Генетика. Рубрика в журнале - Вестник Пермского университета. Серия: Биология
Статья научная
Показано, что в тотальной ДНК шести бактериальных ассоциаций, полученных в результате накопительного культивирования в присутствии бифенила/хлорированных бифенилов, обнаружены фрагменты гена benA, кодирующего альфа-субъединицу бензоат диоксигеназы. В результате филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей амплифицированных фрагментов гена benA установлено, что большинство изученных фрагментов формируют кластеры с гомологичными генами представителей отдела/филума Proteobacteria, уровень сходства при этом составил 100%. Уровень сходства с benA-генами известных грамотрицательных штаммов-деструкторов составил 79.5-89.7%. В ассоциации CHN4 выявлен ген benA, формирующий единый кластер с геном benA штаммов рода Rhodococcus, и на 96% схожий с гомологичным геном штамма-деструктора R. jostii RHA1.
Бесплатно
Статья научная
Проведены эксперименты по тестированию праймеров, сконструированных для скрининга генов bphAl (кодирующих а- субъединицы бифенил 2,3-диоксигеназы), на ДНК-матрице грам-положительных и грамотрицательных бактерий-деструкторов бифенила. Амплифицированы участки генов bphAl, соответствующие кластеру Риске бифенил 2,3-диоксигеназы. Для амплификации более протяженного участка гена bphAl, включающего фрагменты, кодирующие кластер Риске и активный центр фермента, прямые (forvard) праймеры были также использованы в комбинации с обратным (reverse) праймером, предложенным S. Iwai с соавторами [2010]. У исследуемых бактерий были выявлены bphAl гены, сходные с bphAl генами бактерий Rhodococcus sp. HA99 (AB272986) и R04 (DQ403247), существенно отличающиеся от известных генов, кодирующих а-субъединицы подсемейства бифенил/толуол диоксигеназ. Выявлена пара праймеров, оптимальная для скрининга генов bphAl, кодирующих а-субъедини-цы бифенил 2,3-диоксигеназ разных подсемейств.
Бесплатно
Статья научная
Исследовано филогенетическое положение галотолерантного штамма Brevibacterium sp. U1, выделенного ранее из почвы района промышленной соледобычи (г. Березники, Пермский край), в системе рода Brevibacterium на основе анализа нуклеотидных последовательностей ect-генов, кодирующих ферменты биосинтеза осмопротекторного вещества - этоина, и 16S рДНК. Анализ нуклеотидных последовательностей генов ectB и ectC согласовался с результатами анализа 16S рДНК. Однако было выявлено значительное эволюционное расстояние нуклеотидных последовательностей ectC-гена штамма Brevibacterium sp. U1 от филогенетически близкородственного вида B. aurantiacum.
Бесплатно
Статья научная
Рожь озимая является одной из важных продовольственных культур в мире. Благодаря своей высокой адаптивности, зимостойкости и способности давать урожай на низкоплодородных почвах, рожь озимая позволяет стабилизировать валовый сбор зерна. Для большинства культурных злаков основным фактором внешней среды, вызывающим стресс, является температура, особенно ее нижние значения в областях возделывания. Ответ на воздействие низких температур у растений формируется на клеточном уровне, путем активации экспрессии генов и факторов транскрипции, ответственных за устойчивость к холоду. Действие транскрипционных факторов из семейства CBF (C-repeat Binding Factor) в ответ на холодовый стресс является одним из путей активации адаптивной реакции ржи на холод. Целью данной работы являлось выявление уровня экспрессии генов семейства ScCBF (ScCBFl, ScCBF4, ScCBF14, ScCBF18) у проростков ржи посевной (Secale cereale L.) в условиях холодового стресса. Проростки S. cereale были разделены на четыре группы по продолжительности воздействия холодового стресса (в течение 1, 6, 12, 24 ч.). Одна из групп (контрольная) не подвергалась холодовому стрессу. РНК проростков разных групп воздействия холодовым стрессом были проанализированы методом ПЦР в реальном времени. В результате исследования показано, что уровни экспрессии генов ScCBF1, ScCBF4, ScCBF14 и ScCBF18 в разной степени изменяются в ответ на воздействие низкой положительной температуры. Наибольший уровень нормализованной экспрессии генов ScCBF1 и ScCBF14 наблюдался при воздействии холодовым стрессом в течение 6 ч. Наибольший уровень гена ScCBF4, его нормализованной экспрессии наблюдался при воздействии холодовым стрессом в течение 24 ч. Уровень нормализованной экспрессии гена ScCBF18 достигал пика при воздействии стрессом в течение 12 ч.
Бесплатно
