Разработка экспериментальной версии программного обеспечения на основе новой методики определения температуры плавления ДНК
Автор: Белов Дмитрий Анатольевич, Белов Ю.В., Широкорад А.Л.
Журнал: Научное приборостроение @nauchnoe-priborostroenie
Рубрика: Приборостроение физико-химической биологии
Статья в выпуске: 2 т.28, 2018 года.
Бесплатный доступ
Предложена новая методика автоматического определения температуры Тm плавления ДНК, основанная на аппроксимации зависимости флуоресцентного отклика плавления ДНК. Диапазон аппроксимации определяется автоматически и используется для вычислений величины Тm. Полностью исключена составляющая погрешности, которая определяется дискретностью сигналов. Показана возможность сокращения времени анализа. На основе предложенной методики разработана экспериментальная версия программного обеспечения режима плавления ДНК высокого разрешения для анализаторов нуклеиновых кислот АНК-32, АНК-48 и экспериментального образца АНК-96. Экспериментально определены случайная и систематическая погрешности измерения величины Тm
Днк, генетический анализатор, флуоресцентная детекция
Короткий адрес: https://sciup.org/142214849
IDR: 142214849
Список литературы Разработка экспериментальной версии программного обеспечения на основе новой методики определения температуры плавления ДНК
- Веденов А.А., Дыхне А.М., Франк-Каменецкий М.Д. Переход спираль-клубок в ДНК//Успехи физических наук. 1971. Т. 105, № 11. С. 479-519 DOI: 10.3367/UFNr.0105.197111d.0479
- Лаврова О.И. HRM -новый молекулярный метод определения лекарственной устойчивости микобактерий туберкулеза/О.И. Лаврова, М.В. Альварес Фигероа, М.Г. Творогова//Клиническая лабораторная диагностика. 2014. № 7. С. 62-64.
- Календарь Р.Н., Сиволап Ю.М. Полимеразная цепная реакция с произвольными праймерами//Биополимеры и клетка. 1996. Т. 11, № 3-4. С. 55-65. URL: http://www.biopolymers.org.Ua/pdf/ru/11/3/055/biopolym.ceU-1995-11-3-055-m.pdf.
- Сиволап Ю.М., Календарь Р.Н., Чеботарь С.В. Генетический полиморфизм злаковых растений при помощи ПЦР с произвольными праймерами//Цитология и генетика. 1994. Т. 28, № 6. С. 54-61. URL: http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/genomedynamics/Pdfs/zyt.pdf.
- Гибридизация ДНК. Вычисление температуры плавления. URL: https://ru.wikipedia.org/wiki/Гибридизация_ДНК.
- Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Трофимов Д.Ю. Семенов П.А., Савилова А.М., Кофиади И.А., Абрамов Д.Д. ПЦР "в реальном времени". М.: БИНОМ, Лаборатория знаний, 2009. 224 с. URL: http://nashol.com/2014072579193/pcr-v-realnomvremenirebrikov-d-vsamatov-g-a-trofimov-d-u-2009.html
- Белов Д.А., Белов Ю.В., Манойлов В.В. Методика обработки данных при плавлении продуктов полимеразной цепной реакции в реальном времени//Научное приборостроение. 2016. Т. 26, № 3. С. 10-14. URL: http://213.170.69.26/mag/2016/full3/Art2.pdf.
- Белов Д.А., Белов Ю.В., Манойлов В.В. Разработка методик обработки сигналов плавления ДНК//Научное приборостроение. 2017. Т. 27, № 1. С. 83-89. URL: http://213.170.69.26/mag/2017/abst1.php#abst14.
- Белов Д.А., Корнева Н.А., Альдекеева А.C., Белов Ю.В., Киселев И.Г. Повышение разрешающей способности генетических анализаторов при определении температуры плавления ДНК//Научное приборостроение. 2016. Т. 26, № 2. С. 17-22. ШГ: http://213.170.69.26/mag/2016/abst2.php#abst2.
- Никитина Д.И., Маретина М.А, Егорова А.А., Масленников А.Б., Киселев А.В. Использование высокоразрешающего анализа кривых плавления ДНК в диагностике наследственных заболеваний//Медицинская генетика. 2017. Т. 16, № 5. С. 26-33.
- Хименко В.И. Случайные данные: структура и анализ. М.: Техносфера, 2017. 423 с.
- Петров А.И. Исследование и практическая реализация программно-аппаратных средств проведения полимеразной цепной реакции с наблюдением в реальном времени. Дис.... к-та техн. наук, Санкт-Петербург, 2016.
- Белов Д.А., Белов Ю.В., Курочкин В.Е. Новая методика обработки флуоресцентного отклика плавления ДНК//Научное приборостроение. 2018. Т. 28, № 1. С. 3-10. URL: http://213.170.69.26/mag/2018/abst1.php#abst1.
- Мудров А.Е. Численные методы для ПЭВМ на языках Бейсик, Фортран и Паскаль. Томск: МП "РАСКО", 1991. 272 с.
- Лизунова Н.А., Шкроба С.П. Матрицы и системы линейных уравнений. М.: Физматлит, 2007. 171 с.
- Бардин Б.В. Быстрый алгоритм медианной фильтрации//Научное приборостроение. 2011. Т. 21, № 3. С. 135-139. URL: http://213.170.69.26/mag/2011/abst3.php#abst16.
