Оценка встречаемости условно-патогенных бактерии в пасленовых растениях в защищенном грунте методом секвенирования нового поколения (NGS)

Актуальность. В последние годы отмечается резкий рост числа случаев заболеваний человека и животных, вызываемых условно-патогенными микроорганизмами. Сельскохозяйственные растения служат одним из естественных резервуаров таких патогенов. Механизмы поражения растений схожи с механизмами патогенности бактерий человека и животных. По мере изучения экологии патогенных бактерий, были получены данные, однозначно показывающие возможность их длительного выживания и размножения, без признаков потери признаков вирулентности к организму основного хозяина. Методология. Образцы растений томата и картофеля (39 шт.) были получены из 12 тепличных комбинатов и селекционных теплиц Московской области. Геномную ДНК и РНК выделяли с использованием соответствующих наборов. Для амплификации гипервариабельного V3-V4 участка гена 16S рибосомальной РНК использовались стандартные праймеры. Секвенирование проводили на платформе Illumina. Полученные данные секвенирования обрабатывались программой, написанной с использованием алгоритма QIIME 1.9.1. Был использован алгоритм классификации операционных таксономических единиц (ОТЕ) с открытым референсом (Open-reference OTU), порог отсечения при классификации 97%. Результаты. В данной работе мы рассматриваем экспериментальные подтверждения латентного выживания условно-патогенных бактерий, используя как анализ метагенома бактериального сообщества на растениях в защищенном грунте и анализ популяции бактериофагов, что применяется в качестве индикатора присутствия целевых видов в окружающей среде.