Дифференциация штаммов бруцелл на основе анализа вариабельности VNTR-локусов
Автор: Анисимова Е.А., Додонова Е.А., Миргазов Д.А., Зайнуллин Л.И., Осянин К.А.
Журнал: Вестник Красноярского государственного аграрного университета @vestnik-kgau
Рубрика: Зоотехния и ветеринария
Статья в выпуске: 4, 2024 года.
Бесплатный доступ
Цель исследования - оценка эффективности применения разработанного протокола проведения MLVA для дифференциации штаммов возбудителя бруцеллеза. Данный протокол включает в себя анализ 15 VNTR-локусов с использованием модифицированных MLVA-праймеров. Для in vitro апробации предложенной MLVA схемы использовали выделенную нами ранее ДНК штаммов B. canis RM 6/66, B. suis 1330, B. suis 183-L, B melitensis 1565. MLVA проводили методом ПЦР с последующим разделением ампликонов в агарозном геле. Положительная амплификация наблюдалась для 10 из 15 VNTR-локусов, а именно Bru6, Bru7, Bru9, Bru16 и Bru18, Bru19, Bru21, Bru30, Bru43 и Bru45. Молекулярный размер данных локусов для референтных штаммов B. canis RM 6/66 и B. suis 1330 подтвердили in silico. Также представлены результаты MLVA для штаммов, представленных в базе данных GenBank. Путем поисковых запросов баз данных ресурсов NCBI нами были получены геномные последовательности 49 штаммов бруцелл видов B. canis, B. suis, B. aborus, B melitensis. C помощью биоинформационного анализа для данных штаммов определили молекулярную массу каждого из десяти VNTR-локуса и количество повторов в нем. По результатам проведенного MLVA построили дендрограмму. На основании филогенетического анализа последовательностей десяти вариабельных локусов установлено, что большинство исследуемых штаммов бруцелл распределились на дендрограмме в соответствии с их таксономическим положением. Таким образом заключили, что предложенный нами MLVA-протокол имеет потенциал использования для дифференциации штаммов бруцелл.
Brucella, mlva, пцр, филогенетический анализ, тандемные повторы, бруцеллез
Короткий адрес: https://sciup.org/140306673
IDR: 140306673 | DOI: 10.36718/1819-4036-2024-4-53-60
Список литературы Дифференциация штаммов бруцелл на основе анализа вариабельности VNTR-локусов
- Анализ заболеваемости людей бруцеллезом и молекулярно-биологическая характеристика изолятов Brucella melitensis на длительно неблагополучных по бруцеллезу территориях юга европейской части России / А.А. Хачатурова [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022. 99(1). С. 63-74. DOI: 10.36233/ 0372-9311-185.
- Салмаков К.М., Косарев М.А. Совершенствование системы специфической профилактики бруцеллеза крупного рогатого скота с применением вакцины из штамма B. abortus 82 и препарата из штамма B. abortus R-1096 // Ветеринария. 2023. № 8. С. 9-13. DOI: 10.30896/0042-4846.2023.26.8.09-13.
- Прошлое, настоящее, перспективы и проблемы совершенствования специфической профилактики бруцеллеза / В.А. Коршенко [и др.] // Медицинский вестник Юга России. 2021.№ 12 (3). С. 12-21. DOI: 10.21886/ 2219-8075-2021-12-3-12-21.
- Анализ заболеваемости бруцеллезом и молекулярно-генетическая характеристика популяции бруцелл на территории Российской Федерации / Д.Г. Пономаренко [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. 2023. № 2. С. 61-74. DOI: 10.21055/0370-1069-2023-261-74.
- In vitro antimicrobial susceptibility testing of human Brucella melitensis isolates from Qatar between 2014-2015 / A. Deshmukh [et al.] // BMC Microbiol. 2015. № 15 (121). DOI: 10.1186/s12866-015-0458-9.
- Дифференциация штаммов Bacillus anthra-cis методом анализа температур плавления продуктов ПЦР, полученных после амплификации VNTR локусов / Н.А. Фахрутдинов [и др.] // Ветеринарный врач. 2023. № 2. С. 41-46. DOI: 10.33632/1998-698X_2023_ 2_41.
- Изучение генетического разнообразия штаммов бруцелл, выделенных в СевероКавказском федеральном округе / И.В. Кузнецова [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. 2017. № 3. C. 58-62. DOI: 10.21055/0370-1069-2017-3-58-62.
- Кулаков Ю.К., Цирельсон Л.Е., Желудков М.М. Молекулярно-генетическая характеристика изолятов бруцелл, выделенных от собак и оленей в различных регионах России // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2012. № 4. С. 2833. DOI: 10.3103/S0891416812040052.
- Маркерные локусы генома бруцелл для дифференциальной ПЦР индикации патогенных штаммов / Н.И. Хаммадов [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. 2018. № 3. С. 88-93. DOI: 10.21055/0370-10692018-3-88-93.
- Использование кривых плавления амплико-нов VNTR-локусов для идентификации бруцелл / Е.А. Анисимова [и др.] // Перспективы развития современной ветеринарной науки: сб. науч. тр. по итогам Всерос. науч.-практ. конф. с междунар. участием, посвящ. 55-летию Прикаспийского зонального научно-исследовательского ветеринар. ин-та - филиала ФГБНУ «ФАНЦ РД» (22-23 сентября 2022 г.). Махачкала: Алеф, 2022. С. 22-26.
- Применение HRM-анализа кривых плавления, полученных после амплификации VNTR-локусов, для идентификации и дифференциации штаммов бруцелл / Е.А. Анисимова [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. 2023. № 4. С. 42-49. DOI: 10.21055/0370-1069-2023-4-42-49.
- Genetic and Phenotypic Characterization of the Etiological Agent of Canine Orchiepididymitis Smooth Brucella sp. BCCN84.3 / C. Guzman-Verri [et al.] // Front. Vet. Sci. 2019. № 6 (175). DOI: 10.3389/fvets.2019.00175.
