Мультирезистентные к антибиотикам штаммы и гены вирулентности Salmonella strains, выделенной из мяса кур (Ханой, Вьетнам)
Автор: Ксуан Да Фам, Хао Ле Ти Хонг, Хуен Тран Ти Тан, Лонг Тхан Ле, Хао Вин Ле, Нин Хан Ти, Минь Ле Тран, Нгуен Тан Трунг
Журнал: Анализ риска здоровью @journal-fcrisk
Рубрика: Оценка риска в эпидемиологии
Статья в выпуске: 1 (41), 2023 года.
Бесплатный доступ
Резюме: Salmonella enterica является одним из опасных пищевых патогенов (список Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ)). Во Вьетнаме продукция птицеводства является одним из наиболее широко распространённых мясных продуктов и основным источником S. enterica. Изучены мультирезистентные штаммы Salmonella, определена чувствительность к антибиотикам с использованием 15 разных типов препаратов и осуществлено последующее секвенирование для анализа генов устойчивости к антибиотикам, генотипов, типирования на основе мультилокусных последовательностей (MLST) и анализа плазмид. Результаты тестов на чувствительность к антибиотикам показали фенотипическую устойчивость к 9-11 типам антимикробных препаратов у всех изученных штаммов. Определены 43 гена в шести секвенированных штаммах, которые были связаны с устойчивостью к антибиотикам: штаммы, носящие спектр генов, связанных с аминогликозидной устойчивостью (aac (3), aac (6), ant (3), aph (3), aph (6), aadA); все штаммы с генами blaCTX-M-55 или blaCTX-M-65, которые устойчивы к антибиотикам третьего поколения; часто в секвенированных изолятах также обнаруживались гены sul1, sul2, sul3, tet (A), qnrS1, floR, dfrA14 или dfrA27. Помимо этого, геномное секвенирование показало, что все штаммы содержали острова патогенности SPI 1, SPI 2, SPI 3, создавая таким образом большое количество потенциальных триггеров заболевания. В некоторых штаммах были обнаружены C63PI, SPI 9, SPI 13, SPI 14 и плазмиды, такие как Col156, IncHI2, IncHI2A, IncFIB, Col (MGD2).
Антимикробные препараты, salmonella, мультирезистентность, фактор вирулентности, плазмида, куриное мясо, ген устойчивости к антибиотикам, остров патогенности (оп), бета-лактамазы
Короткий адрес: https://sciup.org/142237433
IDR: 142237433 | DOI: 10.21668/health.risk/2023.1.11
Текст научной статьи Мультирезистентные к антибиотикам штаммы и гены вирулентности Salmonella strains, выделенной из мяса кур (Ханой, Вьетнам)
Хао Вин Ле – бакалавр, научный сотрудник (e-mail: ; тел.: (+84) 363 059456; ORCID: .
Нин Хан Ти – бакалавр, научный сотрудник лаборатории микробиологии пищевых продуктов (e-mail: ; тел.: (+84) 338 273077; ORCID: .
Минь Ле Тран – ученик (e-mail: ; тел.: (+84) 942 472005; ORCID: .
Нгуен Тан Трунг – магистр, научный сотрудник микробиологии пищевых продуктов (e-mail: ; тел.: (+84) 349 363269; ORCID: .
Salmonella enterica является широко распространённым фактором риска вспышек пищевых инфекций во всем мире (Центр вновь возникающих инфекций и инфекционных заболеваний, 2016). Salmonella enterica подразделяется на шесть подвидов, которые в целом составляют более 2600 серотипов . Из этих шести подвидов основной причиной заболевания сальмонеллезом у людей является S. enterica subsp. Enterica [1]. Основным источником инфекции считаются продукты животного происхождения, поскольку Salmonella обнаруживается в продуктах птицеводства, в особенности в курином мясе и яйцах [2].
