Микробиология. Рубрика в журнале - Вестник Пермского университета. Серия: Биология
Микробное разнообразие в глинисто-солевых шламах калийного предприятия (г. Березники, Пермский край)
Статья научная
Из глинисто-солевых шламов предприятия БКПРУ-2 ПАО «Уралкалий» (г. Березники, Пермский край) выделено 138 штаммов бактерий, которые на основании морфологических и генетических особенностей были объединены в 28 морфогеномогрупп. Представители каждой группы были идентифицированы на основе анализа нуклеотидных последовательностей гена 16S рРНК, сравни-тельное исследование которых показало принадлежность штаммов к классам Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria и Actinobacteria. Все обнаруженные бактерии являются галотолерантными, т.к. способны к росту на средах без добавления NaCl и с повышенной концентрацией соли (до 150 г/л). Большинство штаммов росли в щелочных условиях (рН 9.0) и использовали в качестве един-ственного источника углерода ряд моно- и полиароматических соединений, в том числе полицик-лические ароматические углеводороды, фталаты.
Бесплатно
Микробное сообщество техногенно загрязненного грунта района солеразработок (г. Березники)
Статья научная
С использованием молекулярно-генетических методов проведено исследование структуры микробного сообщества грунта, расположенного вблизи солеотвала БКПРУ-3 предприятия ПАО «Уралкалий» (г. Березники, Пермский край). Методом ПЦР-РВ фрагментов гена 16S рРНК в тотальной ДНК исследуемого образца грунта выявлено наличие бактериальных генов 16S рРНК в количестве 6.6 х 1011 (±8.87 х 107) копий гена на 1 г грунта, а также доминирование грамотрицательных бактерий. ДГГЭ-анализ генов 16S рРНК, амплифицированных с тотальной ДНК, выявил, что бактериальные сообщества накопительных культур, полученных на бифениле и ортио-фталате, существенно различаются между собой, а также отличаются от исходного сообщества образца грунта как по составу, так и наличием доминирующих видов. Установлено, что в полученных НК доминировали грамотрицательные бактерии классов Gammaproteobacteria и Acidobacteria. Методом ДГГЭ-анализа в исследуемом микробном сообществе выявлены «некультивируемые» бактерии рода Halomonas, ранее не обнаруженные культуральны-ми методами.
Бесплатно
Статья научная
Приведены результаты микробиологического исследования вольеров собак служебных пород до и после дезинфекционных мероприятий в учебном комплексе кинологического факультета Пермского военного института войск национальной гвардии РФ. Анализ выявил качественное и количественное разнообразие бактерий, изолированных с внутренних поверхностей вольеров и инвентаря с помощью элективных, дифференциально-диагностических питательных сред. Проведены дезинфекционные мероприятия с применением средства «ЭКОЦИД С», рекомендованного для обработки объектов ветеринарным надзором. Аэрозольное нанесение дезсредства, использованного для обработки вольеров, оказалось низкоэффективным в отношении выделенных микробных изолятов. Предлагаемые рекомендации позволят поддерживать санитарно-гигиенический режим в кинологическом городке при проведении мероприятий текущей и заключительной дезинфекции и будут иметь большое значение в решении вопросов сбережения здоровья и содержания поголовья собак служебных пород.
Бесплатно
Модельные хлорофилл- и хинон-содержащие системы, восстанавливающие кислород и теллурит
Статья научная
Установлено, что модельные системы, содержащие хлорофилл а в водном растворе детергента и аскорбата, при освещении способны восстанавливать оксианионы теллурита, что сопровождается почернением среды. Восстановление теллурита, вероятно, происходит по механизму фотооксидазной реакщ1и. Теллурит восстанавливается и в хинон-содержащих модельных системах.
Бесплатно
Статья научная
Экстракты красного вина и кожицы винограда содержат значительное количество полифенолов, включая активные антиоксиданты кверцетин и ресвератрол, и проявляют высокую антирадикальную и хелатирующую способность. Внесение экстрактов в культуру E. coli вызывает 30%-ное ин-гибирование скорости роста, индукцию антиоксидантных генов katG и sodA и повышение устойчивости бактерий к перекиси водорода. Предобработка клеток E. coli каждым из экстрактов снижает бактерицидную активность ципрофлоксацина и цефотаксима и, наоборот, усиливает чувствительность бактерий к канамицину и стрептомицину. Воздействие экстрактов осуществляется, по-видимому, путем их влияния на скорость роста бактерий, редокс-статус клеток и уровень экспрессии антиоксидантных генов. В случае ципрофлоксацина, предобработка экстрактами может снижать степень повреждения ДНК и уровень индукции SOS-ответа. Модулирующий эффект экстрактов должен учитываться при антибиотикотерапии.
