Секвенирование следующего поколения (NGS) в диагностике, определении прогноза и особенностей течения заболевания у pH-негативных пациентов с хроническими миелоидными новообразованиями

1000х на приборе MiSeq (Illumina). При анализе полученных данных применялся 3% порог частоты встречаемости аллеля (VAF). Клиническая значимость мутаций устанавливалась по базам данных COSMIC и ClinVar.

Результаты. В ходе выполнения NGS анализа были выявлены генетические аномалии у всех исследуемых пациентов, в среднем определялись 10 мутаций (от 4 до 43 у одного больного). При этом мутации соматической природы выявлены в 92% случаев (33/36) в количестве от 1 до 13 (в среднем 4 мутации у одного пациента). В 70% исследуемых проб (25/36) обнаруживались от 1 до 3 мутаций с известной клинической значимостью. У всех больных из группы без драйверных и соматических мутаций, без хромосомных аберраций с использованием дополнительного метода исследования NGS были найдены соматические мутации (как клинически значимые, так и c неизвестной клинической значимостью), что позволило подтвердить клональность заболевания. Для уточнения прогноза заболевания все пациенты были разделены на две группы – с благоприятным (пациенты с драйверными мутациями (16/36), нормальным кариотипом) и неблагоприятным прогнозом течения заболевания (с тринегативным мутационным статусом (20/36), с мутациями в генах эпигенетической регуляции (4/36)). У 8/16 (50%) пациентов с драйверными мутациями в генах CALR и JAK2 наблюдались дополнительные мутации в генах эпигенетической регуляции (ASXL1, EZH2, IDH1), у 3/16

(19%) в гене-регуляторе процесса транскрипции (TET2), что является фактором неблагоприятного прогноза. У пациентов с диагнозом Ph-МПН с неблагоприятным прогнозом также обнаруживали мутации в генах эпигенетической регуляции (ASXL1, IDH1, SRSF2), в генах, ответственных за передачу сигнала (RAS-гены, PTPN11), TET2. Стоит отметить мутацию в гене ATM (R2912G), обнаруженную у пациентки с диагнозом ПМФ (JAK2-ассоциированный) и трансформацией в ОМЛ. По литературным данным, мутации в гене ATM влияют на прогрессию заболевания предположительно за счет накопления поврежде- ний ДНК и геномной нестабильности.

Выводы . Данные, полученные при применении NGS технологии, позволяют подтвердить клональную природу заболевания, оценить прогноз течения заболевания и подобрать персонализированную терапию для Ph-негативных пациентов с диагнозом МПН. На сегодняшний день актуальным является расширение панели секвенируемых генов для пациентов с диагнозом Ph-МПН, а также исследование иных генетических механизмов, лежащих в основе патогенеза заболевания, например, изменения уровня