Оценка параметров крупнозернистой модели липидов квантово-химическими методами

Автор: Иванова Анастасия Владимировна, Бескачко Валерий Петрович

Журнал: Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия: Математика. Механика. Физика @vestnik-susu-mmph

Статья в выпуске: 11 (270), 2012 года.

Бесплатный доступ

Рассматривается крупнозернистая модель липидного бислоя, в которой параметры интрамолекулярных потенциалов огрубленной молекулы ди-пальмитоилфосфатидилхолина (ДПФХ) определяются подгонкой под ее механические свойства, оцененные с помощью квантово-химических расчетов из первых принципов. Найденные с помощью предложенной модели физико-химические свойства бислоя хорошо согласуются с опытными данными.

Липиды, липидные мембраны, квантовая химия, молекулярная динамика

Короткий адрес: https://sciup.org/147158709

IDR: 147158709

Список литературы Оценка параметров крупнозернистой модели липидов квантово-химическими методами

Mesoscopic models of biological membranes/M. Venturoli, M.M. Sperotto, M. Kranenburg, B. Smit//Physics Reports. -2006. -Т. 437, № 1-2. -С. 1-54.
Ayton, G. Bridging microscopic and mesoscopic simulations of lipid bilayers/G. Ayton, G.A. Voth//Biophysical Journal. -2002. -Т. 83, № 6. -С. 3357-3370.
de Vries, A.H. Molecular dynamics simulation of the spontaneous formation of a small DPPC vesicle in water in atomistic detail/A.H. de Vries, A.E. Mark, S.J. Marrink//Journal of the American Chemical Society. -2004. -Т. 126, № 14. -С. 4488-4489.
http://classic.chem.msu.su/gran/firefly/index.html
Advances in electronic structure theory: GAMESS a decade later/M.W. Schmidt, K.K. Baldridge, J.A. Boatz, S.T. Elbert и др.//Journal of Computational Chemistry. -1993. -Т. 14. -C.1347-1363.
Marrink, S.J. Coarse grained model for semi-quantitative lipid simulations/S.J. Marrink, A.H. de Vries, A.E. Mark//Journal of Physical Chemistry B. -2004. -Т. 108, № 2. -С. 750-760.
The MARTINI Force Field: Coarse Grained Model for Biomolecular Simulations/S.J. Marrink, H.J. Risselada, S. Yefimov и др.//Journal of Physical Chemistry B. -2007. -Т. 111, № 27. -С. 78127824.
GROMACS: Fast, Flexible and Free/D. van der Spoel, E. Lindahl, B. Hess и др.//Journal of Computational Chemistry. -2005. -Т. 26, № 16. -С. 1701-1718.
GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation/B. Hess, C. Kutzner, D. van der Spoel, E. Lindahl//Journal of Chemical Theory and Computation. -Т. 4, № 3. -С. 435-447.
Molecular dynamics with coupling to an external bath/H.J.C. Berendsen, J. P. M. Postma, A. Di Nola, J.R. Haak//Journal of Chemical Physics. -1984. -Т. 81, № 8. -С. 3684-3690.
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Nagle, J.F. Structure of lipid bilayers/J.F. Nagle, S. Tristram-Nagle//Biochimica et Biophysica Acta. -2000. -Т. 1469, № 3. -С. 159-195.
Lindahl, E. Mesoscopic undulations and thickness fluctuations in lipid bilayers from molecular dynamics simulations/E. Lindahl, O. Edholm//Biophysical journal. -2000. -Т. 79, № 1. -С. 426433.
Sheats, J.R. A photochemical technique for measuring lateral diffusion of spin-labeled phospholipids in membranes/J.R. Sheats, H.M. McConnell//PNAS. -1978. -Т. 75, № 10. -С. 46614663.
http://www.gromacs.org

Еще

Статья научная