Разработка и апробация нового способа идентификации Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola
Автор: Игнатьева И.М., Кононова Е.П.
Рубрика: Агрохимия, агропочвоведение, защита и карантин растений
Статья в выпуске: 4 (204), 2025 года.
Бесплатный доступ
В статье описаны разработка и апробация нового молекулярно-генетического метода для усовершенствования схемы диагностики возбудителя угловатой пятнистости фасолиPseudomonas savastanoi pv. phaseolicola – фитопатогенной бактерии масличных и зернобобовых культур. Предпосылкой усовершенствования методов выявления и идентификации бактерии стали сокращение расходов и сроков проведения исследования в связи с увеличением экспорта зерна сои и гороха в страны-импортеры, выставляющих требования к семенной продукции, свободной от возбудителя болезни. В ходе разработки нового подтверждающего теста на основе метода ПЦР в режиме реального времени подобраны четыре варианта праймерных систем (PspF1/PspR1/PspP1; PspF2/PspR2/PspP2; PspF3/PspR3/PspP3 и PspF4/PspR4/PspP4) участков консенсусных последовательностей плазмид P. savastanoi pv. phaseolicola NZ_JAANPZ010000001, NC_007274. Апробация нового метода проведена в лаборатории бактериологии и анализа ГМО Испытательного лабораторного центра Всероссийского центра карантина растений. Показатели аналитической чувствительности определены при помощи растительных экстрактов сои с добавлением суспензии P. savastanoi pv. phaseolicola. Наличие ДНК исследуемого патогена подтверждено для экстрактов, содержащих фитопатогенную бактерию в концентрации не менее 2 × 102 КОЕ/мл. Определение показателя аналитической специфичности проведено путем тестирования 153 штаммов для рекомендуемого ПЦР в режиме реального времени с праймерами PspF3, PspR3 и зондом PspP3, показатель аналитической специфичности составил 99,4 %. В результате исследования данный ПЦР-тест рекомендуется к внедрению в диагностическую схему в качестве подтверждающего молекулярно-генетического метода.
Зерно сои, экспорт, карантинные перечни, угловатая пятнистость фасоли, подтверждающий молекулярно-генетический метод, ПЦР в режиме реального времени, Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola
Короткий адрес: https://sciup.org/142247038
IDR: 142247038 | УДК: [57.083+579.64]:632.35 | DOI: 10.25230/2412-608X-2025-4-204-117-124
Development and approbation of a new identification method of Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola
The article describes the development and testing of a new molecular genetic method for improving the identification scheme of Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola, the pathogen responsible for halo blight of beans in oil and leguminous crops. The reason for improving the methods for detecting and identifying the bacteria was to reduce the cost and time required for testing due to increased soybean and pea exports to importing countries that require seed products to be pathogenfree. During the development of a new confirmatory test based on the realtime PCR method, four types of primer systems were selected (PspF1/PspR1/PspP1; PspF2/PspR2/PspP2; PspF3/ PspR3/PspP3 and PspF4/PspR4/PspP4) using sites of consensus sequences of P. savastanoi pv. phaseolicola NZ_JAANPZ010000001, NC_007274 plasmids. The approbation of the new method was carried out in the bacteriology and GMO analysis laboratory of the Test Laboratory Center of the AllRussian Plant Quarantine Center. Analytical sensitivities were determined using pathogenfree soybean plant extracts supplemented with a P. savastanoi pv. phaseolicola suspension. The presence of a tested pathogen DNA was confirmed in extracts containing phytopathogenic bacteria at a concentration of at least 2 × 10² CFU/ml. Analytical specificity was determined to be 99.4% by testing 153 strains using the recommended realtime PCR with PspF3 and PspR3 primers and a PspP3 probe. As a result of the study, the PCR test is recommended for implementation in the diagnostic scheme as a confirmatory molecular genetic method.
