Разработка и апробация нового способа идентификации Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola

В статье описаны разработка и апробация нового молекулярно-генетического метода для усовершенствования схемы диагностики возбудителя угловатой пятнистости фасолиPseudomonas savastanoi pv. phaseolicola – фитопатогенной бактерии масличных и зернобобовых культур. Предпосылкой усовершенствования методов выявления и идентификации бактерии стали сокращение расходов и сроков проведения исследования в связи с увеличением экспорта зерна сои и гороха в страны-импортеры, выставляющих требования к семенной продукции, свободной от возбудителя болезни. В ходе разработки нового подтверждающего теста на основе метода ПЦР в режиме реального времени подобраны четыре варианта праймерных систем (PspF1/PspR1/PspP1; PspF2/PspR2/PspP2; PspF3/PspR3/PspP3 и PspF4/PspR4/PspP4) участков консенсусных последовательностей плазмид P. savastanoi pv. phaseolicola NZ_JAANPZ010000001, NC_007274. Апробация нового метода проведена в лаборатории бактериологии и анализа ГМО Испытательного лабораторного центра Всероссийского центра карантина растений. Показатели аналитической чувствительности определены при помощи растительных экстрактов сои с добавлением суспензии P. savastanoi pv. phaseolicola. Наличие ДНК исследуемого патогена подтверждено для экстрактов, содержащих фитопатогенную бактерию в концентрации не менее 2 × 102 КОЕ/мл. Определение показателя аналитической специфичности проведено путем тестирования 153 штаммов для рекомендуемого ПЦР в режиме реального времени с праймерами PspF3, PspR3 и зондом PspP3, показатель аналитической специфичности составил 99,4 %. В результате исследования данный ПЦР-тест рекомендуется к внедрению в диагностическую схему в качестве подтверждающего молекулярно-генетического метода.