В странах с низким и средним уровнем доходов, таких как Вьетнам, для контроля над бактериальным загрязнением сельскохозяйственных животных широко применялись антибиотики, считающиеся эффективным решением данной проблемы. Чрезмерное использование антибиотиков в сельском хозяйстве и ветеринарной практике привело к появлению мультирезистентных организмов (МРО) и генетических локусов с передачей данного свойства.
Инфекция, вызываемая мультирезистентными Salmonella, стала серьезной проблемой для систем здравоохранения. В предыдущих исследованиях сообщалось, что появление и распространение мультирезистентных серотипов Salmonella в окружающей среде обусловлено чрезмерным применением антибиотиков в сельском хозяйстве [3]. В недавнем исследовании распространения эндемичных Salmonella в сыром мясе, приобретенном на традиционных рынках в городе Хо Ши Мин, было обнаружено, что изолированные Salmonella в 37,89 % случаях были устойчивы как минимум к одному антибиотику. 22,98 % бактерий были устойчивы к антибиотикам в количестве от двух до пяти, а 8,70 % были устойчивы более чем к шести антибиотикам [4]. Помимо широкой распространённости Salmonella, обнаруженной на фермах по выращиванию бройлеров, была установлена и устойчивость 66,85 % изолятов Salmonella к 2–9 антибиотикам. В р. Меконге (Вьетнам) были обнаружены 62 штамма с мультирезистентностью [5].
Для лучшего понимания взаимосвязи между фенотипом и генотипами бактерий необходимо изучить степень их устойчивости к антибиотикам всех классов, обращая внимание на мутации, которые могут быть причиной данной устойчивости. Это может быть сделано путем использования различных методов классического молекулярного типиро-вания для исследования последовательной передачи устойчивой к антибиотикам Salmonella человеку, животным и объектам окружающей среды. Такими методами среди прочих являются пульс-электро- форез (PFGE) [6] и типирование на основе мульти-локусных последовательностей (MLST) [7].
Влияние устойчивости к антибиотикам на здоровье человека вызывает серьезную тревогу у врачей и работников сельского хозяйства, поскольку антибиотики часто применяются для контроля над инфекциями. Однако ограничения данного метода заключаются в недостаточной способности выделить близкородственные изоляты Salmonella при изучении вспышек заболевания и дифференцировать изоляты внутри одного серотипа, выделенные из организмов разных носителей. Применение полногеномного секвенирования (WGS) оказало огромное влияние на изучение молекулярной эпидемиологии патогенов, устойчивых к антибиотикам [8]. В исследовании с применением полногеномного секвенирования в Дании было обнаружено, что однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), пангеном, k-меры и различия нуклеотидных деревьев имели неоспоримые преимущества перед классическим типированием и были применены для оценки связи определенных изолятов и вспышек, вызванных S. Typhimurium [9].
Цель исследования – оценка распространения контаминации Salmonella в куриных тушках и анализ генов устойчивости к антибиотикам, генотипов, мультилокусных последовательностей, факторов вирулентности и плазмид в полногеномном секвенировании различных серотипов Salmonella , выделенных из зараженных образцов.
Материалы и методы. Шесть штаммов, изученных в данном исследовании, были выделены из цельных тушек цыплят, закупленных на рынках в Ханое в сентябре 2019 г., согласно методу MLG 4.10, разработанному Департаментом сельского хозяйства США1.
