Галоалкалофильные денитрификаторы Halomonas nitritofilus из содовых озер Бурятии

Автор: Семнова Екатерина Александровна, Гильванова Елена Альбертовна, Усанов Николай Глебович

Журнал: Известия Самарского научного центра Российской академии наук @izvestiya-ssc

Статья в выпуске: 5-2 т.13, 2011 года.

Бесплатный доступ

Выполнен целевой скрининг денитрифицирующих грамотрицательных бактерий, фенотипически близких к бактериям рода Halomonas. Выделенные штаммы отличаются от "классических" Halomonas диапазоном рН для роста (7,0 - 11,0) и скоростями денитрификации, в несколько раз превышающими известные значения, а также устойчивостью к нитриту натрия в высоких концентрациях и способностью восстанавливать нитрит даже при его очень низких стартовых концентрациях в щелочных средах. Филогенетический анализ гена 16S рРНК полученных изолятов выявил их принадлежность к аморфной III филогенетической группе ("ungrouped" Halomonas) с уровнем сходства 93-98%. Внутри этой группы выделенные галомонады образовывали 2 компактных кластера с высокими уровнями сходства 97-100% и сходными фенотипическими признаками. В каждом кластере предложены номинанты на новый вид 'Halomonas nitritophilus'.

Еще

Денитрификация, нитрит

Короткий адрес: https://sciup.org/148200391

IDR: 148200391

Список литературы Галоалкалофильные денитрификаторы Halomonas nitritofilus из содовых озер Бурятии

