Высокопроизводительный виртуальный скрининг в Enterprise Desktop Grid на базе BOINC
Автор: Ивашко Евгений Евгеньевич, Никитина Наталия Николаевна, Steffen Moller
Рубрика: Информатика, вычислительная техника и управление
Статья в выпуске: 1 т.4, 2015 года.
Бесплатный доступ
В работе представлен опыт разработки и использования распределенной вычислительной инфраструктуры Enterprise Desktop Grid на базе программной платформы BOINC для проведения виртуального скрининга с использованием свободно распространяемого программного обеспечения и открытых баз данных моделей химических соединений. Согласно концепции Enterprise Desktop Grid, в рамках виртуальной единой вычислительной сети объединяются неспециализированные вычислители, принадлежащие одной организации или группе пользователей, напрямую заинтересованных в решении прикладной задачи. В работе приводится описание и оценка производительности Enterprise Desktop Grid, созданной в рамках совместного научно-исследовательского проекта Института экспериментальной дерматологии при университете г. Любек (Германия) и Института прикладных математических исследований Карельского научного центра РАН. Приведены выводы о применимости подхода, а также краткий обзор полученных результатов виртуального скрининга.
Распределенные вычисления, виртуальный скрининг
Короткий адрес: https://sciup.org/147160556
IDR: 147160556 | DOI: 10.14529/cmse150105
Список литературы Высокопроизводительный виртуальный скрининг в Enterprise Desktop Grid на базе BOINC
- Ивашко, Е.Е. Desktop Grid корпоративного уровня/Е.Е. Ивашко -Программные системы: теория и приложения. -2014. -No. 1(19). -С. 183-190.
- Anderson, D.P. BOINC: A system for public-resource computing and storage/D.P. Anderson//R. Buyya (Editor), Fifth IEEE/ACM International Workshop on Grid Computing. -2004. -P. 4-10.
- Breakthrough in the fight against childhood cancer. URL: http://www. worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=342 (дата обращения: 14.11.2014).
- ChemSpider: Search and share chemistry. URL: http://www.chemspider.com (дата обращения: 14.11.2014).
- Del Rio, A. CoCoCo: a free suite of multiconformational chemical databases for highthroughput virtual screening purposes/A. Del Rio, A.J. Moura Barbosa, F. Caporuscio, G.F. Mangiatordi -Molecular BioSystems. -2010. -No. 6. -P. 2122-2128.
- Irwin, J.J. ZINC: A Free Tool to Discover Chemistry for Biology/J.J. Irwin, T. Sterling, M.M. Mysinger, et al. -Journal of Chemical Information and Modeling. -2012. -No. 52(7). -P. 1757-1768.
- Matter, H. Applications and Success Stories in Virtual Screening/H. Matter, C. Sotriffer -Virtual Screening: Principles, Challenges, and Practical Guidelines (ed. C. Sotriffer). Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, Germany, 2011. -P. 319-358.
- Moura Barbosa, A.J. Freely accessible databases of commercial compounds for highthroughput virtual screenings/A.J. Moura Barbosa, A. Del Rio -Current Topics in Medicinal Chemistry. -2012. -No. 12. -P. 866-877.
- Trott, O. AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading/O. Trott, A.J. Olson -Journal of Computational Chemistry. -2010. -No. 31. -P. 455-461.
- Villoutreix, B.O. Structure-based virtual ligand screening: recent success stories/B.O. Villoutreix, R. Eudes, M.A. Miteva -Combinatorial chemistry & high throughput screening. -2009. -No. 12(10). -P. 1000-1016.
- Walters, W.P. Virtual screening an overview/W.P. Walters, M.T. Stahl, M.A. Murcko -Drug Discovery Today. -1998. -Vol. 3, No. 4. -P. 160-178.
