Исследование структуры рафтов биологических мембран методами компьютерного моделирования
Автор: Боздаганян Маринэ Евгеньевна, Шайтан Константин Вольдемарович
Журнал: Клиническая практика @clinpractice
Рубрика: Фундаментальная медицина
Статья в выпуске: 4 (28), 2016 года.
Бесплатный доступ
Понимание структуры биологической мембраны и ее роли в клетке значительно развилось после введения классической жидкомозаичной модели Сингера и Николсона. Позже жидкомозаичная модель мембраны была переработана и дополнена, значительно усложнена. Экспериментально было доказано, что мембрана состоит из так называемых рафтов, которые представляют собой функциональные «островки» из липидов определенного состава с белками. Липидные рафты играют центральную роль во многих клеточных процессах, в том числе в барьерных функциях мембраны, поляризации клеток и передаче сигналов. Несколько групп патогенных микроорганизмов, бактерий, прионов, вирусов, паразитов используют липидные рафты для своих целей. Рафты всегда возникают с обеих сторон мембраны напротив друг друга, однако природа двуслойности рафтов до сих пор мало изучена. Ранее теоретически было рассчитано, что сдвиг монослоев рафта и возможность деформации межмонослойной поверхности являются для системы дополнительными степенями свободы, что приводит к уменьшению граничной механической энергии, и, в конечном счете, является причиной двуслойности рафта. В данной работе методами молекулярного моделирования мы изучаем энергию взаимодействия монослоев рафта, проверяя гипотезу об их сдвиге относительно друг друга.
Клеточная мембрана, рафт, молекулярная динамика, молекулярное моделирование
Короткий адрес: https://sciup.org/143164619
IDR: 143164619
Список литературы Исследование структуры рафтов биологических мембран методами компьютерного моделирования
- Mouritsen OG, Kinnunen PKJ. Role of Lipid Organization and Dynamics for Membrane Functionality. Biological Membranes. 1996. pp. 463-502.
- Cullis PR, Fenske DB, Hope MJ. Physical properties and functional roles of lipids in membranes. New Comprehensive Biochemistry. 1996. pp. 1-33.
- Edidin M. The state of lipid rafts: from model membranes to cells. Annu Rev Biophys Biomol Struct. 2003;32: 257-283.
- Pike LJ. Lipid rafts: heterogeneity on the high seas. Biochem J. 2004;378: 281-292.
- Hancock JF. Lipid rafts: contentious only from simplistic standpoints. Nat Rev Mol Cell Biol. 2006;7: 456-462.
- Simons K, Vaz WLC. Model systems, lipid rafts, and cell membranes. Annu Rev Biophys Biomol Struct. 2004;33: 269-295.
- Gaus K, Gratton E, Kable EPW, Jones AS, Gelissen I, Kritharides L, et al. Visualizing lipid structure and raft domains in living cells with two-photon microscopy. Proc Natl Acad Sci USA. 2003;100: 15554-15559.
- Pralle A, Keller P, Florin EL, Simons K, Hörber JK. Sphingolipid-cholesterol rafts diffuse as small entities in the plasma membrane of mammalian cells. J Cell Biol. 2000;148: 997-1008.
- Harder T, Scheiffele P, Verkade P, Simons K. Lipid domain structure of the plasma membrane revealed by patching of membrane components. J Cell Biol. 1998;141: 929-942.
- Janes PW, Ley SC, Magee AI, Kabouridis PS. The role of lipid rafts in T cell antigen receptor (TCR) signalling. Semin Immunol. 2000;12: 23-34.
- Sheets ED, Holowka D, Baird B. Membrane organization in immunoglobulin E receptor signaling. Curr Opin Chem Biol. 1999;3: 95-99.
- Holowka D, Baird B. Fc(epsilon)RI as a paradigm for a lipid raft-dependent receptor in hematopoietic cells. Semin Immunol. 2001;13: 99-105.
- Kholodenko BN, Hoek JB, Westerhoff HV. Why cytoplasmic signalling proteins should be recruited to cell membranes. Trends Cell Biol. 2000;10: 173-178.
- Lesieur C, Vécsey-Semjén B, Abrami L, Fivaz M, Gisou van der Goot F. Membrane insertion: The strategies of toxins (review). Mol Membr Biol. 1997;14: 45-64.
- Abrami L, van Der Goot FG. Plasma membrane microdomains act as concentration platforms to facilitate intoxication by aerolysin. J Cell Biol. 1999;147: 175-184.
- Zhang J, Pekosz A, Lamb RA. Influenza virus assembly and lipid raft microdomains: a role for the cytoplasmic tails of the spike glycoproteins. J Virol. 2000;74: 4634-4644.
- Alfsen A, Iniguez P, Bouguyon E, Bomsel M. Secretory IgA specific for a conserved epitope on gp41 envelope glycoprotein inhibits epithelial transcytosis of HIV-1. J Immunol. 2001;166: 6257-6265.
- Mizuno T, Nakata M, Naiki H, Michikawa M, Wang R, Haass C, et al. Cholesterol-dependent generation of a seeding amyloid beta-protein in cell culture. J Biol Chem. 1999;274: 15110-15114.