Восприимчивость к антибиотикам определялась с помощью:
-
– дисков Liofilchem (Италия) в тестах со следующими антибиотиками: цефуроксим (CXM, 30 мкг), цефтриаксон (CRO, 30 мкг), цефокситин (FOX, 30 мкг), цефазолин (CZ, 30 мкг), цефотаксим (CTX, 30 мкг), цефтазидим (CAZ, 30 мкг);
-
– набора бета-лактамаз расширенного спектра, согласно рекомендациям Института клинических и лабораторных стандартов (CLSI)2: цефотаксим (CTX, 30 мкг); цефотаксим + клавулановая кислота (CTL, 30 + 10 мкг); цефтазидим (CAZ, 30 мкг), цефтазидим + клавулановая кислота (CAL, 30 + 10 мкг);
– набора AmpC, согласно рекомендациям CLSI2: цефотаксим (CTX, 30 мкг); цефотаксим 30 μg + клоксациллин (CTC); цефтазидим (CAZ, 30 мкг), цефтазидим 30 мкг + клоксациллин (CAC), гентамицин (CN, 10 мкг), тетрациклин (TE, 30 мкг), ципроф-
- локсацин (CIP, 5 мкг), хлорамфеникол (C, 10 мкг), ампициллин (AMP, 10 мкг), меропенем (MRP, 10 мкг), имипенем (IMI 10 мкг), налидиксовая кислота (NA, 30 мкг), триметоприм (TM, 5 мкг).
Краткое описание процедуры: приготовить суспензии штаммов Salmonella spp . (1,0·106 КОЕ/мл); погрузить стерильный хлопковый тампон в стандартизованную бактериальную суспензию; инокулировать на агаре путем посева штриховым методом с применением тампона, содержащего посевную культуру; поместить диск с антибиотиком на поверхность высушенной чашки с инокулятом; инкубировать чашки в перевернутом положении при температуре 37 °C в течение 16–18 ч.
Escherichia coli (ATCC 25922) была использована в качестве контроля. Salmonella spp ., которые показали устойчивость к более чем трем классам антибиотиков и более чем к одному антибиотику в каждом классе, считались мультирезистентными организмами (МРО).
Геномная ДНК была извлечена из 1 мл культуры, выращенной за ночь в сердечно-мозговом бульоне (BHI; BD, США), с применением мини-набора PureLink™ для извлечения геномной ДНК (Invitrogen, Thermofisher scientific) согласно протоколу производителя. Для секвенирования была подготовлена библиотека, полногеномное секвенирование выполнено с помощью системы Illumina MiSeq (Illumina, СанДиего, Калифорния, США) согласно инструкциям соответствующих производителей.
Последовательные показания были проанализированы при помощи ресурса по типированию Salmonella In Silico Typing Resource для идентификации серотипов [10]. Для скрининга генов устойчивости к антибиотикам и репликона плазмид применялся ABRicate [11]. Ген устойчивости к антибиотикам определялся путем скрининга отобранного генома и его сравнения с базами данных Resfinder [12], CARD [13] и ARG-ANNOT [14]. Поиск репли- конов плазмид осуществлялся путем скрининга отобранного генома и его сравнения с базой данных PlasmidFinder [15].
Профили устойчивости к антибиотикам изоля-тов Salmonella приведены в табл. 1. Все эти шесть изолятов были устойчивы как минимум к 9 из 15 проанализированных антимикробных препаратов.
Тест на определение чувствительности к антибиотикам показал, что 100%-ная устойчивость к 7 антибиотикам из 15 была выявлена у 6 штаммов Salmonella , включая такие препараты, как цефурок-сим, цефтриаксон, цефазолин, цефотаксим, тетрациклин и ампициллин. Высокая устойчивость к другим антибиотикам, таким как триметоприм, хлорамфеникол и налидиксовая кислота, была также выявлена у 5 из 6 изученных изолятов. У 4 изолятов была определена устойчивость к гентамицину, а половина из них были устойчивы к цефтазидиму. Кроме того, все 6 штаммов были чувствительны к цефокситину и ципрофлоксацину. Схожий результат был получен в тесте с антибиотиками четвертого поколения, имипе-немом и маропенемом, где устойчивость отсутствовала у всех 6 штаммов.