Бесплатно
Статья научная
Получены АСМ-изображения и вычислены морфометрические параметры клеток факультативного алкалофила Bacillus aequororis 5-ДБ и нейтрофильного B. subtilis ATCC 6633 после инкубации в щелочной среде с высокой концентрацией хлорида натрия. Показано, что адаптация B. aequororis 5-ДБ не сопровождается значительными изменениями морфометрических параметров, при этом незначительно (в 1–1.5 раза) снижается объем клеток и возрастает шероховатость их поверхности. Нейтрофильная бацилла, наоборот, реагирует на увеличение концентрации соли и рН (50 г/л, рН 11) значительными изменениями клетки: в 2–3 раза уменьшается объем клетки, а при суточной адаптации к 50 г/л соли и рН 8 возрастает в 2.4 раза за счет увеличения длины клетки. Морфология клеток алкалофильной бациллы, в отличие от таковой нейтрофильной, не претерпевает значительных изменений при высокой минерализации среды как при непосредственном воздействии, так и после суточной адаптации.
Бесплатно
Накопление полигидроксиалканоатов в клетках родококков при несбалансированном росте
Статья научная
Определено общее содержание полигидроксиалканоатов (ПГА) в клетках штаммов бактерий рода Rhodococcus при периодическом двустадийном росте на полноценной и лимитированной по источнику азота или фосфора среде культивирования с разными источниками углерода. Методом фазо-во-контрастной световой микроскопии изучена морфология бактериальных клеток при несбалансированном росте. Не было обнаружено значимых различий в накоплении этих запасных питательных веществ как при росте изученных штаммов на разных источниках углерода, так и на средах, лимитированных по азоту или фосфору. Показано, что R. ruber П5-8 накапливает наибольшее количество ПГА на среде, лимитированной по фосфору, при росте на бутирате и ацетате натрия в качестве источника углерода - 312.5 и 466.7 мкг/мг соответственно. При росте R. ruber П5-8 на среде, дефицитной по азоту, отмечается заметное изменение морфологии, которое выражается в неравномерных утолщениях клеток. Наибольшее накопление биомассы R. ruber П5-8 (до 9.4 мг АСБ/мл) наблюдается при росте на среде, лимитированной по фосфору, с бутиратом натрия в качестве источника углерода.
Бесплатно
Статья научная
Исследовано влияние диаминов бактериального происхождения на функциональную активность клинических штаммов Lactobacillus spp. Установлено дозозависимое действие путресцина на их ростовые характеристики. Кадаверин в концентрации 1 ммоль/л в среде культивирования существенно увеличивал накопление биомассы исследованных культур лактобацилл. Получены экспериментальные данные, подтверждающие дестабилизирующее влияние бактериальных аминов на вагинальные Lactobacillus spp. и, следовательно, их важную непосредственную роль в ослаблении биологической защиты вагинальной микросреды.
Бесплатно
О состоянии почвенных азотфиксирующих бактерий на территории городского леса
Статья научная
Исследованы азотфиксирующие бактерии почв озелененной территории Новосибирского Академгородка. Научный центр быт построен в середине ХХ в. и представлял собой образец сочетания вековой тайги, лесопарка и современного города. Природные ландшафты и леса научного центра относены к объектам культурного наследия региона. В настоящее время возросли рекреационные и транспортные нагрузки, что негативно отразилось на состоянии лесов. Предпринято комплексное изучение почв, в рамках которого исследованы аэробные азотфиксирующие свободноживущие и симбиотические бактерии почв. Определены встречаемость и скорость роста Azotobacter chroococcum, содержание жизнеспособных олигонитрофильных бактерий, обилие и состояние Bacillus mycoides, количество бактероидов на корнях клевера красного. Проанализированы взаимоотношения азотобактера с фузариозными грибами. Показано, что в придорожных экосистемах наблюдается накопление меди, свинца и цинка, что негативно отражается на скорости роста азотобактерий. Штаммы азотобактера, вывгвленные из техногенно загрязненных почв, обнаруживают антагонизм по отношению к микромицетам, обитающим в почве слабонару-шенных естественных лесов. На фоне загрязнения снижается содержание бактероидов. Аммонифицирующие бактерии обнаруживают полиморфизм. Олигонитрофильные бактерии характеризуются измельчением колоний и снижением жизнеспособного пула до уровня бедных почв. Обосновывается необходимость принятия срочных мер для сохранения природного микробного ресурса почв, участвующего в пополнении их азотом, фиксированным из атмосферы.
