GWAS-анализ голштинского крупного рогатого скота Свердловской области с использованием полной и экстремальной выборок

Цель исследования - выявление генетических маркеров, ассоциированных с показателями молочной продуктивности (удоем, содержанием жира и белка в молоке) у голштинского крупного рогатого скота, с использованием метода полногеномного ассоциативного анализа (GWAS) на выборке животных из племенных хозяйств Свердловской области за 2018-2024 гг. Задачи: провести генотипирование выборки коров с использованием ДНК-биочипов и осуществить контроль качества данных; выполнить GWAS-анализ молочной продуктивности на полной популяции и на экстремальных фенотипических группах; идентифицировать статистически значимые однонуклеотидные полиморфизмы (ОНП), связанные с удоем, содержанием жира и белка; проанализировать гены, расположенные вблизи значимых ОНП, для понимания их роли в метаболизме липидов, иммунном ответе и развитии ткани молочной железы; оценить совпадение генетических ассоциаций между полной выборкой и экстремальными группами для подтверждения надежности маркеров. GWAS-анализ молочной продуктивности проведен на 539 голштинских коровах из 3 племенных хозяйств Свердловской области (2018-2024 гг.). Анализ удоя, жира и белка выполнен на полной выборке и экстремальных квартилях Q1/Q4 (удой: (10028 ± 680) и (6775 ± 653) кг; жир: (4,07 ± 0,068) и (3,79 ± 0,092) %; белок: (3,38 ± 0,066) и (3,12 ± 0,045) %). Всего идентифицировано 20 значимых ОНП, ассоциированных с показателями продуктивности крупного рогатого скота. Вблизи некоторых полиморфизмов расположены гены, ответственные за метаболизм жирных кислот и липидов (SLC27A6), а также связанные с молочной продуктивностью и иммунным ответом (GPX8, CDC20B и GZMA). Выявленные ОНП и локусы могут выступать в качестве кандидатных маркеров для геномной селекции голштинского скота. Совпадение GWAS-результатов на полной выборке и экстремальных квартилях Q1/Q4 подтверждает надежность выявленных ассоциаций и эффективность использования метода экстремальных выборок.