Для дальнейшего генетического анализа 6 изо-лятов были секвенированы при помощи платформы для секвенирования следующего поколения Illumina. Контроль качества показал, что результаты секвенирования варьируются от 441 192 показаний для образца 25_S6 до 811 290 показаний для образца 56_S15 со средней длиной последовательности 235–239 п.о. После успешной компоновки был получен размер генома Salmonella от 4,6 млн п.о. до 4,9 млн п.о. с примерно 52 % ГЦ-состава, как показано в табл. 2.
Согласно прогнозу in silico , секвенированные геномы изолятов с мультрезистентностью в целом являются носителями 43 различных генов устойчивости к антибиотикам (табл. 3), которые принадлежат к различным классам препаратов (табл. 4).
Таблица 1
Профили устойчивости к антибиотикам изолятов Salmonella
Образец |
CXM |
CRO |
FOX |
CZ |
CTX |
CAZ |
TMP |
TE |
C |
CN |
NA |
CIP |
AMP |
IMI |
MRP |
Устойчивость, препаратов, всего |
64_S19 |
R |
R |
S |
R |
R |
I |
S |
R |
R |
R |
R |
S |
R |
S |
S |
9 |
13_S3 |
R |
R |
S |
R |
R |
S |
R |
R |
R |
I |
R |
S |
R |
S |
S |
9 |
25_S6 |
R |
R |
S |
R |
R |
R |
R |
R |
R |
S |
S |
S |
R |
S |
S |
9 |
52_S14 |
R |
R |
S |
R |
R |
I |
R |
R |
R |
R |
R |
S |
R |
S |
S |
10 |
56_S15 |
R |
R |
S |
R |
R |
R |
R |
R |
S |
R |
R |
S |
R |
S |
S |
10 |
21_S5 |
R |
R |
S |
R |
R |
R |
R |
R |
R |
R |
R |
S |
R |
S |
S |
11 |
Устойчивость, препаратов, всего |
6/6 |
6/6 |
0/6 |
6/6 |
6/6 |
3/6 |
5/6 |
6/6 |
5/6 |
4/6 |
5/6 |
0/6 |
6/6 |
0/6 |
0/6 |
П р и м е ч а н и е: R – устойчивость, S – чувствительность, I – промежуточное состояние; цефуроксим (CXM), цефтриаксон (CRO), цефокситин (FOX), цефазолин (CZ), цефотаксим (CTX), цефтазидим (CAZ), триметоприм (TMP), тетрациклин (TE), хлорамфеникол (C), гентамицин (CN), налидиксовая кислота (NA), ципрофлоксацин (CIP), ампициллин (AMP), имипенем (IMI), меропенем (MRP).
Таблица 2
Образец |
Показания |
Средняя длина |
Контиги |
Длина генома |
Средняя длина контига |
N50 |
ГЦ |
13_S3 |
740518 |
236 |
393 |
4788214 |
116030 |
29823 |
52,21 |
21_S5 |
763692 |
239 |
428 |
4931166 |
146003 |
24548 |
52,40 |
25_S6 |
441192 |
235 |
530 |
4878881 |
85034 |
18804 |
52,51 |
52_S14 |
676386 |
239 |
506 |
4924654 |
102730 |
22592 |
52,54 |
56_S15 |
811290 |
237 |
383 |
4678161 |
262392 |
30011 |
52,36 |
64_S19 |
771120 |
237 |
508 |
4918718 |
65335 |
22505 |
52,48 |
Таблица 3
Распределение генов устойчивости к антибиотикам в серотипах Salmonella на основании прогноза in silico
Класс препаратов |
Ген |
Образец |
|||||
21_S5 |
25_S6 |
64_S19 |
13_S3 |
52_S14 |
56_S15 |
||
Количество генов устойчивости к антимикробным препаратам |