Бесплатно
Статья научная
Цель работы - определение влияния локализации детектируемого антигена на чувствительность иммунохроматографического метода. Оценивали чувствительность иммунохроматографической тест-системы «РЭД Helicobacter pylori», предназначенной для детекции фермента H. pylori - уреазы. В качестве исследуемого материала использовали чистую культуру H. pylori, а также коммерческий антиген AGHPY-0100 («Arista Biologicals», США), в состав которого входят внутриклеточные белки H. pylori, ассоциированные с генами cagA (120 kd), vacA (87 kd) и уреазой. При тестировании с коммерческим антигеном AGHPY-0100 порог чувствительности тест-системы «РЭД Helicobacter pylori» составил не менее 20 нг/мл, что свидетельствует о ее высокой чувствительности. При тестировании с цельной корпускулярной культурой H. pylori чувствительность оказалась значительно ниже и составила 1.1×1010 м.к.×см-3. Экспериментальные данные подтверждают гипотезу о том, что если иммунохроматографическая тест-система направлена на выявление внутриклеточного антигена, то высокой чувствительности можно добиться только при тестировании предварительно выделенного и очищенного антигена микроорганизма. При разработке подобных тестсистем можно ожидать, что они будут преимущественно качественными, а не количественными.
Бесплатно
Статья научная
Бифенил 2,3-диоксигеназа (БДО) является ключевым ферментом, участвующим в разложении бифенила и полихлорированных бифенилов (ПХБ) у бактерий. Структура ее активного центра определяет спектр утилизируемых конгенеров ПХБ. Нами были подобраны вырожденные праймеры для скрининга бактерий-деструкторов порядка Actinomycetales на наличие генов bphA1, кодирующих большую субъединицу бифенил диоксигеназ.
Бесплатно
Оптимизация среды культивирования амидазосодержащих бактерий
Статья научная
Изучены ростовые характеристики грамотрицательных амидазосодержащих бактерий штаммов Acineto-bacter guillouiae llh, Pseudomonas monteilii 5, Alcaligenes faecalis 2 при культивировании на среде с различными концентрациями глюкозы, сахарозы, ацетамида и ацетата натрия в качестве источника углерода. Цель работы - оптимизация синтетической минеральной среды по источнику углерода. Определено, что наилучшим субстратом роста для проявления амидазной активности штаммов является ацетамид, причем по совокупности таких характеристик, как урожай биомассы, экономический коэффициент потребления субстрата и ферментативная активность; оптимальной концентрацией ацетамида для A. guillouiae llh является 0.025 М, для A. faecalis 2 - 0.1М. Изучена динамика роста A. faecalis 2 на ацета-миде в различных концентрациях. Показано, что концентрация ацетамида 0.025 М была недостаточной для интенсивного роста бактерий, а 0.5 М - ингибирующей.
Бесплатно
Статья научная
Исследован процесс биодеструкции дизельного топлива (ДТ) в условиях повышенной солености среды с помощью галотолерантного штамма Rhodococcus sp. NDT23, выделенного из загрязненного ДТ образца почвы, отобранной на расстоянии 3 м от солеотвала предприятия ПАО «Уралкалий» (г. Соликамск, Пермский край, Россия). На основе анализа гена 16S рРНК показано, что штамм NDT23 филогенетически близок Rhodococcus fascians DSM 20669T и Rhodococcus cercidiphylli YIM 65003T (сходство 100%). Установлено наличие у штамма NDT23 гена алкан-1-монооксигеназы (alkB), имеющего наибольшее сходство (99.10-100%) с alkB-генами родококков, выделенных из почвы и тканей растений. Выявлено положительное влияние NaCl в концентрации 50 г/л на биодеструкцию длинноцепочечных (С14-С20) углеводородов в составе ДТ, обусловленное увеличением гидрофобности клеточной стенки родококков.
Бесплатно
Особенности консервации актинобактерий рода Rhodococcus
Статья научная
Определен показатель жизнеспособности лиофилизированных культур Rhodococcus ssp. после длительного хранения, достаточный для восстановления клеточной популяции. Консервацию алканотрофных родококков рекомендовано производить в условиях предварительного их культивирования на питательных углеводородсодержащих средах. Экспериментально обосновано, что эффективными лиопротекторами являются сахарозо-желатиновый агар и желатиновый агар с добавлением Rhodococcus-биосурфактанта.