- Baron GS, Wehrly K, Dorward DW, Chesebro B, Caughey B. Conversion of raft associated prion protein to the protease-resistant state requires insertion of PrP-res (PrP(Sc)) into contiguous membranes. EMBO J. 2002;21: 1031-1040.
- Holopainen JM, Metso AJ, Mattila J-P, Jutila A, Kinnunen PKJ. Evidence for the lack of a specific interaction between cholesterol and sphingomyelin. Biophys J. 2004;86: 1510-1520.
- Falck E, Patra M, Karttunen M, Hyvönen MT, Vattulainen I. Lessons of slicing membranes: interplay of packing, free area, and lateral diffusion in phospholipid/cholesterol bilayers. Biophys J. 2004;87: 1076-1091.
- Hofsäß C, Lindahl E, Edholm O. Molecular Dynamics Simulations of Phospholipid Bilayers with Cholesterol. Biophys J. 2003;84: 2192-2206.
- Vainio S, Jansen M, Koivusalo M, Róg T, Karttunen M, Vattulainen I, et al. Significance of sterol structural specificity. Desmosterol cannot replace cholesterol in lipid rafts. J Biol Chem. 2006;281: 348-355.
- Brown RE. Sphingolipid organization in biomembranes: what physical studies of model membranes reveal. J Cell Sci. 1998;111 (Pt 1): 1-9.
- Lee AG. Lipid phase transitions and phase diagrams. II. Mictures involving lipids. Biochim Biophys Acta. 1977;472: 285-344.
- Baumgart T, Hess ST, Webb WW. Imaging coexisting fluid domains in biomembrane models coupling curvature and line tension. Nature. 2003;425: 821-824.
- Осипенко ДС, Галимзянов ТР, Акимов СА, Латеральное перераспределение трансмембранных белков и жидко-упорядоченных доменов в липидных мембранах с неоднородной кривизной. Биологические мембраны: Журнал мембранной и клеточной биологии. 2016;33: 176-186.
- Galimzyanov TR, Molotkovsky RJ, Bozdaganyan ME, Cohen FS, Pohl P, Akimov SA. Elastic Membrane Deformations Govern Interleaflet Coupling of Lipid-Ordered Domains. Phys Rev Lett. 2015;115: 088101.
- Niemelä PS, Ollila S, Hyvönen MT, Karttunen M, Vattulainen I. Assessing the nature of lipid raft membranes. PLoS Comput Biol. 2007;3: e34.
- Pandit SA, Jakobsson E, Scott HL. Simulation of the early stages of nano-domain formation in mixed bilayers of sphingomyelin, cholesterol, and dioleyl-phosphatidylcholine. Biophys J. 2004;87: 3312-3322.
- Pandit SA, Vasudevan S, Chiu SW, Jay Mashl R, Jakobsson E, Scott HL. Sphingomyelin-Cholesterol Domains in Phospholipid Membranes: Atomistic Simulation. Biophys J. 2004;87: 1092-1100.
- Bozdaganyan ME, Shaitan KV. Raft formation in biological membranes: A molecular dynamics simulation study. Biochemistry (Moscow) Supplement Series A: Membrane and Cell Biology. 2014;8: 290-296.
- Pronk S, Páll S, Schulz R, Larsson P, Bjelkmar P, Apostolov R, et al. GROMACS 4.5: a high-throughput and highly parallel open source molecular simulation toolkit. Bioinformatics. 2013;29: 845-854.
- Mezei M. Evaluation of the Adaptive Umbrella Sampling Method. Mol Simul. 1989;3: 301-313.
- Meinhardt S, Vink RLC, Schmid F. Monolayer curvature stabilizes nanoscale raft domains in mixed lipid bilayers. Proc Natl Acad Sci USA. 2013;110: 4476-4481.
- Kumar S, Rosenberg JM, Bouzida D, Swendsen RH, Kollman PA. THE weighted histogram analysis method for free-energy calculations on biomolecules. I. The method. J Comput Chem. 1992;13: 1011-1021.
- Sowa G, Pypaert M, Sessa WC. Distinction between signaling mechanisms in lipid rafts vs. caveolae. Proc Natl Acad Sci U S A. 2001;98: 14072-14077.
- Mattson MP. Membrane Microdomain Signaling: Lipid Rafts in Biology and Medicine. Springer Science & Business Media; 2007.
- Bacia K, Schwille P, Kurzchalia T. From The Cover: Sterol structure determines the separation of phases and the curvature of the liquid-ordered phase in model membranes. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2005;102: 3272-3277.
- Takizawa N, Momose F, Morikawa Y, Nomoto A. Influenza A Virus Hemagglutinin is Required for the Assembly of Viral Components Including Bundled vRNPs at the Lipid Raft. Viruses. 2016;8. doi:10.3390/v8090249
- Ruiz A, Sarah Hill M, Schmitt K, Stephens EB. Membrane raft association of the Vpu protein of human immunodeficiency virus type 1 correlates with enhanced virus release. Virology. 2010;408: 89-102.
- Williamson R, Sutherland C. Neuronal Membranes are Key to the Pathogenesis of Alzheimer’s Disease: the Role of Both Raft and Non-Raft Membrane Domains. Curr Alzheimer Res. 2011;999: 1-9.