|||||||
17 |
18 |
20 |
27 |
27 |
27 |
||
Rifampin |
arr-3_4 |
||||||
arr2 |
|||||||
arr3 |
|||||||
Aminoglycoside |
aac(3)-IIa |
||||||
aac(3)-IId_1 |
|||||||
aac(3)-IVa_1 |
|||||||
aac(6)-Iaa_1 |
|||||||
aac(6)-Ib-cr_1 |
|||||||
aac(6)-Iy |
|||||||
aadA1-pm |
|||||||
aadA16_1 |
|||||||
aadA22 |
|||||||
ant(3)-Ia_1 |
|||||||
aph(3)-Ib_5 |
|||||||
aph(3)-Ia_3 |
|||||||
aph(3)-Ia_7 |
|||||||
aph(4)-Ia_1 |
|||||||
aph(6)-Id_1 |
|||||||
Beta-lactam |
bla CTX-M-55 1 |
||||||
bla CTX-M-65 1 |
|||||||
bla TEM-1B 1 |
|||||||
Diaminopyrimidine |
dfrA14_5 |
||||||
dfrA27_1 |
|||||||
Chloramphenicol |
catA2_1 |
||||||
flor_2 |
|||||||
Fosfomycin |
fosA3_1 |
||||||
fosA7_1 |
|||||||
Lincosamide |
linG |
||||||
Inu(F)_1 |
|||||||
Multidrug classes |
golS |
||||||
mdsA |
|||||||
mdsB |
|||||||
mdsC |
|||||||
mdtK |
|||||||
Mrx |
|||||||
sdiA |
|||||||
Macrolides |
mph(A)-2 |
||||||
Quinolone |
qnrS1_1 |
||||||
Sulfonamides |
sul1_5 |
||||||
sul2_2 |
|||||||
sul3_2 |
|||||||
Tetracyclin |
tet(A)_6 |
||||||
tetR |
П р и м е ч а н и е :
Характеристики скомпонованного генома
I I Отсутствие (отрицательный результат).
^^ Наличие (положительный результат).
Таблица 4
Гены антимикробной устойчивости изолятов Salmonella
Класс препа |
ратов |
|||||||||||||
Устойчивость к антибиотикам |
Код штамма |
Штамм |
Аминогликозид |
Бета-лактам |
Хлорамфеникол |
Кинолон |
Макролиды |
Тетрациклин |
Сульфонамиды |
Фосфо-мицин |
Диаминопиримидин |
Рифампин |
Линко-замид |
Мульти-лекарственные классы |
CXM-CRO-CZ-CTX-CAZ-TM-CN-TE-C-AMP |
13_S3 |
Newport |
aac(3)-IId_1; aac(3)-IIa; aadA22; ant(3’’)-Ia_1; aph(3’)-Ia_3; aph(6)-Id_1; aac(6’)-Iaa_1; aac(6’)-Iy; |
bla CTX-M-55_1; bla TEM-1B_1 |
floR_2 |
qnrS1_1; |
mph(A)_2; |
tet(A)_6; TetR |
dfrA14_5 |
arr-2; arr-3_4 |
lnu(F)_1; linG; |
golS; mdsA; mdsB; mdsC; mdtK; Mrx; sdiA; |
||
CXM-CRO-CZ-CTX-CAZ-TM-C-AMP |
21_S5 |
Infantis |
aac(3)-IVa_1; aac(3)-IV; aac(6’)-Iaa_1; ant(3’’)-Ia_1; aph(4)-Ia_1; aac(6’)-Iy; aadA1-pm |
bla CTX-M-65_1 |
floR_2 |
tet(A)_6; TetR |
sul1_5; |
golS; mdsA; mdsB; mdsC; mdtK; sdiA; |
||||||
CXM-CRO-CZ-CTX-CAZ-TM-CN-TE-C-AMP |
25_S6 |
Infantis |
aac(3)-IVa_1; aac(6’)-Iaa_1; ant(3’’)-Ia_1; aph(4)-Ia_1; aac(6’)-Iy; aadA1-pm; |
bla CTX-M-65_1 |
floR_2 |
tet(A)_6; TetR |
sul1_5; |
dfrA14_5 |
golS; mdsA; mdsB; mdsC; mdtK; sdiA; |
|||||
CXM-CRO-CZ-CTX-CAZ-TM-TE-C-AMP |
52_S14 |
Mele-agridis |
aac(3)-IId_1; aac(3)-IIa; aac(6’)-Iaa_1; aac(6’)-Ib-cr_1; aadA16_1; aph(3’’)-Ib_5; aph(6)-Id_1; |
bla CTX-M-55_1 ; bla TEM-1B_1 |
catA2_1; floR_2 |
mph(A)_2 |
tet(A)_6; TetR |
sul1_5; sul2_2; |
fosA7_1; |
dfrA27_1 |
