Паспортизация линий и гибридов подсолнечника селекции Армавирской опытной станции ВНИИМК: подбор оптимальных ДНК локусов и условий ПЦР
Автор: Гучетль С.З., Фролов С.С., Зайцев Р.Н., Кузнецова Е.С.
Рубрика: Селекция и семеноводство сельскохозяйственных растений
Статья в выпуске: 3 (171), 2017 года.
Бесплатный доступ
Линии и гибриды подсолнечника Армавирской опытной станции (АОС) ВНИИМК не паспортизированы по локусам ДНК. Для генетического материала из разных селекцентров аллельный полиморфизм одних и тех же локусов может быть неодинаков, поэтому необходимо проводить поиск SSR-праймеров, выявляющих полиморфизм фракций ДНК. Создание системы молекулярных маркеров на основе локусов ДНК для отдельно взятой лаборатории требует оптимизации температурных режимов амплификации ДНК с разными праймерами. Поэтому целями данной работы были: оптимизация условий ПЦР, подбор оптимальных микросателлитных локусов и выявление стабильного, воспроизводящегося полиморфизма амплифицированных фрагментов ДНК для создания системы молекулярных маркеров, пригодных для идентификации и паспортизации линий и гибридов подсолнечника селекции АОС ВНИИМК. Материалом для исследования служили 12 линий и семь гибридов коллекции подсолнечника АОС ВНИИМК. Для полимеразной цепной реакции (ПЦР) ДНК были отобраны 18 пар SSR-прай-меров. Три праймера не гибридизовались с матричной ДНК ни при одной температуре отжига. Для 15 пар экспериментальным путем был проведен подбор оптимальной температуры гибридизации с матричной ДНК. Показано, что 11 пар праймеров для ПЦР выявляют стабильный, воспроизводящийся полиморфизм фракций амплифицированной ДНК, что позволяет использовать их для молекулярно-генетической паспортизации инбредных линий и гибридов подсолнечника селекции АОС ВНИИМК. Анализ электрофоретических спектров микросателлитных локусов показал, что некоторые линии обладают идентичным составом микросателлитных локусов. Уникальность проанализированной группы линий составила 58,3 %. Семь исследованных гибридов имели отличающиеся по аллельному составу микросателлитных локусов генотипы. Предполагается дальнейший скрининг SSR локусов для более точной идентификации генотипов подсолнечника.
Подсолнечник, линии, гибриды, паспортизация, микросателлитные локусы
Короткий адрес: https://sciup.org/142214616
IDR: 142214616
Список литературы Паспортизация линий и гибридов подсолнечника селекции Армавирской опытной станции ВНИИМК: подбор оптимальных ДНК локусов и условий ПЦР
- Вдовиченко Л.Д., Глазко В.И. Генетическая паспортизация сортов пшеницы с использованием ISSR-PCR маркеров//Сельскохозяйственная биология. -2007. -№ 3. -С. 33-37.
- Бобошина И.В., Боронникова С.В. Идентификация перспективных для Урала сортов пшеницы мягкой с использованием межмикросателлит-ного анализа полиморфизма ДНК//Фундаментальные исследования. -2013. -№ 6. -С. 92-97.
- Рамазанова С.А., Гучетль С.З., Челюстникова Т.А., Антонова Т.С. Идентификация сортов сои российской селекции на основе анализа микросателлитных (SSR) локусов ДНК//Масличные культуры. Науч.-тех. бюл. ВНИИМК. -2008. -№ 2 (139) -С. 56-58.
- Шейкина О.В., Прохорова А.А., Новиков П.С., Криворотова Т.Н. Разработка методики идентификации клонов плюсовых деревьев ели обыкновенной (Picea abies L.) с использованием ISSR-маркеров//Научный журнал КубГАУ. -2012. -№ 83 (09). -С. 12-18.
- Cabezas J.A., Ibáñez J., Lijavetzky D., Vélez D., Bravo G., Rodríguez V. A 48 SNP set for grapevine cultivar identification//Plant Biology. -2011. -No 11. -Р. 153.
- Саналатий А.В., Солоденко А.Е., Сиво-лап Ю.М. Идентификация генотипов подсолнечника украинской селекции при помощи SSRP-анализа//Цитология и генетика. -2006. -Т. 40. -№ 4. -С. 37-43.
- Imerovski I., Dimitrijevic A., Miladinovic D., Dedic D., Jocic S., Miklic V. Molecular profiles of sunflower lines resistant to broomrape (Orobanche сumana Wallr.)//Proc. of Intern. Symposium on Broomrape (Orobanche spp.) in Sunflower. Chisinau, Republic of Moldova, August 25-27, 2011. -P. 25.
- Усатов А.В., Маркин Н.В., Горбаченко Ф.И., Федорова М.А., Тихобаева В.Е., Горбаченко О.Ф., Азарин К.В. SSR-анализ геномной ДНК ЦМС-линий подсолнечника//Масличные культуры. Науч.-тех. бюл. ВНИИМК. -2011. -№ 1 (146-147). -С. 15-20.
- Гучетль С.З., Челюстникова Т.А., Антонова Т.С. Паспортизация новых линий и гибридов подсолнечника селекции ВНИИМК с помощью биохимических и молекулярных маркеров//Масличные культуры. Науч.-тех. бюл. ВНИИМК. -2015. -№ 3 (163). -С. 31-37.
- Antonova T.S., Guchetl S.Z., Tchelustniko-va T.A., Ramazanova S.A. Development of marker system for identification and certification of sunflower lines and hybrids on the basis of SSR-analysis//Helia. -2006. -V. 29. -No 45. -P. 63-68.
- Saghai-Maroof M.A., Soliman K.M., Jorgensen RA., Allard R.W. Ribosomal DNA spacer-length polymorphisms in barley: Mendelian inheritance, chromosomal location, and population dynamics//PNAS USA. -1984. -V. 81. -P. 8014-8018.
- Челюстникова Т.А. Полиморфизм микросателлитных локусов в генотипах культурного и дикорастущего подсолнечника//Масличные культуры. Науч.-тех. бюл. ВНИИМК. -2008. -Вып. 2 (139). -С. 19-23.