Mata J. A., Martinez-Canovas J., Quesada E. and Bejar V. A detailed phenotypic characterisation of the type strains of Halomonas species//Systematic and Applied Microbiology. 2002. V. 25. P. 360-375.
Vreeland R. H., Litchfield C. D., Martin E. L. and Elliot E. Halomonas elongata, a new genus and species of extremely salt-tolerant bacteria//International Journal of Systematic Bacteriolog. 1980. V. 30. P. 485-495.
Гильванова Е.А., Усанов Н.Г. Количественная оценка биоцидной активности химических соединений с помощью микробных ассоциаций почвы//Прикладная биохимия и микробиология. 2003. Т. 39. № 3. С. 329 -334.
Arahal D. R., Vreeland R. H., Litchfield C. D., Mormile M. R., Tindall B. J., Oren A., Bejar V., Quesada E. and Ventosa A. Recommended minimal standards for describing new taxa of the family Halomonadaceae//International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2007. V. 57. P. 2436-2446.
Определитель бактерий Берджи: Пер с англ./под ред. Дж. Хоулта, Н. Крига, П. Снита, Дж. Стейли, С. Уилльямса. М.: Мир, 1997. 800 с.
Методы общей бактериологии: В 3-х томах. Пер. с англ./под ред. Ф. Герхардта и др. М.: Мир, 1984.
Практикум по микробиологии/А.И. Нетрусов, М.А. Егорова, Л.М. Захарчук и др.; под ред. А.И. Нетрусова. М.: Издательский центр «Академия», 2005. 608 с.
Wilson K. Preparation of genomic DNA from bacteria//Current protocols in molecular biology. Chapter 2/ed. by Frederick M., Ausubel et al. 2001.
Hall T. BioEdit Biological Sequence Alignment Editor Version 7.0.9. 2007
Van de Peer Y. and De Wachter R. TREECON for Windows: a software package for the construction and drawing of evolutionary trees for the Microsoft Windows environment//Computer Applications in the Biosciences. 1994. V. 10. P. 569-570.
Brosius J., Palmer M. L., Kennedy P. J. and Noller H. F. Complete nucleotide sequence of a 16S ribosomal RNA gene from Escherichia coli//Proceed. National Academy of Sciences of the United States of America. 1978. V. 75. P. 4801-4805.
Деткова Е.Н. Осмоадаптация галоалкалофильных бактерий из содовых озер//Алкалофильные микробные сообщества. М.: Наука, 2007. С. 348-373.
Krulwich T. A. and Guffanti A. A. The Na+ cycle of extreme alkalophiles: A secondary Na+/H+ antiporter and Na+/solute symporters//J. Bioenerg. Biomembranes. 1989. V. 21. P. 663-677.
Arahal D. R., Ludwig W., Schleifer K. H. and Ventosa A. Phylogeny of the family Halomonadaceae based on 23S and 16S rDNA sequence analyses//Internat. J. Systematic and Evolutionary Microbiology. 2002. V. 52. P. 241-249.
Berendes F., Gottschalk G., Heine-Dobbernack E., Moore E. R. B. and Tindall B. J. Halomonas desiderata sp. nov., a new alkaliphilic, halotolerant and denitrifying bacterium isolated from a municipal sewage works//Systematic and Applied Microbiology. 1996. V. 19. P. 158-167.
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd ed. Springer US, 2005. 2816 p.
Gonzalez-Domenech C. M., Martinez-Checa F., Bejar V. and Quesada E. Denitrification as an important taxonomic marker within the genus Halomonas//Systematic and Applied Microbiology. 2010. V. 33. P. 85-93.
Chung J., Bae W., Lee Y. W., Ko G. B., Lee S. U. and Park S. J. Investigation of the effect of free ammonia concentration upon leachate treatment by shortcut biological nitrogen removal process//J. Environmental Science and Health: Part A Toxic/Hazardous Substances and Environmental Engineering. 2004. V. 39. P. 1655-1665.
Gonzalez-Domenech C. M., Martinez-Checa F., Quesada E. and Bejar V. Halomonas cerina sp. nov., a moderately halophilic, denitrifying, exopolysaccharide-producing bacterium//International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2008. V. 58. P. 803-809.
Kim K. K., Jin L., Yang H. C. and Lee S. T. Halomonas gomseomensis sp. nov., Halomonas janggokensis sp. nov., Halomonas salaria sp. nov. and Halomonas denitrificans sp. nov., moderately halophilic bacteria isolated from saline water//Internat. J. Systematic and Evolutionary Microbiology. 2007. V. 57. P. 675-681.
Romano I., Giordano A., Lama L., Nicolaus B. and Gambacorta A. Halomonas campaniensis sp. nov., a haloalkaliphilic bacterium isolated from a mineral pool of Campania Region, Italy//Systematic and Applied Microbiology. 2005. V. 28. P. 610-618.