arr-3_4; arr-3; |
golS; mdsA; mdsB; mdsC; mdtK; sdiA; Mrx |
||
CXM-CRO-CZ-CTX-CAZ-TM-CN-TE-C-AMP |
56_S15 |
Muenster |
aac(3)-IId_1; aac(6’)-Iaa_1; ant(3’’)-Ia_1; aph(3’)-Ia_3; aph(6)-Id_1; aac(3)-IIa; aac(6’)-Iy; aadA22; |
bla CTX-M-55_1 ; bla TEM-1B_1 |
floR_2 |
qnrS1_1; |
tet(A)_6; TetR |
sul3_2 |
dfrA14_5 |
arr-3_4; arr-2 |
lnu(F)_1; linG; |
golS; mdsA; mdsB; mdsC; mdtK; sdiA; |
||
CXM-CRO-CZ-CTX-CAZ-TM-CN-C-AMP |
64_S19 |
Infantis |
aac(3)-IVa_1; aac(6’)-Iaa_1; ant(3’’)-Ia_1; aph(3’)-Ia_7; aph(4)-Ia_1; aac(6’)-Iy; aadA1-pm; |
bla CTX-M-65_1 |
floR_2 |
tet(A)_6; TetR |
sul1_5 |
fosA3_1 |
dfrA14_5 |
golS; mdsA; mdsB; mdsC; mdtK; sdiA; |
Таблица 5
Серотипирование и анализ MLST изолятов Salmonella
Код образца |
Серотип |
Серогруппа |
H1 |
H2 |
Антиген O |
MLST |
13_S3 |
Newport |
C2-C3 |
e,h |
1,2 |
6,8,20 |
4157 |
21_S5 |
Infantis |
- |
r |
1,5 |
6,7,14 |
32 |
25_S6 |
Infantis |
- |
r |
1,5 |
6,7,14 |
32 |
52_S14 |
Meleagridis |
- |
e,h |
l,w |
3,{10}{15}{15,34} |
463 |
56_S15 |
Muenster |
- |
e,h |
1,5 |
3,{10}{15}{15,34} |
321 |
64_S19 |
Infantis |
- |
r |
1,5 |
6,7,14 |
32 |
Таблица 6
Тот факт, что во всех шести проанализированных штаммах были обнаружены гены bla CTX-M-65 или bla CTX-M-55 , указывает на высокую распространённость носительства генов, связанных с бета-лактамазами типа AmpC и/или ESBL. Гены bla CTX-M-55 и bla CTX-M-65 связаны с устойчивостью к широкому спектру жизненно необходимых лекарств, включая цефотаксим, цефтриаксон, азтреонам, цефтазидим, амоксициллин, ампициллин, тикарциллин, пиперациллин и цефепим. Интересно отметить и тот факт, что анализ фенотипов выявил устойчивость к цефотаксиму, цифтриаксону, цефтазидиму и ампициллину у всех проанализированных штаммов. Распространенность bla CTX-M говорит о наличии риска появления устойчивости к антибиотикам, поскольку все эти штаммы часто ассоциируются с горизонтальной передачей между штаммами одного вида, а также штаммами разных видов посредством плазмид или транспозонов [17]. Хотя во многих исследованиях была показана высокая распространённость во всем мире Salmonella с геном bla CTX-M-55 или bla CTX-M-65 , подобные данные, однако, не были получены во Вьетнаме. С одной стороны, в нашем исследовании сообщается о наличии Salmonella с генами bla CTX-M-55 или bla CTX-M-65 или штаммов, содержащих bla CTX-M-55 или bla CTX-M-65 совместно с bla TEM . С другой стороны, T. Nakayama et al. сообщали о
E. coli , производящих бета-лактамазы расширенного спектра и носящих гены bla CTX-M-55 или bla CTX-M-65 с bla TEM , которые были найдены в изолятах, выделенных из куриного мяса во Вьетнаме [18].
