Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики
Автор: Глинский Борис Михайлович, Кучин Николай Владимирович, Черных Игорь Геннадьевич, Орлов Юрий Львович, Подколодный Николай Леонтьевич, Лихошвай Виталий Александрович, Колчанов Николай Александрович
Журнал: Программные системы: теория и приложения @programmnye-sistemy
Рубрика: Математические основы программирования
Статья в выпуске: 4 (27) т.6, 2015 года.
Бесплатный доступ
С 2001 года в ИВМиМГ СО РАН функционирует Центр коллективного пользования «Сибирский суперкомпьютерный центр» (ССКЦ) с пиковой производительностью кластеров 115 TFlops. Основные задачи центра: разработка и использование суперкомпьютерных технологий для математического моделирования различных задач, решаемых в институтах СО РАН; обеспечение работ институтов СО РАН и университетов Сибири по математическому моделированию в фундаментальных и прикладных исследованиях; обучение специалистов СО РАН и студентов университетов методам параллельных вычислений на суперкомпьютерах, методам моделирования больших задач. Одним из основных потребителей ресурсов является Центр коллективного пользования «Биоинформатика», созданный на базе Института Цитологии и Генетики СО РАН. В рамках совместных работ центров коллективного пользования были разработаны программные пакеты по наиболее актуальным научным направлениям биоинформатики. Работа посвящена обзору ресурсов ССКЦ и прикладным программным пакетам по биоинформатике. Ключевые слова и фразы: суперкомпьютеры с гибридной архитектурой, биоинформатика, компьютерная геномика, эволюция, прикладные программные пакеты
Короткий адрес: https://sciup.org/14336200
IDR: 14336200
Список литературы Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики
- http://www.gaussian.com/.
- http://www.gromacs.org/.
- Ф. В. Казанцев, В. В. Миронова, Е. С. Новоселова и др. Язык моделирования молекулярно-генетических систем SiBML//Параллельные вычислительные технологии, ПаВТ’2012, 2012. С. 722.
- В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин, А. В. Ратушный и др. Обобщенный химико-кинетический метод моделирования генных сетей//Молекуляр. биология, Т. 3, №. 6. 2001. С. 1072-1079.
- И. Р. Акбердин, Ф. В. Казанцев, Н. А. Омельянчук, В. А. Лихошвай. Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения//Информ. вестник ВОГиС, Т. 13, №. 1. 2009. С. 170-175.
- Ф. В. Казанцев, И. Р. Акбердин, Н. Л. Подколодный, В. А. Лихошвай. Новые возможности системы MGSmodeller//Вавиловский журнал генетики и селекции, 16:4/1 2012. С. 799-804.
- V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, S. S. Pintus et al. Computer analysis of metagenomic data-prediction of quantitative value of specific activity of proteins//Dokl. Biochem. Biophys., 443 2012. P. 76-80.
- Ю. Л. Орлов и др. ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики//Вавиловский журнал генетики и селекции, 16:4/1 2012. С. 732-741.
- И. В. Медведева, О. В. Вишневский, Н. С. Сафронова, О. С. Кожевникова, М. А. Генаев, А. В. Кочетов, Д. А. Афонников, Ю. Л. Орлов. Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования//Вавиловский журнал генетики и селекции, 17:4/1 2013. С. 629-638.
- И. В. Медведева, О. В. Вишневский, Н. С. Сафронова, О. С. Кожевникова, В. В. Суслов, Е. В. Кулакова, A. М. Спицына, Д. А. Афонников, А. В. Кочетов, Ю. Л. Орлов. Геномная организация и контекстные характеристики генов с повышенной экспрессией в клетках мозга//XVI Всероссийская научно-техническая конференция "Нейроинформатика2014", Сборник научных трудов. Т. 2, НИЯУ МИФИ, М., 2014. С. 32-42.
- Ю. Л. Орлов. Компьютерное исследование регуляции транскрипции генов эукариот с помощью данных экспериментов секвенирования и иммунопре-ципитации хроматина//Вавиловский журнал генетики и селекции, Т. 18, №. 1. 2014. С. 193-206.
- I. V. Medvedeva, A. M. Spitsina, O. V. Vishnevsky, N. S. Safronova, V. M. Efimov, Y. L. Orlov. Computer analysis of human gene expression data in brain using microarrays//Proceedings of the International Symposium "Human genetics", ISHG-2014 (Novosibirsk, Russia, 2014). P. 35.
- E. V. Kulakova, L. O. Bryzgalov, Y. L. Orlov, G. Li, Y. Ruan. Computer analysis of chromosome contacts revealed by sequencing//Proceedings of the Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology, BGRS/SB-2014 (Novosibirsk, Russia, 2014). P. 90.
- Е. В. Кулакова, А. М. Спицина, Н. Г. Орлова, А. И. Дергилев, А. В. Свичкарев, Н. С. Сафронова, И. Г. Черных, Ю. Л. Орлов. Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C//Программные системы: теория и приложения, Т. 6, №. 2(25). 2015. С. 129-148, URL: http://psta.psiras.ru/read/psta2015_2_129-148.pdf.
