Разработка ПЦР-тест системы для выявления вироида веретеновидности клубней картофеля
Автор: Бессолицына Е.А., Харина А.В.
Журнал: Известия Коми научного центра УрО РАН @izvestia-komisc
Рубрика: Растениеводство
Статья в выпуске: 6 (58), 2022 года.
Бесплатный доступ
Вироид веретеновидности клубней картофеля поражает растения картофеля, нанося серьезный урон сельскому хозяйству за счет снижения урожайности. Поэтому существует необходимость выявления данного возбудителя. Вироиды представляют собой молекулы РНК, поэтому для их выявления не подходят иммунологические методы и классический ПЦР. Цель данной работы - разработка метода для выявления вироида веретеновидности клубней картофеля. Были подобраны праймеры для реакции обратной транскрипции и последующей ПЦР, рассчитаны температуры отжига и размер амплифицируемого фрагмента. Проверены праймеры и условия реакции на растительном материале. Получены ПЦР-продукты рассчитанного размера. Определение их нуклеотидной последовательности подтвердило выявление генетического материала вироида веретеновидности клубней картофеля. Таким образом, данная ПЦР-тест система может быть использована для выявления вироида картофеля и стать основой для выявления вироидов других овощных культур.
Вироид веретеновидности клубней картофеля, ввкк, пцр-тест система
Короткий адрес: https://sciup.org/149141297
IDR: 149141297 | УДК: 578.522 | DOI: 10.19110/1994-5655-2022-6-84-88
Development of a PCR-test system for detection of the potato spindle tuber viroid
The Potato spindle tuber viroid infects potato plants, causing a serious damage to agriculture by reducing yields. Therefore, there is a need to identify this pathogen. Viroids are RNA molecules and so cannot be detected with the immunological methods and the classical PCR. The aim of this work is to develop a method for detection of the Potato spindle tuber viroid. Primers have been selected for the reverse transcription reaction and the subsequent PCR, the annealing temperatures and the size of the amplified fragment have been calculated. Primers and reaction conditions have been tested on plant material. PCR products of the calculated size have been obtained. Determination of their nucleotide sequence confirmed the identification of the genetic material of the Potato spindle tuber viroid. Thus, this PCR test system can be used for detection of the Potato viroid and become the basis for detection of other vegetable crops’ viroids.
Список литературы Разработка ПЦР-тест системы для выявления вироида веретеновидности клубней картофеля
- Cordingley, M.G. Viruses agents of evolutionary invention / G. Michael Cordingley. - Harvard: Harvard Univ. Press, 2019. - 400 p.
- Hammond, R.W. Viroids: new and continuing risks for horticultural and agricultural crops/ R.W. Hammond, A.R. Owens // APSnet Features. - 2006.
- Гнутова, Р.В. Вирусные и вироидные болезни картофеля на Дальнем Востоке и методы их диагностики в семеноводстве / Р.В. Гнутова, К.А. Можаева // Известия ТСХА. - 2010. - Т. 2, № 62. - С. 35-43.
- Москалев, А.В. Биологические эффекты вироидов / А.В. Москалев [и др.] // Вестник Российской военно-медицинской академии. - 2018. - Т. 2, № 62. - С. 209-214.
- Можаева, К.А. Продуктивность картофеля, инфицированного вироидом веретеновидности клубней картофеля / К.А. Можаева // Известия ТСХА.- 2011. - № 6. - С. 60-68.
- Mehle, N. Survival and transmission of Potato virus Y, Pepino mosaic virus, and the Potato spindle tuber viroid in water / N. Mehle [et al.] // Applied and Environmental Microbiology. - 2014. -Vol. 80 (4). - Р. 1455-1462.
- Sambrook, J. Molecular cloning: a laboratory manual / J. Sambrook, T. Fritch, T. Maniatis. - NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. - 1626 p.