Таким образом, наличие островов патогенности увеличило выживаемость клеток Salmonella, и это стало серьезной проблемой в лечении заболевания, вызываемого мультирезистентными штаммами Salmonella, при помощи антибиотиков.
Выводы. Salmonella представляет собой серьезную угрозу здоровью населения, которая еще более обострилась в связи с появлением мультирезистент-ных штаммов и генов вирулентности. Результаты данного исследования показали, что штаммы Salmonella strains обладали устойчивостью к нескольким важным антибиотикам, широко применяемым в медицине и сельском хозяйстве, в частности, к третьему поколению цефалоспоринов (цефтриаксон, цефотаксим и цефтазидим). Помимо этого, геномное секвенирование шести изолятов выявило 43 гена, связанных с устойчивостью к антибиотикам. В данном исследовании было подтверждено присутствие генов bla CTX-M-55 и bla CTX-M-65 (устойчивость к антибиотикам третьего поколения) в Salmonella, выделенных из куриного мяса. Также в секвенированных геномах проанализированных штаммов были обнаружены разнообразные острова патогенности и плазмиды.
Список литературы Мультирезистентные к антибиотикам штаммы и гены вирулентности Salmonella strains, выделенной из мяса кур (Ханой, Вьетнам)
- A comprehensive review of non-enterica subspecies of Salmonella enterica / A. Lamas, J.M. Miranda, P. Regal, B. Vázquez [et al.] // Microbiol. Res. - 2018. - Vol. 206. - P. 60-73. DOI: 10.1016/J.MICRES.2017.09.010
- Risk assessments of Salmonella in eggs and broiler chickens [Электронный ресурс] // FAO, WHO. - 2002. -302 p. - URL: https://apps.who.int/iris/handle/10665/342257 (дата обращения: 18.10.2022).
- Tracing Origins of the Salmonella Bareilly Strain Causing a Food-borne Outbreak in the United States / M. Hoffmann, Y. Luo, S.R. Monday, N. Gonzalez-Escalona [et al.] // J. Infect. Dis. - 2016. - Vol. 213. - P. 502-508. DOI: 10.1093/INFDIS/JIV297
- Antimicrobial susceptibility of Salmonella spp.isolated from raw meats at traditional markets in Ho Chi Minh city / H.A.V. Truong, H.K.T. Nguyen, V.H. Chu, Y.H. Huynh // Ministry of Science and Technology. - 2021. - Vol. 63. - P. 55-59. DOI: 10.31276/VJST.63(8).55-59
- Prevalence and antibiotic resistance of Salmonella isolated from poultry and its environment in the Mekong Delta, Vietnam / T.K. Nguyen, L.T. Nguyen, T.T.H. Chau, T.T. Nguyen [et al.] // Vet. World. - 2021. - Vol. 14. - P. 3216-3223. DOI: 10.14202/VETWORLD.2021.3216-3223
- Differential Single Nucleotide Polymorphism-Based Analysis of an Outbreak Caused by Salmonella enterica Serovar Manhattan Reveals Epidemiological Details Missed by Standard Pulsed-Field Gel Electrophoresis / E. Scaltriti, D. Sassera, F. Comandatore, C.M. Morganti [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2015. - Vol. 53. - P. 1227. DOI: 10.1128/JCM.02930-14
