 295-307
- Krivov G., Shapovalov M., Dunbrack R. Improved prediction of protein side-chain conformations with SCWRL4//Proteins. 2009. P. 778-795
- Zhichao Miao, Yang Cao, Taijiao Jiang RASP: rapid modeling of protein side chain conformations//Bioinformatics. 2011. P. 3117-3122
- Freund R. Introduction to Semidefinite Programming. 2009. P. 1-49
- Boyd S., Vandenberghe L. Convex Optimization//Cambridge University Press. 2004. P. 1-716
- Nesterov Y. Introductory lectures on convex optimization//Springer Science & Business Media. 2004. V. 87
- Nesterov Y. Quality of semidefinite relaxation for nonconvex quadratic optimization//Universite catholique de Louvain, Center for Operations Research and Econometrics (CORE). 1997. N 1997019
- Grone R., Charles R., Eduardo M.,Wolkowicz H. Positive definite completions of partial Hermitian matrices//Linear algebra and its applications. 1984. V. 58. P. 109-124
- De Klerk E. Exploiting special structurein semidefinite programming: A survey of theory and applications//European Journal of Operational Research. 2010. V. 201, N 1. P. 1-10
- Rose D., Lueker G., Tarjan R. Algorithmic aspects of vertex elimination on graphs//SIAM Journal on Computing. 1976. V. 5. P. 266-283
- Tarjan R. and Yannakakis M. Simple Linear-time Algorithms to Test Chordality of Graphs, Test Acyclicity of Hypergraphs, and Selectively Reduce Acyclic Hypergraphs//SIAM Journal on Computing. 1984. -V. 13, N 3. P. 566-579