Бесплатно
Особенности криоконсервации алканотрофных актинобактерий рода Rhodococcus
Статья научная
Исследовано влияние долгосрочного низкотемпературного (-85С) хранения на жизнеспособность клеток и стабильность основных морфологических и физиолого-биохимических характеристик коллекционных культур актинобактерий рода Rhodococcus. Установлен высокий (70-90%) уровень жизнеспособности родококков с алканотрофным типом метаболизма после их восстановления из замороженного состояния. В результате сравнительного исследования криозащитных соединений показано преимущество использования 5% ДМСО для краткосрочного хранения представителей вида R. ruber и 10% глицерина в качестве универсального протектора, эффективного для длительной низкотемпературной консервации представителей всех исследованных видов родококков. Оценена пригодность экспрессных методов специфической окраски для оценки уровня жизнеспособности бактерий после криоконсервации.
Бесплатно
Статья научная
Исследована возможность использования Rhodococcus-биосурфактантных комплексов для извлечения тяжелых металлов из техногенно загрязненных луговых почв Свердловской области. Эффективность извлечения ионов тяжелых металлов с помощью Rhodococcus- биосурфактантов (4 г/л) составила 19-75 % за период однократного их отмывания, что в 1.5-13.5 раз превышает таковую с использованием Твина 60. Rhodococcus-биосурфактантные комплексы могут быть рекомендованы для очистки почв, загрязненных тяжелыми металлами.
Бесплатно
Статья научная
Проведена оценка пребиотической активности высоких и низких доз водных экстрактов лекарственных растений, зеленого и черного чая путем слежения за изменением интенсивности образования биопленок и колониеобразующей способности зрелых сессильных культур бактерий Escherichia coli BW25113 при культивировании на свежей среде в присутствии экстрактов. Показано, что высокие и низкие дозы экстрактов Arctostaphylos uva-ursi, Vaccinium vitis-idaea, зеленого и черного чая стимулируют биопленкообразование, однако оказывают неоднозначные эффекты на колониеобразующую способность. Высокая пребиотическая активность выявлена у низких доз экстрактов A. uva-ursi и V. vitis-idaea, а также у высоких доз экстрактов зеленого чая. Экстракты Betula pendula и Laminaria japonica не влияли на изменение биопленкообразования, однако высокие дозы проявляли умеренную бактерицидную активность.
Бесплатно
ПЦР-анализ генов альдоксимдегидратаз нитрилутилизирующих бактерий
Статья научная
Проведена детекция генов альдоксимдегидратаз у нитрилутилизирующих бактерий, выделенных на территории Пермского края. Установлено, что 14,3% бактерий лабораторной коллекции содержали гены альдоксимдегидратаз. У 12 штаммов рода Rhodococcus (20,3%) присутствовали фрагменты ДНК, соответствующие по размеру гену альдоксимдегидратазы. На матрице ДНК одного штамма из группы грамотрицательных микроорганизмов - Pseudomonas fluorescens 3220 - амплифицирована последовательность, соответствующая по размеру гену альдоксимдегидратазы P. chlororaphis B23.
Бесплатно
ПЦР-анализ генов ферментов гидролиза нитрилов карбоновых кислот
Статья научная
Разработаны эффективные способы селекции штаммов, способных к утилизации нитрилов карбоновых кислот. Проведена детекция генов метаболизма нитрилов (альфа- и бета- субъединиц железо- и кобальтзависимых нитрилгидратаз, а также нитрилаз) у микроорганизмов, изолированных на селективных нитрилсодержащих средах. Установлено взаимное расположение генов субъединиц нитрилгидратаз.
Бесплатно
Статья научная
Изучены карбапенемоустойчивые нозокомиальные штаммы Pseudomonas аeruginosa, изолированные в хирургических стационарах г. Перми и пос. Лобаново. Установлено, что в геноме 34 культур присутствуют фрагменты ДНК, соответствующие по размеру генам blaVIM-2. Принадлежность амплифицированных генов к подгруппе blaVIM-2 была подтверждена результатами рестрикционного анализа с эндонуклеазой HindII. Сравнение нуклеотидных последовательностей blaVIM шести изолятов, принадлежащих к разным геномогруппам, показало высокий уровень сходства (99-100%) участков генов длиной 615-741 п.н. с геном blaVIM-2 референтного штамма P. aeruginosa COL-1 (GenBank GQ853417.1).
Бесплатно