- Multilocus sequence typing as a replacement for serotyping in Salmonella enterica / M. Achtman, J. Wain, F.X. Weill, S. Nair [et al.] // PLoS Pathog. - 2012. - Vol. 8. DOI: 10.1371/JOURNAL.PPAT.1002776
- Whole-Genome Sequencing in Outbreak Analysis / C.A. Gilchrist, S.D. Turner, M.F. Riley, W.A. Petri, E.L. Hewlett // Clin. Microbiol. Rev. - 2015. - Vol. 28. - P. 541-563. DOI: 10.1128/CMR.00075-13
- Evaluation of whole genome sequencing for outbreak detection of salmonella enterica / P. Leekitcharoenphon, E.M. Nielsen, R.S. Kaas, O. Lund, F.M. Aarestrup // PLoS One. - 2014. - Vol. 9. DOI: 10.1371/journal.pone.0087991
- The salmonella in silico typing resource (SISTR): An open web-accessible tool for rapidly typing and subtyping draft salmonella genome assemblies / C.E. Yoshida, P. Kruczkiewicz, C.R. Laing, E.J. Lingohr [et al.] // PLoS One. - 2016. -Vol. 11. DOI: 10.1371/journal.pone.0147101
- Seemann T. ABRicate: mass screening of contigs for antiobiotic resistance genes [Электронный ресурс]. - URL: https://github.com/tseemann/abricate (дата обращения: 16.10.2022).
- Identification of acquired antimicrobial resistance genes / E. Zankari, H. Hasman, S. Cosentino, M. Vestergaard [et al.] // J. Antimicrob. Chemother. - 2012. - Vol. 67. - P. 2640-2644. DOI: 10.1093/JAC/DKS261
- The Comprehensive Antibiotic Resistance Database / A.G. McArthur, N. Waglechner, F. Nizam, A. Yan [et al.] // Antimicrob. Agents Chemother. - 2013. - Vol. 57. - P. 3348. DOI: 10.1128/AAC.00419-13
- ARG-ANNOT, a new bioinformatic tool to discover antibiotic resistance genes in bacterial genomes / S.K. Gupta, B.R. Padmanabhan, S.M. Diene, R. Lopez-Rojas [et al.] // Antimicrob. Agents Chemother. - 2014. - Vol. 58. - P. 212-220. DOI: 10.1128/AAC.01310-13
- In Silico detection and typing of plasmids using plasmidfinder and plasmid multilocus sequence typing / A. Carattoli, E. Zankari, A. Garciá-Fernández, M.V. Larsen [et al.] // Antimicrob. Agents Chemother. - 2014. - Vol. 58. - P. 3895-3903. DOI: 10.1128/AAC.02412-14
- Antibiotic resistance in Salmonella spp. isolated from poultry: A global overview / R.E. Castro-Vargas, M.P. Herrera-Sánchez, R. Rodríguez-Hernández, I.S. Rondón-Barragán // Vet. World. - 2020. - Vol. 13. - P. 2070-2084. DOI: 10.14202/VETWORLD.2020.2070-2084
- Genome sequences of multidrug-resistant Salmonella enterica serovar Paratyphi B (dT+) and Heidelberg strains from the Colombian poultry chain / P. Donado-Godoy, J.F. Bernal, F. Rodríguez, Y. Gomez [et al.] // Genome Announc. - 2015. -Vol. 3. DOI: 10.1128/genomeA.01265-15
- Abundance of colistin-resistant Escherichia coli harbouring mcr-1 and extended-spectrum P-lactamase-producing E. coli co-harbouring blaCTX-M-55 or -65 with blaTEM isolates from chicken meat in Vietnam / T. Nakayama, H. le Thi, P.N. Thanh, D.T.N. Minh [et al.] // Archives of Microbiology. - 2022. - Vol. 204. - P. 137. DOI: 10.1007/S00203-021-02746-0