Wang Y. N., Cai H., Yu S. L., Wang Z. Y., Liu J. and Wu X. L. Halomonas gudaonensis sp. nov., isolated from a saline soil contaminated by crude oil//Internat. J. Systematic and Evolutionary Microbiology. 2007. V. 57. P. 911-915.
Baumann L., Bowditch R. D. and Baumann P. Description of Deleya gen. nov. created to accommodate the marine species Alcaligenes aestus, A. pacificus, A. cupidus, A. venustus and Pseudomonas marina//Internat. J. Syst. Bacteriol. 1983. V. 33. P. 793-802.
Quesada E., Ventosa A., Ruiz-Berraquero F. and Ramos-Cormenzana A. Deleya halophila, a new species of moderately halophilic bacteria//International Journal of Systematic Bacteriology. 1984. V. 34. P. 287-292.
Akagawa M. and Yamasato K. Synonymy of Alcaligenes aquamarinus, Alcaligenes faecalis subsp. homari, and Deleya aesta: Deleya aquamarina comb. nov. as the type species of the genus Deleya//Internat. J. Systematic Bacteriology. 1989. V. 39. P. 462-466.
Fendrich C. Halovibrio variabilis gen. Nov. sp. Nov., Pseudomonas halophilia sp. nov. and a new halopilic aerobic Coccoid Eubacterium from Great Salt Lake Utah, USA//Syst Appl Microbiol. 1988. V. 11. P. 36-43.
Franzmann P. D., Burton H. R. and McMeekin T. A. Halomonas subglaciescola, a new species of halotolerant bacteria isolated from Antarctica//Internat. J. Syst. Bacteriol. 1987. V. 37. P. 27-34.
Hebert A. M. and Vreeland R. H. Phenotypic comparison of halotolerant bacteria: Halomonas halodurans sp. nov. nom. rev. comb. nov.//Internat. J. Syst. Bacteriol. 1987. V. 37. P. 347-350.
James S. R., Dobson S. J., Franzmann P. D. and McMeekin T. A. Halomonas meridiana, a new species of extremely halotolerant bacteria isolated from antarctic saline lakes//Systematic and Applied Microbiology. 1990. V. 13. P. 270-278.
Kaye J. Z., Marquez M. C., Ventosa A. and Baross J. A. Halomonas neptunia sp. nov., Halomonas sulfidaeris sp. nov., Halomonas axialensis sp. nov. and Halomonas hydrothermalis sp. nov.: Halophilic bacteria isolated from deepsea hydrothermal-vent environments//International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2004. V. 54. P. 499-511.
Quillaguaman J., Hatti-Kaul R., Mattiasson B., Alvarez M. T. and Delgado O. Halomonas boliviensis sp. nov., an alkalitolerant, moderate halophile isolated from soil around a Bolivian hypersaline lake//Internat. J. Systematic and Evolutionary Microbiology. 2004. V. 54. P. 721-725.
(http://rdp.cme.msu.edu/).
Okamoto T., Taguchi H., Nakamura K., Ikenaga H., Kuraishi H. and Yamasato K. Zymobacter palmae gen. nov. sp. nov., a new ethanol-fermenting peritrichous bacterium isolated from palm sap//Archives of Microbiology. 1993. V. 160. P. 333-337.
Lee J. C., Jeon C. O., Lim J. M., Lee S. M., Lee J. M., Song S. M., Park D. J., Li W. J. and Kim C. J. Halomonas taeanensis sp. nov., a novel moderately halophilic bacterium isolated from a solar saltern in Korea//Internat. J. Systematic and Evolutionary Microbiology. 2005. V. 55. P. 2027-2032.
Ананьина Л.Н., Плотникова Е.Г., Гавриш Е.Ю., Демаков В.А., Евтушенко Л.И. Salinicola socius gen. nov., sp. nov. -умеренно галофильная бактерия из ассоциации микроорганизмов, утилизирующей нафталин//Микробиология. 2007. Т. 76. № 3. С. 369 -376.
Dobson S. J., James S. R., Franzmann P. D. and McMeekin T. A. Emended description of Halomonas halmophila (NCMB 1971(T))//Internat. J. Systematic Bacteriology. 1990. V. 40. P. 462-463.
Quesada E., Valderrama M. J., Bejar V., Ventosa A., Gutierrez M. C., Ruiz-Berraquero F. and Ramos-Cormenzana A. Volcaniella eurihalina gen. nov. sp. nov., a moderately halophilic nonmotile gram-negative rod//Internat. J. Systematic Bacteriology. 1990. V. 40. P. 261-267.
Dobson S. J. and Franzmann P. D. Unification of the genera Deleya (Baumann et al., 1983), Halomonas (Vreeland et al., 1980), and Halovibrio (Fendrich, 1988) and the species Paracoccus halodenitrificans (Robinson and Gibbons, 1952) into a single genus Halomonas and placement of the genus Zymobacter in the family Halomonadaceae//Internat. J. Systematic Bacteriology. 1996. V. 46. P. 550-558.
Heyrman J., Balcean A., De Vos P. and Swings J. Halomonas muralis sp. nov., isolated from microbial biofilms colonizing the walls and murals of the Saint-Catherine chapel (Castle Herberstein, Austria)//Internat. J. Systematic and Evolutionary Microbiology. 2002. V. 52. P. 2049-2054.

Еще

Статья научная